국세청, 합병법인 이월결손금 공제 제한 해당여부 등 공제방법 사전답변
피합병법인으로부터 승계 받은 유형자산 처분이익은 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액에 해당하며, 합병등기일이 속한 사업연도에 발생한 합병법인의 결손금은 공제제한 대상 결손금에 해당하지 않는다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 합병법인의 이월결손금 공제방법에 대해 이 같은 내용으로 사전답변 했다.
국세청은 회신을 통해 “합병법인이 부동산임대업을 영위하는 피합병법인으로부터 토지 및 건물을 승계 받아 부동산임대업에 사용한 후 해당 유형자산을 처분함에 따라 발생한 처분이익은 법인세법 제45조 제1항 및 같은 조 제5항 제1호에 따른 ‘피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액’에 해당하는 것”이라고 밝히고, “합병등기일이 속한 사업연도에 발생한 합병법인의 결손금은 법인세법 제45조 제1항에 따른 공제가 제한되는 결손금에 해당하지 않는 것”이라고 답변했다.
질의를 낸 A법인은 철강제조업, 극장용 부동산임대업 등을 영위하는 기업으로 2013년 9월 4일 B법인을 흡수합병 했다.
A법인은 합병 이전인 2011사업연도와 합병 당해 연도인 2013사업연도 및 이후 2017사업연도에 각각 결손이 발생했으며 2019년말 현재 이월결손금을 보유하고 있다.
이런 상황에서 B법인은 극장용 부동산임대업 영위 법인으로 2013년 9월 4일 A법인에게 피합병됐으며, A법인은 B법인이 소유했던 토지와 건물을 2020년 3월13일 매각했는데 매매대금은 313억 원이었고 해당 부동산 매매에서 발생한 과세소득은 267억 원이었다.
질의 법인은 이와 관련해 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 유형자산을 처분해 발생한 과세소득이 법인세법 제45조 제1항 및 같은 조 제5항 제1호에 따른 ‘피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액’에 해당하는지 여부에 대해 물었다.
이와 함께 합병등기일이 속한 사업연도에 발생한 합병법인의 결손금이 법인세법 제45조 제1항에 따라 공제가 제한되는 결손금에 해당하는지 여부에 대해서도 물었다.
(법인 사전-2020-법령해석법인-1292 [법령해석과-989] 2021. 03. 23)
현행 법인세법 제13조(과세표준) (2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제1항에서는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.”고 규정하고 있으며 제1호에서 “제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액”으로 규정하고 있고, 가목에서 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것”, 나목에서 “제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고 한 과세표준에 포함된 결손금일 것”으로 규정하고 있다.
또한 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) 제3항에서는 “내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다”고 규정하고 있다.
이와 함께 법인세법 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) (2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제1항에서는 “합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.”고 규정하고 있다.
또한 제5항에서는 “제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우 : 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액”, 제2호에서 “합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우 : 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 소득금액”으로 규정하고 있다.
한편 법인세법 제113조(구분경리) 제3항에서는 “다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.”고 규정하면서 제1호에서 “합병등기일 현재 제13조 제1항 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 : 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간”, 제2호에서 “그 밖의 경우 : 합병 후 5년간”으로 규정하고 있다.
또한 법인세법 시행규칙 제77조(합병법인 및 분할신설법인 등의 구분경리) 제1항에서는 “법 제113조 제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산·부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다.”고 규정하면서 제4호에서 “각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조 제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다”고 규정하고 있다.
