Ⅳ. 합병법인에 대한 과세
2 적격합병 시 합병법인에 대한 과세
4. 세무조정사항 등의 승계
(2) 승계받은 공제·감면세액의 적용방법
법 제59조 제1항 제1호에 따른 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것으로 한정한다)의 경우에는 합병법인이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대해 합병 당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용한다(영 제81조 제3항 제1호).
법 제59조 제1항 제3호에 따른 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병법인이 다음의 구분에 따라 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 사업연도분까지 공제한다(영 제81조 제3항 제2호).
다. 기부금한도초과액의 승계
(1) 기부금의 손금불산입
내국법인이 지출하는 기부금은 일정범위 내에서 손금에 산입하는 기부금(특례기부금 및 일반기부금)과 손금에 산입하지 않는 기타의 기부금으로 구분되며, 손금산입 범위액을 초과하는 기부금과 기타의 기부금은 손금에 산입할 수 없다(법 제24조 제2항 및 제3항).
① 법 제24조 제2항 제1호에 따른 특례기부금(구 법정기부금)의 손금산입한도액
(기준소득금액1) － 법 제13조 제1항 제1호의 이월결손금2)) × 50%
1) 차가감소득금액 - 합병·분할 등에 따른 자산의 양도차익＋합병·분할 등에 따른 자산의 양도차손＋특례기부금지출액＋일반기부금지출액
2) 각사업연도 개시일 전 15년(2019년 이전 발생분은 10년) 이내 개시한 사업연도에 발생한 이월결손금(법 §13① 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 80%를 한도로 이월결손금 공제를 적용받는 법인은 기준소득금액의 80%를 한도로 한다)
② 법 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(구 지정기부금)의 손금산입한도액
(기준소득금액 － 법 제13조 제1항 제1호의 이월결손금 - 특례기부금 손금산입액(이월액 포함) × 10%(20%*)
*사업연도 종료일 현재 「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따른 사회적 기업
이 경우 내국법인이 각 사업연도에 지출하는 기부금 중 특례기부금 및 일반기부금의 손금산입한도액을 초과해 손금에 산입하지 아니한 금액(이하 “기부금한도초과액”이라 한다)은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 소득금액을 계산할 때 특례기부금 및 일반기부금의 손금산입 한도액의 범위에서 손금에 산입한다(법 제24조 제5항).
(2) 기부금한도초과액의 손금산입 방법
합병·분할 이전에 발생한 기부금 한도초과액의 손금산입의 범위를 합리적으로 제한하기 위해 2020년 12월 22일 「법인세법」 개정 시 합병·분할에 대한 기부금한도초과액의 손금산입 한도 규정이 신설됐다.
이에 따라 2021년 1월 1일 이후 합병하는 분부터는 합병법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 합병등기일 현재 합병법인의 기부금한도초과액과 합병법인이 승계한 피합병법인의 기부금한도초과액은 다음과 같이 구분해 손금에 산입한다(법 제45조 제6항 및 제7항).
라. 주요 질의·답변
Q. 동일사업 영위 법인을 적격합병한 후 구분경리하지 않은 경우 합병법인이 승계받은 외국납부세액공제 이월액의 공제 방법
A. 외국납부세액공제 이월액의 세액공제는 승계한 사업용 자산가액 비율로 국외원천소득금액을 산정해 적용함.
적격합병을 한 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월된 외국납부세액공제 미공제액은 승계받은 사업에서 발생한 국외원천소득을 해당 사업연도의 과세표준으로 나눈 금액에 해당 사업연도의 세액을 곱한 금액의 범위에서 공제한다.
이 경우 합병법인이 동일사업을 영위하는 법인을 적격합병한 후 구분경리하지 않은 경우에는 승계받은 사업에서 발생한 국외원천소득을 산정하기가 곤란하며, 이에 대한 산정방법이 명확히 규정돼 있지 않다.
한편, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제되며, 동일사업을 하는 법인이 적격합병한 후 구분경리하지 않은 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 안분계산 하도록 규정하고 있으므로, 외국납부세액공제 이월액의 공제도 이를 준용하여 산정한다.
<예규:서면법규과-126, 2014.2.7.>
내국법인(합병법인)이 동일사업을 영위하는 법인을 적격합병해 구분경리를 하지 아니한 경우, 피합병법인으로부터 승계받은 외국납부세액공제 이월액의 세액공제는 「법인세법」 제45조 제1항 괄호규정에 따라 해당 사업연도에 발생한 전체 국외원천소득금액을 같은 법 시행령 제81조 제1항에 따른 자산가액 비율로 안분하여 산출된 금액을 승계받은 사업에서 발생한 국외원천소득으로 보아 적용한다.
Q. 합병법인이 합병 전 공제받지 못한 세액공제 이월액의 공제 방법
A. 합병법인이 합병 전 공제받지 못한 세액공제 이월액은 합병 후 피합병법인으로 부터 승계받은 사업과 종전 합병법인이 영위하던 사업의 구분 없이 이월공제를 적용함.
합병법인이 적격합병의 요건을 충족하여 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보는 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 「법인세법」 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 합병법인이 적용을 받을 수 있다.
