□□□공사가 공유수면매립면허를 받은 후「기업도시개발특별법」제33조 제5항에 따라 해당 공유수면매립권을 개발사업 시행자에게 양도하는 경우,「법인세법」 제121조 제1항에 따라 계산서를 작성하여 해당 시행자에게 발급하여야 하는 것이라는 국세청의 유권해석이 나왔다.
국세청은 최근 공유수면매립권 양도에 따른 계산서 발급주체에 관한 질의회신에서 이같이 밝혔다(서면-2014-법령해석법인-20033 2015.08.20.).
사실관계를 보면 □□□공사(“질의공사”)는 19**년 ▽▽▽Ⅲ지구 농촌종합개발사업의 시행자로지정된 이래 ▽▽▽유역의 농지기반조성, 수자원확보를 위한 사업을 시행하고 있다. 질의공사는 해당 사업의 수행을 위해 농림축산식품부로부터 공유수면매립면허를 받았다.
△△△△△(주)(이하 “양수인”)는 「기업도시개발특별법」을 토대로국토균형발전 차원에서 그 동안 개발에서 상대적으로 소외되었거나 낙후된 지역인 ○○남도 일원에 **・** 관광레저형 기업도시(**지구) 개발사업을 추진하는 사업시행전담법인(SPC)으로서 2010.**.**. 개발구역 지정 및 개발계획 승인을 얻어 사업시행자로 지정됐다.
양수자는 기업도시 개발에 편입될 간척지를 양도・양수하기 위하여「기업도시개발특별법」 제33조(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 관한 특례) 제5항의 “개발계획 승인된 경우 매립공사의 준공인가 전에 시행자에게 매립에 관한 권리를 양도할 수 있다”는 규정에 따라 공사와 “공유수면 매립 권리・의무 양도・양수 협약”을 체결했다.
대금납입은 계약금 납입 후 **년 거치 **년 분할상환하며 잔여금에 대해서는 이자율 OO%를 적용한다.
한편, 질의공사는 공사의 회계와 별도로 농지관리기금회계를 관리하고 있으며, 농지관리기금의 주체는 농림수산식품부장관으로서 □□□□□공사 및 농지관리기금법(이하 “공사법”) 제31조에 따라 영농규모의 적정화, 농지의 집단화, 농지의 조성 등을 위하여 설치한 것으로 질의공사는 동법 제35조에 따라 운용 및 관리를 위탁받고 있으며, 정부로부터 기금의 운용・관리를 위탁받은 질의공사는 기금의 운용・관리를 명확히 하기 위해 기금을 공사의 다른 회계와 구분하여 회계처리하고 있다(동법 시행령 제35조 제2항).
질의공사와 양수자 간 체결한 공유수면 매립권리・의무 양도・양수 협약 및 대금지급 절차는 다음과 같다. 매립면허관청은 농림축산식품부이고 매립면허권자는 □□□공사이며 매립면허권양수자는 △△△△△(주)이다.
질의공사는 ▽▽▽Ⅲ사업지구 시행자로서 양수자인 △△△△△과의 협약에 있어 양도자로 되어 있으며, 매립면허 취득자의 지위로서 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제46조 제1항 제3호에 따라 매립지의 소유권 취득자에 해당되나, 질의공사가 정부로부터 위탁받아 시행한 사업으로 조성된 매립지는 질의공사가 정부를 대위하여 기금수탁관리자 명의로 등기하도록 규정되어 있다(공사법 제41조 및 농림축산식품부훈령 「매립지 등의 관리처분에 관한 규정」 제4조 제2항).
▽▽▽Ⅲ지구는 농림축산식품부가 농지관리기금을 재원으로 질의공사에 위탁하여 조성하는 것으로서, 농지관리기금법에서 지출된 사업비로 조성 중인 매립지는 공사의 자산이 아닌 농지관리기금 소유 자산으로 처리하고 있으며, 매립면허권 매각에 따른 양도대금은 전액 기금에 귀속된다.
이 같은 사실관계에서 질의공사는 ▽▽▽Ⅲ지구의 공유수면매립권을 양도・양수하는 경우 누구의 명의로 계산서를 발행하여야 하는지 여부에 대해 국세청의 회신을 요청했다.
