국세청, 자본금 납입으로 주식 취득한 뒤 벤처기업 확인 경우 과세특례 여부 유권해석
피출자기업이 설립당시에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업에 해당하지 않는 경우 조세특례제한법상 과세특례는 적용되지 않는다는 국세청 유권해석이 나왔다.
국세청은 법인설립 시 자본금 납입으로 주식을 취득한 뒤 벤처기업으로 확인받는 경우 과세특례가 가능한지 여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “내국법인이 기업을 설립할 때 자본금으로 납입하는 방법으로 주식을 취득했지만 피출자기업이 설립당시에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업에 해당하지 않는 경우 해당 주식의 취득가액은 조세특례제한법 제13조의2에 따른 과세특례가 적용되지 않는 것”이라고 유권해석 했다.
질의법인를 낸 A법인은 B법인이 설립될 때 자본금을 납입하는 방법으로 B법인의 주식을 취득했다.
B법인은 설립등기 이후 벤처기업 확인을 진행해 그 다음 과세연도 이후에 벤처기업으로 확인 받을 예정이며 설립당시에는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2 제1항 각 호의 요건을 갖추지 못했다.
질의법인은 이와 관련해 기업의 설립 시 자본금을 납입하는 방법으로 주식을 취득하고 다음 과세연도에 벤처기업으로 확인받는 경우 조세특례제한법 제13조의2의 ‘벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례’가 가능한지 여부에 대해 물었다.
현행 조세특례제한법 제13조의2(내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례) 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 내국법인이 2022년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.”고 규정하면서 제1호에서 “창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분”, 제2호에서 “자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제249조의23에 따른 창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구(이하 ‘창업·벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구’라 한다) 또는 창투조합 등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분”으로 규정하고 있다.
(조특, 서면-2021-법령해석법인-2770 [법령해석과-3307], 2021. 09. 27)
또한 제2항에서는 “제1항 각 호의 규정을 적용할 때 출자는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.”고 규정하면서 제1호에서 “해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법”, 제2호에서 “해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법”으로 규정하고 있다.
또한 제3항에서는 “제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 주식 또는 출자지분을 취득한 후 5년 이내에 피출자법인의 지배주주 등에 해당하는 경우에는 지배주주 등이 되는 날이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 주식 또는 출자지분에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 더하여 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 법인세법 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.”고 규정하고 있고, 제4항에서는 “제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.”, 제5항에서는 “제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 지배주주 등의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다.
이와 함께 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제2항에서는 “벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2021년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일 부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 제1호에서 “벤처기업의 확인이 취소된 경우 : 취소일”, 제2호에서 “벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 제2항에 따른 벤처기업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인 받은 경우는 제외한다) : 유효기간 만료일‘로 규정하고 있다.