한편, 「법인세법」 제45조 제4항 및 같은 법 시행령 제81조 제3항 제2호에서는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제는 승계받은 사업부문을 기준으로 적용하도록 제한하고 있으나, 합병법인의 합병 전 공제받지 못한 세액공제 이월액에 대하여는 공제 범위를 제한하는 규정이 없다.
따라서 별도로 제한 규정을 두고 있지 않은 합병법인의 합병 전 공제받지 못한 세액공제 이월액은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 세액인지 여부와 무관하게 합병법인의 전체 법인세액에서 공제할 수 있다.
<예규:서면법규과-1314, 2014.12.15.>
합병법인이 합병 전에 공제받지 못한 세액공제 이월액은 합병 후 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 종전 합병법인이 영위하던 사업의 구분없이 정해진 기간과 금액의 한도 내에서 이월공제를 적용할 수 있다.
Q. 중견기업이 중소기업을 적격흡수합병하는 경우 중견법인에서 중소기업으로부터 승계받은 이월세액을 공제할 수 있는지 여부
A. 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문에 대해 계산한 법인세 최저한세액 또는 산출세액의 범위에서 공제 가능하나, 사후관리 요건이 있는 경우에는 이를 충족한 경우에 공제할 수 있다.
합병법인이 적격합병의 요건을 충족해 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보는 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다.
이 경우 법인세법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.
예를 들어, 대기업 또는 중견기업(합병법인)이 중소기업(피합병법인)을 적격 흡수합병하는 경우 승계받은 사업부문에 대해 계산한 법인세 최저한세액 또는 산출세액의 범위에서 승계받은 이월된 미공제세액을 공제할 수 있으나, 사업용자산의 계속 보유, 고용 유지 등 법인세법 또는 다른 법률에 사후관리 요건 등이 있는 경우에는 이를 충족한 경우에 한하여 공제를 적용받을 수 있다.
<예규:서면-2023-법인-0252, 2023.03.29.>
중소기업인 법인(이하 ‘피합병법인’)과 적격합병을 한 중견기업인 내국법인은 「법인세법」 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 세액공제로서 그 세액공제 요건을 모두 갖춘 경우에는 이월된 미공제액을 「조세특례제한법」 제144조에 따라 이월공제 할 수 있다.
이 경우, 피합병법인의 이월된 미공제액은 「법인세법 시행령」 제81조 제3항 제2호에 따라 승계받은 사업부문에 대해 계산한 법인세
Q. 2020년 12월 31일 이전 합병에 대한 피합병법인의 기부금한도초과액의 승계 여부
A. 적격합병의 요건을 갖춘 경우 2020년 12월 31일 이전 합병의 경우에도 피합병법인의 기부금한도초과액을 승계 가능함.
2020년 12월 22일 「법인세법」 개정 전에는 적격합병 시 피합병법인의 기부금한도초과액의 승계 여부에 대한 명시적인 규정이 없어 피합병법인의 기부금한도초과액이 합병법인에 승계가 되는지에 대해 논란이 발생했다.
이에 대해 조세심판원은 “「법인세법」 제44조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제85조에서 적격합병 요건을 충족하는 경우 비적격합병과는 달리 합병등기일 현재 피합병법인의 ‘각 사업연도 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액’(세무조정사항)을 합병법인이 승계하도록 규정하고 있는 점, 청구법인과 피합병법인의 합병은 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 ‘적격합병’에 해당하고, 쟁점기부금한도초과이월액은 피합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당하는 점, 적격합병시 합병등기일 현재 피합병법인의 세무조정사항 중 유보(또는 △유보)로 소득처분되는 사항에 한정하여 합병법인에 승계된다는 처분청 의견은 그 법적 근거가 없는 점 등을 들어 피합병법인의 기부금한도초과액도 합병법인에 승계되는 것으로 판단했다.
<심판:조심-2018-서-1802, 2018.8.27.>
청구법인과 피합병법인의 합병은 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 적격합병에 해당하고, 쟁점기부금한도초과이월액은 피합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당하는 점 등에 비춰 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다.
2020년 12월 31일 이전 합병의 경우에는 상기 심판례와 같이 피합병법인의 기부금한도초과액에 대해 합병법인이 승계가 가능하며, 합병 이전에 발생한 기부금한도초과액의 손금산입 방법은 다음과 같다.
5. 자산처분손실에 대한 손금산입 제한
적격합병을 한 합병법인에 대하여는 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실에 대한 손금산입을 제한함.
가. 연혁
2009년 합병세제 전면개편 시 피합병법인의 미실현 손실이 있는 자산을 이용한 조세회피 목적의 합병을 규제하기 위해 합병법인은 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 피합병법인으로부터 승계받은 자산의 처분손실을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하도록 제한했다.
