본점 소재지를 수도권 외 지역으로 이전했으나 청구법인의 서울사무실이 법인의 수증자산을 관리ㆍ운용하고 본사를 관리ㆍ통제해왔다면, 조특법상 본사이전에 따른 임시특별세액감면을 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단한 조세심판원 결정이 나왔다.
다만 심판원은 “조사청이 청구법인에 대한 감면사후관리 현장확인 실시 후 감면 신고내용이 정당한 것으로 통지한 점 등으로 볼 때 청구법인에 부과된 납부불성실가산세에 대해선 이를 감면할 정당한 사유가 있다”면서 경정토록 했다.
청구법인은 2001년 4월 설립되어 소프트웨어 개발업을 하다가 현재는 홈페이지 제작 및 유지보수업을 영위하는 법인으로 2006년 1월 본점 소재지를 수도권 외 지역으로 이전한 후 2007 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제63조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면)를 적용해 법인세 OOO원(2007사업연도 법인세 100%이며, 이하 “쟁점감면세액”)을 감면받았다.
한편 2013년 2월경 감사원은 조세감면제도 운영실태 감사를 실시하고 청구법인이 사실상의 본점 역할을 하는 부서를 수도권 안에 설치해 조세특례제한법 제63조의2의 감면요건을 충족하지 못했다고 봤다.
이에 감사원은 ‘감면대상에 해당하는지를 재검토하여 부족하게 징수된 법인세를 추가로 징수하는 방안을 마련하라’는 취지의 감사결과 처분요구를 하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인이 감면받은 2007~2011사업연도까지의 지방이전 감면세액 중 부과제척기간이 임박한 2007사업연도 감면세액에 대해 신속한 채권보전조치 등을 할 필요가 있다는 판단에 따라2013년 3월 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원(납부불성실가산세 포함)을 경정·고지했다.
심판원은 “청구법인은 이전한 본사에서 모든 업무를 수행하고 있다고 주장하나, 서울사무실 현황이나 운영형태 등 실질내용을 보면 본사는 법인 등기부상 본사일 뿐이고, 청구법인의 규모·업태·종목 등을 감안하여 볼 때 청구법인의 수증자산을 관리·운용하고 본사를 관리·통제한 서울사무실이 사실상 본사 역할을 한 것으로 보인다”면서, “서울사무실을 본점으로 보아 본사이전에 대한 임시특별세액감면세액을 추징한 것이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다”고 판단했다.
다만 심판원은 청구법인에 부과된 납부불성실가산세에 대해선 청구법인의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봤다.
심판원은 “조사청이 2008년 8월부터 2009년 5월까지 청구법인에 대한 감면사후관리 현장확인을 실시하면서, 이전본사 및 서울사무소에 대한 현지확인을 거쳐 청구법인의 상시 근무인원(3명)이 모두 이전본사에 근무하고 있어 인터넷 홈페이지 제작 및 유지보수, 웹구축 업무를 충분히 수행할 수 있다고 보아 법인세가 전부 감면되는 것으로 2009년 5월 청구법인에게 통지한 사실이 있고, 그 과정에서 조사청으로부터 자산수증익도 감면대상 소득에 해당한다는 기획재정부의 질의회신을 받은 사실이 인정된다”고 밝혔다.
또한 심판원은 “청구법인의 대주주인 안OO이 2009년에도 금융자산과 관계회사 대여금을 청구법인에게 추가로 증여한 것으로 보이고 이러한 금액들에 대한 자산수증익이 감면세액 및 추징세액의 대부분인 점, 비록 매출액은 적지만 청구법인이 주업무인 인터넷 홈페이지 제작 및 유지보수, 웹구축 업무를 꾸준히 수행해 온 것으로 나타나고, 처분청은 그 후 지속적인 사후관리 과정에서도 청구법인의 감면신청을 적법한 것으로 인정하여 왔으므로 청구법인이 감면적용 대상에 해당한다고 믿을 수 밖에 없었을 것으로 보인다”고 말했다.
그러면서 심판원은 “감사원의 감사지적은 청구법인이 본사를 이전한 후 7년이 지난 시점에서 청구법인이 사후관리요건에 위배된다는 것이므로, 청구법인이 처음부터 부정하게 임시특별세액감면을 받을 목적으로 본사를 이전한 것으로 보기는 어렵다”면서 본세에 가산된 납부불성실가산세는 감면돼야 한다고 결정했다(조심2013전2858, 2014.7.16).
