국세청, 매매차익 2회 이상 신고, 기납부 과다납부세액 환급 여부 사전답변
부동산 매매업자가 같은 과세기간 중 토지 등 매매차익예정신고를 2회 이상 하는 경우로 이미 신고한 매매차익과 합산해 신고하는 경우, 환급세액이 있을 때는 자진 납부한 세액의 범위 내에서 즉시 그 환급세액을 국세환급금으로 결정해야 한다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 토지 등 매매차익예정신고를 2회 이상 하는 경우 기 납부세액에 따른 과다납부세액 환급 여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “소득세법 제64조 제1항에 따른 부동산 매매업자가 같은 과세기간 중 같은 법 제69조 제1항에 따른 토지 등 매매차익예정신고를 2회 이상 하는 경우로 같은 법 제107조 제2항에 따라 이미 신고한 매매차익과 합산해서 신고하는 경우, 환급세액이 있을 때는 자진 납부한 세액의 범위 내에서 국세기본법 제51조 제1항에 따라 즉시 그 환급세액을 국세환급금으로 결정해야 하는 것”이라고 답변했다.
질의인은 부동산매매업을 영위하는 사업자로 2023년 1월 발생한 토지 등 매매차익에 대한 매매차익 예정신고(1차 예정신고)를 하며 세금을 납부했다.
이어 2023년 7월 다른 물건에 대해 토지 등 매매차손이 발생했고 기 예정신고분과 합산해 매매차익 예정신고(2차 예정신고)를 하면서 2차 예정신고에 따른 예정신고 산출세액을 △억원으로 산정해 신고했다.
질의인은 이와 관련해 토지 등 매매차익예정신고를 2회 이상 하는 경우로 매매차익을 합산해 계산한 산출세액이 이미 신고한 예정신고 산출세액에 미달해 환급세액이 발생한 경우 예정신고를 할 때 환급을 해야 하는지 여부에 대해 물었다.
현행 소득세법 제64조(부동산 매매업자에 대한 세액 계산의 특례) 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 ‘부동산매매업’이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 ‘부동산매매업자’라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제1호(분양권에 한정한다)·제8호·제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 ‘주택 등 매매차익’이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “종합소득 산출세액”, 제2호에서 “다음 각 목에 따른 세액의 합계액”으로 규정하고 가목에서 “주택 등 매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액”, 나목에서 “종합소득과세표준에서 주택 등 매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액”으로 규정하고 있고, 제2항에서는 “부동산 매매업자에 대한 주택 등 매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있다.
또한 소득세법 제69조(부동산매매업자의 토지 등 매매차익예정신고와 납부) 제1항에서는 “부동산 매매업자는 토지 또는 건물(이하 ‘토지 등’이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지 등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “제1항에 따른 신고를 "토지 등 매매차익예정신고"라 한다.”고 규정하고 있다.
또한 제3항에서는 “부동산매매업자의 토지 등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조제1항제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하고 있고, 제4항에서는 “부동산 매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.”고 규정하고 있고, 제5항에서는 ‘토지 등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산, 결정·경정 및 환산취득가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액을 말한다. 이하 제97조 제1항·제2항, 제100조 제1항, 제114조 제7항 및 제114조의2에서 같다) 적용에 따른 가산세에 관하여는 제107조 제2항, 제114조 및 제114조의2를 준용한다.“고 규정하고 있다.
이와 함께 소득세법 제85조(징수와 환급) 제4항에서는 “납세지 관할 세무서장은 제65조·제69조·제82조·제127조 및 제150조에 따라 중간예납, 토지 등 매매차익예정신고납부, 수시부과 및 원천징수한 세액이 제15조 제3호에 따른 종합소득 총결정세액과 퇴직소득 총결정세액의 합계액을 각각 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 환급하거나 다른 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다.”고 규정하고 있다.
또한 소득세법 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) 제1항에서는 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.”고 규정하고 있고, 제3항에서는 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.”고 규정하고 있다.
한편 국세기본법 제51조(국세환급금의 충당과 환급) 제1항에서는 “세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.”고 규정하고 있다.
(사전-2023-법규소득-0726 [법규과-3292] 2023. 12. 28.)
