국세청, 토지·건물 일괄공급 뒤 토지만 사용 경우 건물 공급가액 사전답변
계약상 구분된 토지와 건물 가액이 기준시가 등으로 안분계산 한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있지만 매수인이 매매특약사항에 의해 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 공급가액은 실지거래가액으로 한다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 토지·건물 일괄공급 시 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 공급가액에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신은 통해 “고시원을 운영하던 사업자가 고시원(토지,건물)을 매수인에게 일괄 양도하며 계약상 구분된 토지와 건물 가액이 기준시가로 안분계산 한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있지만 매수인이 매매특약사항에 의하여 토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 공급가액은 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제2항 제2호에 따라 실지거래가액으로 하는 것”이라고 답변했다. 국세청은 그러나 “해당 질의가 여기에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항”이라고 덧붙였다.
질의인(매도인)은 고시원을 운영하던 중 2021년 11월 고시원의 토지와 건물(2004년 준공)을 37억원에 매매계약을 하고 계약일에 3억원, 잔금일인 2022년 2월에 34억원을 받고 매도했다.
매매 계약 당시 특약사항으로는 토지 및 건물은 일괄매각이지만 건물을 철거해 토지만 사용할 계획으로 건물가액 1억1000만원(VAT포함)을 포함해 37억원을 매매가액으로 했으며 건축허가는 잔금일 이전에 매도인의 명의로 신청하고 인감증명서, 건축허가동의서, 건축철거에 동의했다. 매도인은 매수인이 철거에 필요한 서류를 협조해 주기로 했다.
또한 건물 철거 사유는 매수인이 이 토지 위에 다세대빌라를 신축하기 위한 것으로 2021년 12월 건축허가서가 나왔으며(이때 다세대 신축공사 허가도면 제출) 2022년 2월 신청인 명의로 건축물 해체심의를 신청했다. 매수인은 건설업(주택신축판매업)으로 2022년 1월 사업자등록을 냈다.
한편 계약서상 구분된 토지와 건물의 가액은 기준시가로 안분계산 한 금액과 100분의 30이상 차이가 있다.
질의인은 이와 관련해 “고시원을 운영하던 사업자가 고시원(토지,건물)을 매수인에게 일괄 양도하며 매매특약사항으로 매수인이 건물을 철거하여 토지만 사용하기로 하는 경우 건물의 공급가액 산정방법에 대해 물었다.
현행 부가가치세법 제29조(과세표준) 제9항에서는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산 한 금액을 공급가액으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”, 제2호에서 “사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산 한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.”고 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 제2항에서는 “법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우”, 제2호에서 “토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우”로 규정하고 있다.
(부가 사전-2022-법규부가-0299 [법규과-846] 2022. 03. 15)
