국세청, 계열편입 유예 시 피인수법인 지배주주 해당하는지 여부 사전답변
피인수법인이 계열편입 유예 통지를 받은 경우 피인수법인의 대표이사는 피인수법인의 지배주주에 해당하지 않는다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 피인수법인의 지배주주 해당하는지 여부에 대한 질의에서 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 기획재정부의 회신(기획재정부 법인세제과-463, 2024.8.19.)을 제시하면서 “피인수법인이 계열편입 유예 통지를 받은 경우 피인수법인의 대표이사와 인수법인은 특수관계에 해당하지 않기 때문에 피인수법인의 대표이사는 피인수법인의 지배주주에 해당하지 않는다”고 답변했다.
질의법인(인수법인)은 각 기업들에 복지 플랫폼 서비스를 제공하는 등 기업복지사업과 관련된 소프트웨어의 자문·개발 및 공급업, 전자상거래업 등을 영위하는 회사이다.
질의법인은 2021년 3월경 독점규제 및 공정거래에 관한 법률상의 상호출자제한기업집단인 A그룹의 계열사로 편입됐고 현재까지도 이 그룹의 계열사 지위를 유지하고 있다.
질의법인은 2022년 11월경 기술혁신형 중소기업인 B(피인수법인)의 대표이사를 비롯한 주주 총 수십 인으로부터 피인수법인 지분을 매입했다.(본건 인수)
본건 인수 후에도 피인수법인의 창립자 겸 대표이사는 피인수법인의 주식 9%를 보유하면서 해당 직위를 그대로 유지했다.
한편 피인수법인은 공정거래위원회에 계열편입 유예신청을 통해 ‘2022년 11월부터 7년간 A 그룹의 소속회사에서 제외된다’는 취지의 계열편입 유예통지를 받았다.
질의법인은 이와 관련해 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(조특법 제12의4) 규정을 적용하는데 있어 기업집단에 소속된 내국법인(질의법인)이 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 지배주주 겸 대표이사 등으로부터 주식을 인수한 경우로서, 대표이사가 보유주식을 일부 양도한 후에도 계속 해당 직책에 재직하면서 피인수법인의 주식을 소유하고 있는 경우, 피인수법인이 공정거래위원회로부터 ‘계열편입 유예통지’를 받았다면 동 대표이사가 조세특례제한법 제12조의4 제1항 제4호에 따른 ‘피인수법인의 지배주주 등’에서 제외되는지 여부에 대해 물었다.
현행 조세특례제한법 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) 제1항에서는 “내국법인(이하 이 조에서 ‘인수법인’이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 ‘피인수법인’이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ‘주식 등’이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.”고 규정하면서 제1호에서 “인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것”, 제2호에서 “인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식 등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 ‘기준지분비율’이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식 등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것”으로 규정하고 있다.
또한 제3호에서는 “인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것”으로 규정하고, 가목에서 “취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130”, 나목에서 “취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식 등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식 총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 ‘당초지분비율’이라 한다)”로 규정하고 있다.
또한 제4호에서는 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 ‘주주 등’이라 한다)가 해당 주식 등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당하지 아니할 것”으로 규정하고 제5호에서는 “ 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것”으로 규정하고 있다.
이와 함께 조세특례제한법 시행령 제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) 제6항에서는 “법 제12조의4 제1항 제4호에서 ‘대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자’ 및 같은 조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 등’이란 각각 피인수법인의 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항에 따른 지배주주 등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌인 혈족”, 제2호에서 “취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자”로 규정하고 있고. 제7항에서는 “법 제12조의4 제1항 제4호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등의 범위에 관하여는 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항을 준용한다.”고 규정하고 있다.
한편 법인세법 시행령 제43조(상여금 등의 손금불산입) 제3항에서는 “법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 제7항에서는 “ 제3항에서 ‘지배주주 등’이란 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우의 해당 주주 등(이하 ‘지배주주 등’이라 한다)을 말한다”고 규정하고 있다.
(사전-2023-법규법인-0184 [법규과-2144]. 2024. 08. 28.)
