중소기업의 경우 각 사업연도 소득에 결손금이 발생한 경우 직전 사업연도 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 환급신청이 가능하다. 그러나 설립시부터 중소기업이 아니거나, 유예기간 경과로 중소기업 아닌 법인이 결손금 소급공제에 대한 부당 환급 신청 사례가 발생하고 있다. 이에 대한 국세청의 실제 사후 검증 사례를 싣는다. 아울러 사업의 신규 고용에 대한 세제상 인센티브제도로 신설 되었으나, 실질적인 고용증대 효과가 없는 경우에도 세액공제를 적용한 고용증대특별세액공제 적정여부 사례를 싣는다. /편집자 주
결손금 소급공제 부당 환급신청 여부(2008~2009년, 본청)
□ 추진배경
○중소기업이 각 사업연도 소득에 결손금이 발생한 경우 직전 사업연도 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 환급신청 가능.
- 설립시부터 중소기업이 아니거나, 유예기간 경과로 중소기업 아닌 법인이 결손금 소급공제에 대한 부당 환급 신청.
□ 관련규정
○법인세법 제72조 【결손금 소급공제에 따른 환급】, 시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액 계산】 제2항.
○조특법시행령 제2조 【중소기업의 범위】.
- 규모(매출액·종업원수·자본금·자산총액)의 확대로 중소기업에 해당되지 않은 경우에도 4년간(사유발생연도+다음 3개연도) 중소기업으로 봄(유예기간 적용).
□ 대상법인 선정방법
○결손금소급공제 환급결정 법인 중 당해연도 중소기업이 아닌 법인.
* 4년 전 종업원수 1천명 미만, 매출액 1천억원 미만, 자기자본 1천억원 미만, 자산총액 5천억원 미만으로 유예기간 해당 법인은 제외.
□ 검토대상 서식
○결손금소급공제 환급 신청서, 중소기업기준검토표(전 5개연도 포함), 직전사업연도 법인세 신고서, 조정후 수입금액 명세서, 표준대차대조표 및 원천징수 이행상황신고서.
□ 검토요령
○당해연도 중소기업 해당여부 검토.
- 중소기업기준 검토표, 조정후 수입금액 명세서(업종 및 매출액), 표준대차대조표(자본금), 원천징수이행상황신고서(종업원 수)를 확인하여 중소기업 해당여부 검토(감면법인 전산사후관리 편람 책자 참조).
- 세금계산서 수수상황을 분석하여 중소기업 해당업종 영위여부 판정.
- 중소기업 해당업종이 아닌 경우, 합병한 경우, 독립성 기준에 적합하지 않은 경우(상호출자제한기업집단 해당)에는 중소기업에 해당하지 않음.
○중소기업 유예기간 해당여부 검토.
- 매출액 등 규모의 확대로 당해연도 중소기업이 아닌 경우 4년 전 사업연도에 중소기업에 해당하였는지 여부 검토(사유발생연도&다음 3개연도 유예기간 적용).
* 졸업기준 : 종업원 수 1천명, 자기자본 1천억원, 매출액 1천억원 또는 자산총액 5천억원 이상.
- 4년 전 사업연도에 중소기업에 해당한 경우 유예기간을 적용하여 결손금 소급공제 환급신청이 정당하나, 유예기간이 경과한 경우 중소기업에 해당하지 않음.
* 4개 사업연도 이전에 유예기간을 기 적용받은 경우에는 다시 유예기간을 적용하지 않음(각 사업연도별로 중소기업 해당여부 판단).
○서면검토 결과 중소기업이 아닌 경우.
- 검토 결과 중소기업이 아닌 경우 결손금소급공제 환급세액만 아니라 직전사업 연도 중소기업특별세액감면 등 중소기업 관련 공제·감면세액 추징여부도 함께 검토.
-결손금 소급공제 환급 신청하고 결손 발생한 사업연도 법인세 신고시 환급신청 세액을 기납부세액으로 이중 환급받는 사례가 있으므로 기납부세액 적정여부 검토.
- 소급공제와 이월공제(소득에서 공제하는 방법)는 중복 적용할 수 없으므로 소급 공제 환급받은 과세표준상당액을 이후 사업연도에 이월공제 받았는지 여부도 반드시 검토.
해명요구할 내용(예시)
중소기업 해당사유, 결손금소급공제 환급신청 또는 중소기업 관련 감면 신청 사유 등
□ 관련 해석사례
○조특법 기본통칙 4-2-5 【중소기업유예기간의 적용범위】.
① 중소기업의 주된 사업이 중소기업의 해당업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 종소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 영 제2조 제2항의 규정에 의한 유예기간을 적용한다. 다만, 주된 사업이 중소기업의 해당사업이 아닌 사업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 그러하지 아니함(2002.4.15 개정).
② 영 제2조 제2항 본문의 규정에 의한 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 다른 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일이 속하는 과세연도부터 이를 중소기업으로 보지 아니함(2002.4.15 개정).
고용증대특별세액공제 적용 법인 중 당해 사업연도 신규 설립 법인 검증
고용증대특별세액공제 적정여부(2007~2009년, 대전청)
□ 추진배경
○고용증대특별세액공제는 일자리 창출을 통해 경기회복을 조기에 달성하기 위하여 기업의 신규 고용에 대한 세제상 인센티브제도로 신설되었으나,
- 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우 등 실질적인 고용증대 효과가 없는 경우에도 세액공제를 적용한 사례 검증.
□ 관련규정
○ 조세특례제한법 제30의4 【고용증대특별세액공제】, 시행령 제27의4 【상시근로자의 범위 및 인원산정방법】.
□ 검토대상 서식
○ 원천징수이행상황신고서, 근로소득원천징수영수증, 세액공제신청서, 고용증대공제세액계산서, 세액공제조정명세서(3).
□ 대상법인 선정방법(예시)
○ 고용증대특별세액공제를 적용받은 법인 중 당해 사업연도에 신규로 설립된 법인.
□ 검토요령
○ 과세연도 중 사업 개시한 경우 조특법 제6조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는지 여부 검토.
- 창업기업 : 전과세연도 상시근로자를 영(0)으로 보고 계산.
- 조특법 제6조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 경우 : 당해 과세연도의 상시 근로자수와 직전과세연도의 상시근로자수는 같은 것으로 보아 세액공제 적용 배제.
○ 상시근로자수 계산의 적정여부 검토.
- 직전과세연도 중에 합병·분할·사업의 포괄양수 또는 창업한 경우 : 직전 과세연도 상시근로자수 = 승계일 또는 개시일이 속하는 달부터 매월 말일 상시 근로자의 합/ 해당 월수.
□ 관련 해석사례
○ 조세특례제한법 제30조의 4 제1항의 규정에 의한 고용증대 특별세액공제를 적용하기 위한 상시근로자수를 계산함에 있어 당해 과세연도 중에 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 사업개시일이 속하는 사업연도의 상시근로자수와 직전 과세연도의 상시근로자수는 같은 것으로 보이는 것임(서면2팀-474, 2005.03.31).
