수도권과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속해 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 공장시설 전부를 이전하거나 3년 이상 본점 및 주사무소, 공장시설을 갖춘 법인으로써 본사 등을 수도권 외의 지역으로 이전하고 세액감면을 받은 법인에 대한 사후관리가 미흡하다. 이에 대한 국세청의 실제 사후검증 사례를 싣는다. / 편집자 주
감면요건·감면소득계산·이전 전후 본사 근무인원 등 검토
본사 지방이전 감면 적정여부(2008~2009년, 부산청)
□ 추진배경
○ 수도권과밀억제권역 안에서 2년이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 공장시설 전부를 이전하거나, 3년이상 본점·주사무소, 공장시설을 갖춘 법인으로써 본사 등을 수도권 외의 지역으로 이전하고 세액감면 받은 법인에 대한 사후관리 미흡.
○ 건설업 영위법인이 2003년 12월 31일 이전 본사를 이전한 경우 주택 및 주택부수토지의 양도차익은 당해 과세연도인 과세표준에 포함되는 것이고 건물이 정착된 면적에 지역별 배율(도시계획구역내 5배, 도시계획구역외 10배)을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지 양도차익만 감면대상이나, 정착된 면적에 지역별 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 양도차익에 대하여도 감면소득에 포함하여 부당감면한 사례.
○ 조세특례제한법 제63조 및 제63조의 2의 규정에 의하여 법인 본사 및 공장을 지방으로 이전하고 법인세를 감면받은 법인에 대한 사후관리 미흡.
□ 관련규정
○ 조세특례제한법 제63조 【수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】, 제63조의 2 【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 감면】
□ 대상법인 선정방법(예시)
| TIMS 추출 |
| ·△△년 공장 및 법인본사의 지방이전에 대한 조세특례 감면 신청자 추출 |
↓
| 제외기준 |
| ·감면세액 일정 금액 이하 법인 ·기 지방이전에 대한 조세특례 감면 사후관리 법인 |
□ 검토대상 서식
○ 공장 및 본사이전감면세액계산서, 공제감면추가납부세액합계표, 손익계산서, 소득금액조정합계표, 과목별소득금액조정명세서(1)(2), 감사보고서, 원천징수이행상황신고서 등.
□ 검토요령
○ 공장시설을 조업가능한 상태로 타인에게 양도하거나 공장용으로 임대하는 경우 감면 불가.
○ 과밀억제권역외의 지역으로 공장시설을 전부 이전하였으나, 과밀억제권역 안에 등기부등본상 본점이 소재하는 경우 세액감면 적용 제외.
○ 감면요건 적정여부 검토.
- 본사 이전등기일로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 사업 영위 하였는지 여부.
- 이전하여 사업 개시한 날로부터 2년 이내 수도권 안의 본사를 양도 또는 본사 외의 용도로 전환(선이전 후양도).
- 본사 양도일로부터 2011년 12월 31일까지 사업 개시하거나 신축 이전시 2011년 12월 31일까지 부지를 취득하고 2014년 12월 31일까지 사업 개시(선양도 후이전).
○ 감면소득계산 적정여부 검토.
- 과세표준에서 부동산 양도차익 차감.
· 주택신축판매업 법인이 대부분 주택부수토지의 양도차익 전액을 감면소득으로 계산한 경우 적정여부 정밀 검토.
- 이전 전·후 본사근무인원.
· 본사근무인원에는 일용근로자, 기업부설연구소의 연구전담용원과 사외이사(일용근로자는 전체인원에도 포함되지 않음).
· 수도권 안의 본사근무인원은 이전후 수도권 안에서 본사업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균인원.
* 이전일이 속하는 사업연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산.
· 건설업법인의 현장관리직원은 본사 및 이전본사 근무인원에 포함되지 않음(법인 전체인원에는 포함).
· 급여는 소득세법 제20조 제1항 1호 가·라목 규정에 의한 급여와 소득을 말함(비과세 소득 포함, 상여처분액 제외).
- 감면기간 및 감면율 적정여부 검토.
| 감면기간 | 감면율(%) | |||
| 2003년 12월 31일 이전 | 2004년 1월 1일 이후 2009년 12월 31일 이전 | 2010년 1월 1일 이후 이전 | ||
| 성장관리권역 등 | 기타 낙후지역 | |||
| 6년간(이전일 포함) | 5년간(이전일 포함) | 5년간 | 7년간 | 100 |
| 그 후 5년간 | 그 후 2년간 | 2년간 | 3년간 | 50 |
○ 감면사업과 기타사업을 겸영하는 경우 법인세법 제113조 【구분경리】 규정을 준용하여 계산.
□ 관련 해석사례
○ 구 법 시행령(2003년 12월 30일 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것) 제60조의 2 제5항은 ‘대통령령이 정하는 주택 및 주택에 부수되는 토지’라 함은 판매를 목적으로 신축한 주택과 당해 주택에 부수되는 토지로서, 건물이 정착된 면적에 도시계획구역 내의 토지의 경우에는 5배, 도시계획구역 외의 토지의 경우에는 10배를 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정.
위 각 규정의 문언과 법인세법에서의 용어사용례 등을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 구 법 시행령 제60조의2 제5항 소정의 ‘건물이 정착된 면적’은 ‘1층의 바닥 면적’을 의미하는 것으로 보아야 할 것임(대법원 2008두11372, 2009.08.20).
