국세청, 바이오의약품 제조사 통합투자세액공제 적용대상 여부 유권해석
다른 기업에서 연구개발한 신성장·원천기술을 사업화하기 위한 시설은 신성장사업화시설에 대한 투자에 해당하며 바이오의약품 생산 시 이물질 혼입 방지 기능을 하는 클린룸 설비에 대한 투자금액도 통합투자세액공제 대상에 해당한다는 국세청 유권해석이 나왔다.
국세청은 바이오의약품 생산 회사의 통합투자세액공제 적용대상 여부를 묻는 질의에서 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “다른 기업에서 연구개발한 신성장·원천기술을 사업화하기 위한 시설로 해당 시설이 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제21조 제4항 제1호 및 같은 법 시행규칙(2022.3.18. 기획재정부령 제904호로 개정되기 전의 것) 제12조의2에 따른 시설의 요건을 충족하는 경우 해당 시설에 대한 투자는 같은 법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제24조에 따른 신성장사업화시설에 대한 투자에 해당하는 것”이라고 밝혔다.
국세청은 또 “바이오의약품을 생산할 때 이물질 혼입 방지 기능을 하는 클린룸 설비에 대한 투자금액도 같은 법 제24조에 따른 통합투자세액공제 대상에 해당하는 것”이라고 답변했다.
질의를 낸 A법인은 바이오의약품을 생산하는 CMO(Contract Manufacturing Organization) 사업을 영위하고 있다. CMO 사업은 신약 개발회사를 대신해 바이오의약품을 전문적으로 생산해주는 사업을 의미한다.
A법인은 바이오신약 및 바이오시밀러 수요에 대응하기 위해 BB공장 건설에 착수하여 20XX년 중순 완공할 예정이고, BB공장 준공 후에는 이 공장 내에 클린룸을 설치할 예정이다. 클린룸은 바이오의약품을 생산할 때 이물질 혼입 방지 기능을 하는 시설이다.
A법인의 생산설비는 KIAT 인증을 거쳐 신성장·원천기술심의위원회(산업통상자원부 및 기획재정부 공동 구성)로부터 신성장사업화시설로 인정받았으며 A법인이 생산하는 바이오의약품은 조세특례제한법 시행규칙 별표 6의 7.가.1) 및 3)에 해당한다.
질의법인은 이와 관련해 다른 기업이 연구개발한 신성장·원천기술을 사업화하는 시설에 대한 투자가 조세특례제한법 제24조(통합투자세액공제)에 따른 신성장사업화시설에 대한 투자에 해당하는지 여부에 대해 물었다.
또한 바이오의약품 생산 시 이물질 혼입 방지 기능을 하는 클린룸 설비에 대한 투자금액에 대해 통합투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 대해서도 물었다.
현행 조세특례제한법 제24조(통합투자세액공제)(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.”고 규정하면서 제1호 “공제대상 자산” 가목에서 “기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.”, 나목에서 “가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산”으로 규정하고 있고, 제2호 “공제금액”에서는 가목에서 “기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 신성장·원천기술의 사업화를 위한 시설(이하 이 조에서 ‘신성장사업화시설’이라 한다)에 투자하는 경우에는 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액으로 한다.”고 규정하고 있다.
또한 조세특례제한법 시행령 제21조(통합투자세액공제)(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제4항에서는 “법 제24조 제1항 제2호 가목 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 신성장·원천기술의 사업화를 위한 시설’이란 다음 각 호의 시설을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장·원천기술을 사업화하는 시설로서 제9조 제12항에 따른 신성장·원천기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하에서 ’신성장사업화시설‘이라 한다)”로 규정하고 있다.
이와 함께 조세특례제한법 시행규칙 제12조의2(신성장·원천기술의 사업화를 위한 시설의 범위)(2022.3.18. 기획재정부령 제904호로 개정되기 전의 것)에서는 “영 제21조 제4항 제1호에서 ‘기획재정부령으로 정하는 바에 따라 별표 7에 따른 신성장·원천기술을 사업화하는 시설’이란 별표 6에 따른 시설을 말한다.”고 규정하고 있다.
(조특, 서면-2022-법규법인-1037 [법규과-1051], 2022. 03. 30)
