세무조사 진행 중 조사공무원의 절차 준수 등 부당함을 느낀 납세자는 국세청의 '세무조사 참관 제도'나 '권리보호요청 제도'를 이용하면 된다.

'세무조사 참관 제도'는 세무조사로 인한 심리적 부담완화, 조사공무원의 절차 준수 및 권한 남용 방지를 위해 납세자보호담당관에게 세무조사 과정에 참관해 조력 제공을 요청하는 제도이다.

일반통합조사대상자와 권리보호요청을 신청한 납세자가 대상이다.

일반통합조사대상자의 경우, 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액이 가장 큰 과세기간의 수입이 개인사업자는 10억원 미만, 법인사업자는 20억원 미만인 비상장·비계열 영리내국법인이면 신청대상이다. 

다만 무신고자, 소비성 서비스업 등 지원배제 업종 영위 사업자, 자료상 등 불성실사업자는 제외다.

지원 내용은 조사 적법 절차 준수여부 확인 및 권리보호사항에 대한 조력이다.

신청방법은 조사종결 7일 전까지 조사 관할세무서 납세자보호담당관에게 신청서를 제출하면 된다.

또 '권리보호요청 제도'는 국세행정집행 또는 처분 과정에서 납세자의 권리가 부당하게 침해되고 있거나 현저한 권리침해가 예상되는 경우 납세자가 납세자보호담당관에게 권리 구제를 요청하는 제도로, 납세자가 권리보호를 요청하면 납세자보호위원회가 심의하거나 납세자보호담당관이 심리해 권리를 구제해 준다.

세무조사관련 권리침해 유형을 살펴보면, ▲세법 등에 명백히 위반되는 조사 ▲조세탈루 혐의를 명백히 인정할 만한 자료가 없는 등 구체적 사유 없이 같은 세목 및 과세기간에 대해 시행하는 중복조사 ▲중소규모 납세자가 세무조사 기간연장 및 범위확대에 대해 세무조사 일시 중지 및 중지 요청 ▲세무조사 중인 세무공무원의 위법·부당한 행위등이 해당된다.

납세자보호담당관이 사실관계 확인 후 주무과에 시정요구하거나 납세자보호위원회 심의를 통해 권리보호요청을 지원한다.

신청방법은 권리보호심의요청서를 작성해 관할 세무서 납세자보호담당관에게 제출하면 된다.

한편 국세청은 세무조사에 대한 적법절차 준수와 조사권 남용 방지를 위해 세무조사 과정을 모니터링하고 있다.

구체적으로 세무조사 기간 중에는 착수·진행·종결 단계별로 '실시간 모니터링'을 실시하며, 세무조사가 종결되어 결과 통지서 발송 이후에는 '사후 모니터링'을 실시하고 있다.

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