법인 내부전산시스템 오류 및 직원 실수로 인한 세금계산서합계표 기재오류에 대해 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라는 조세심판원 결정이 나왔다.
심판원은 “청구법인이 쟁점세금계산서를 실지거래내용에 의해 정확하게 교부받았으나 회계담당직원의 착오로 인해 청구법인 본점 거래분을 지점 거래분으로 잘못 작성한 매입처별세금계산서합계표를 관할세무서장에게 제출한 것”이라면서, “해당 기재오류는 구 부가가치세법 제22조 5항 단서에 규정된 ‘착오로 적힌 경우’에 해당한다고 판단되므로 청구법인에게 불성실가산세를 부과한 것은 잘못이다”고 밝혔다(조심2014전1383, 2014.7.4).
A법인은 운송 및 해운, 택배사업 등을 영위하는 법인으로, 2011년 제1기 및 2011년 제2기 부가가치세 신고시 총괄납부 주사업장인 본점 명의로 수취한 매입전자세금계산서 중 일부를 청주지점의 매입으로 신고해 매입세액을 공제한 바 있다.
처분청은 본점 명의 전자세금계산서 중 지점 매입세액으로 신고한 금액을 매입세액 불공제 처리하고, 신고불성실가산세 및 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 적용해 부가세 경정 및 고지했다.
그러나 A법인은 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 것에 대해, 단순 착오에 의한 것이고 실지 거래사실이 확인되는 만큼 부당하다고 밝히며 2014년 2월 19일 심판청구를 제기했다.
A법인은 “과다한 현장업무 부담을 완화하기 위해 2011년 초부터 실물 세금계산서 정보를 재무시스템에 연동시키는 방식으로 변경했고, 변경 후 시스템에서는 본점 명의로 수취한 세금계산서에 대해서도 그 정보를 입력한 지점의 거래내역으로 자동 집계하는 문제점이 있어, 전산데이터를 집계하는 본점직원이 세금계산서의 공급받는 자가 본점이라는 정보를 전산시스템에 추가로 입력(이하 ‘강제조정’)해야 하는 문제가 있었다”고 설명했다.
또한 A법인은 “쟁점세금계산서 수취 당시 본점 물류담당직원의 인사이동이 있었고, 기존직원이 결혼 및 퇴사하는 과정에서 신규직원이 강제조정 업무를 제대로 인수인계 받지 못함에 따라 본점명의 세금계산서에 대한 강제조정이 2011년 4월분부터 누락돼 쟁점세금계산서상매입세액이 청주지점의 것으로 공제된 것으로 단순한 업무착오에 의한 기재오류”라고 주장했다.
심판원은 이 같은 A법인의 주장이 설득력이 있다고 봤다.
심판원은 “청구법인이 제시하고 있는 매입처별세금계산서합계표의 오류발생 원인과 그에 대한 증빙이 구체적이어서 청구법인의 주장에 설득력이 있고, 매입처별세금계산서합계표 오류에 의한 전체 납부세액의 변동이 없으며 쟁점세금계산서의 기재사항을 통해 청구법인 본점의 실지 거래사실이 확인된다”고 밝혔다.
이에 심판원은 “청구법인의 매입처별세금계산서합계표 오류는 구 부가가치세법 제22조 5항에서 규정하고 있는 ‘기재사항이 착오로 적힌 경우’에 해당한다고 말하며, 청구법인에 대한 부과처분 중 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세 부분은 취소하도록 결정했다.