2011년 「법인세법」 개정 시 자산처분손실이 예상되는 페이퍼컴퍼니 등을 합병법인으로 하여 합병 후 자산처분손실을 공제받는 조세회피사례를 방지하기 위해 합병법인의 합병 전 소유하던 자산의 자산처분손실도 합병법인의 합병 전 사업에서 발생하는 소득에서만 공제하도록 개선했다.
한편, 제도 운용과정에서 합병 후 예상치 못한 시가하락에 의한 처분손실도 손금산입을 제한하게 되는 문제점이 발견됐으며, 이러한 문제점을 해소하기 위해 2016년 「법인세법」 개정 시 자산처분손실 중 합병 전 보유자산의 합병 시 시가가 장부가액보다 낮은 경우에만 손금산입을 제한하도록 하고, 합병 시 장부가액과 시가와의 차이만큼만 피합병법인으로부터 승계받은 사업 또는 합병법인의 합병 전 사업에서 발생하는 소득에서 자산처분손실을 손금에 산입하도록 제도를 합리화했다.
나. 적용방법
적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 법 제52조 제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다(법 제45조 제3항 전단).
이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 법 제45조 제1항 및 제2항을 적용한다(법 제45조 제3항 후단).
자산처분손실에 대한 손금산입 제한 적용요건 : ❶ ~ ❸ 모두 충족
❶ 합병법인 또는 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산을 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도의 기간 중에 처분할 것
❷ 합병등기일 현재 해당 자산의 시가가 장부가액보다 낮을 것
❸ 해당 자산의 처분 시 처분손실(처분가액 < 장부가액)이 발생할 것
다. 주요 질의·답변
Q. 합병 시 교부받은 자기주식의 합병 전 보유자산 해당 여부
A. 합병법인이 합병포합주식에 대해 교부받은 자기주식은 합병법인의 합병 전 보유자산에 해당함.
「법인세법」 제45조 제3항에서는 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 법 제52조 제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하도록 규정(이하 “쟁점 규정”이라 한다)하고 있다.
예를 들어 A법인이 B법인의 지분을 100% 보유하고 있으며, A법인은 완전자회사인 B법인을 적격흡수합병하면서 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식(포합주식)에 대해 합병신주인 자기주식을 교부한 후 해당 자기주식을 처분하는 경우 합병신주인 자기주식을 합병 이후 합병법인이 취득한 자산으로 볼 경우 쟁점 규정의 적용대상에 해당하지 않으나, 합병법인이 합병 전 보유하고 있던 합병포합주식이 단순이 자기주식으로 대체한 것으로 보아 해당 자기주식을 합병법인이 합병 전 보유하던 자산으로 볼 경우에는 해당 자기주식의 처분(합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도 기간 중에 처분) 으로 발생한 처분손실은 쟁점 규정의 적용대상에 해당하게 된다.
이 경우 A법인(합병법인)이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실을 산정함에 있어 A법인이 보유하고 있는 B법인(피합병법인)의 주식(포합주식)에 대해 합병신주인 자기주식을 교부한 경우 해당 자기주식은 합병으로 인하여 합병 전에 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식이 자기주식으로 대체된 것에 불과하므로 A법인이 합병 전 보유하던 자산에 해당한다.
<예규:서면-2017-법령해석법인-3271, 2018.9.4.>
내국법인이 출자지분의 100%를 보유하고 있는 완전자회사를 적격흡수합병하면서 합병법인이 보유하고 있는 피합병법인의 주식(포합주식)에 대해 합병 신주인 자기주식을 교부한 경우, 「법인세법」 제45조 제3항에 따라 합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실을 산정함에 있어서 합병법인이 교부받은 자기주식은 합병법인이 합병 전 보유하던 자산에 해당하며, 합병등기일 현재 해당자산의 시가는 합병법인이 합병 전 보유하던 포합주식의 시가를 의미한다.
Ⅴ. 적격합병에 대한 사후관리
1 적격합병 사후관리 추징 요건
1. 개요
적격합병을 한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(3년) 이내에 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우 비적격합병으로 취급하여 과세이연 등의 세제지원을 취소함.
「법인세법」에서는 기업의 원활한 구조조정을 지원하기 위해 법인이 적격합병을 한 경우 피합병법인의 양도손익과 합병법인의 합병매수차손익의 과세를 이연하고 피합병법인의 이월결손금, 세무조정사항, 공제감면세액 등의 승계를 허용하는 등 적격합병에 대한 과세특례 제도를 운용하고 있다.
다만, 합병 후 일정기간(사후관리기간) 내에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 등 법 제44조의3 제3항 각 호에 따른 사유가 발생한 경우 적격합병에 대한 과세특례를 취소하게 된다.
이 경우 법 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우(완전모자회사 간 합병 및 완전자회사 간 합병)에는 사후관리 규정을 적용하지 않는다.
법 제44조의3 제3항 각 호에 따른 사유(이하 “사후관리 추징 요건”이라 한다)는 다음과 같으며, ①·②의 사유의 경우 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 ③의 사유의 경우 3년 동안 사후관리를 하게 된다(법 제44조의3 제3항 및 영 제80조의4 제3항).
