Ⅰ. 2023년 귀속 연말정산 주요 일정

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1. 회사의 연말정산 업무 일정
가. 연말정산 업무준비 (’23.12.~’24.1. 중순)
○ 국세청 홈페이지의 개정세법 해설 등 확인(’23.12.)
※일반적으로 세법 개정은 상반기에 대부분 완료되나 12월 중에도 일부 변경될 수 있으므로 12월말에 국세청 홈페이지의 국세신고안내 → 개인 또는 법인 → 연말정산에서 확인

○ 연말정산 유형 선택 및 프로그램 업데이트(’23.12.)
자가 개발 프로그램의 경우 세법 개정사항 등을 반영해 연말정산 프로그램 업데이트 완료[‘종이없는 연말정산’을 실시하고자 하는 회사는 국세청에서 제공하는 전자파일인식(영수증금액 추출)프로그램과 회사의 프로그램이 연계되도록 설치해야 함]
※근로소득 연말정산 대상 근로자 수가 적은 원천징수의무자의 경우 국세청 홈택스에 접속해 ‘편리한 연말정산 서비스’를 이용하면 편리

<소득·세액공제 증명서류의 전자문서 제출>
‘종이없는 연말정산’을 실시하는 회사의 경우, 근로자는 연말정산간소화 서비스에서 제공하는 소득·세액공제 증명서류를 전자파일로 다운받아 회사에 제출(다만, 해당 발급기관을 통해 직접 수집한 소득·세액공제 증명서류는 종이문서로 제출)
※회사의 연말정산 유형 선택에 따라 근로자의 연말정산간소화 서비스 및 편리한 연말정산 서비스의 이용방법이 달라짐

○ 근로자 기초자료 등록(’24.1.)

○근로자에게 연말정산 일정 등 정보 제공(’24.1.초)
회사는 국세청에서 발간한 연말정산 신고안내 책자와 연말정산 관련 국세청 보도자료를 참조, 연말정산 일정과 준비할 사항 등을 정리해 ’24.1. 초까지 근로자에게 제공
※회사는 근로자에게 소득·세액공제신고서 및 증빙서류의 제출방법, 편리한 연말정산 서비스 이용방법(선택한 경우)을 정확히 설명해야 한다.

<근로자가 알아야 할 정보>
• 연말정산 처리 일정(소득·세액공제신고서 제출, 연말정산 결과안내, 환급일정 포함) 
• 세법 개정 내용 
• 소득·세액공제 증명자료 수집(연말정산간소화 서비스 포함) 방법, 제출 시 유의사항 
• 인적공제 및 소득·세액공제 관련 유의사항, 소득·세액공제신고서 작성방법

○ 연말정산 관련 내부 자료 정리(’24.1. 말까지)
급여 지급 시 일괄 공제한 건강보험료 등·국민연금 근로자 부담금·기부금 내역 등 정리
- 근로자별 근로소득원천징수부를 확인해 총급여, 비과세소득, 원천징수세액을 함께 정리해 연말정산 프로그램에 반영
※해당 과세기간에 종(전) 근무지가 있는 근로자(재취업자 또는 2이상의 근무지가 있는 경우)의 근로소득은 주(현) 근무지의 근로소득과 반드시 합산하여 연말정산해야 한다.

나. 소득·세액공제 증명자료 수집·제출 (’24.2. 중순까지)
근로자는 연말정산간소화 서비스(홈택스 → 장려금·연말정산·전자기부금 → 연말정산간소화 → 근로자 소득·세액공제 자료 조회)를 통해 소득·세액공제 증명서류를 출력 또는 전산파일로 내려받아 소득·세액공제신고서와 함께 회사에 제출
<참고>
회사는 1.15.부터 제공되는 연말정산간소화 자료에 대한 문의사항을 영수증 발급기관에서 확인할 수 있도록 하며, 영수증 발급기관 연락처는 홈택스(PC 또는 모바일)에서 조회 가능
• 국세청에서는 간소화자료에 조회되지 않는 의료비를 신고할 수 있도록 ‘조회되지 않는 의료비 신고센터’를 운영함(조회되지 않는 의료비 신고센터 운영기간:1.15.~1.17., 의료기관의 자료 재제출기한:1.18.).
• 자료제출기관은 1.18.까지 자료를 수정 또는 추가 제출할 수 있으며 자료제출기관이 수정·추가 제출한 자료는 1.20.부터 조회 가능

다만, 연말정산간소화 서비스에서 제공되지 않는 소득·세액공제 증명서류(난임시술비, 취학 전 아동 학원비 등)는 근로자가 직접 수집 필요 
기부금, 의료비, 신용카드 공제를 받고자 하는 근로자는 기부금명세서, 의료비지급명세서, 신용카드 등 소득공제 신청서를 회사에 별도로 제출

다. 소득·세액 공제서류 검토 및 원천징수영수증 발급 (’24.2.말)
○근로자가 제출한 소득·세액공제 증명서류에 의해 소득·세액공제신고서가 정확히 작성되었는지, 공제 요건이 적정한지 확인(서류 및 자료 보완이 필요한 경우 근로자에게 요청)
＊월세액 세액공제 명세서 서식에 임대차 계약서상 주소지·계약기간 등 내역을 정확히 기재해야 함에 유의

○근로자가 제출한 소득·세액공제신고서 내용을 반영하여 세액을 계산하고 근로소득 원천징수영수증을 근로자에게 발급
<참고>
• 근로소득 원천징수영수증
원천징수의무자가 전자계산조직에 의하여 근로소득 연말정산을 하고 근로소득 원천징수영수증을 발급하는 경우 소득세법시행규칙 별지 제24호 서식의 내용을 변경하지 않는 범위에서 그 서식의 크기만을 전자계산조직에 맞도록 변경해 발급할 수 있다.

라. 원천징수이행상황신고서, 지급명세서 등 제출 (’24.3.11.까지)
○ 원천징수이행상황신고서(’24.2. 지급분과 ’23년 연말정산을 포함), 근로소득지급명세서, 기부금명세서, 의료비지급명세서 전산 파일을 3월 11일까지 제출
- (기부금명세서) 기부금세액공제를 적용받는 근로자에 대해서는 기부금명세서를 근로소득지급명세서와 함께 작성·제출
- (의료비지급명세서) 의료비세액공제를 적용받는 근로자에 대해서는 의료비 지급명세서를 전산매체로 작성·제출
- (근로소득지급명세서) 오류 점검 실시 및 오류 보완

<주의>
• 원천징수이행상황신고서 및 지급명세서 제출 시 주의사항
연말정산이 종료되면 원천징수이행상황신고서의 [근로소득 연말정산(A04)]란의 ⑤총지급액은 지급명세서 상 연말정산 근로자의 (21)총급여액과 (20)비과세소득 계(지급명세서 작성대상 비과세소득*에 한함)를 합계한 금액과 일치하여야 하고, 신고서 상 ⑥소득세 등은 지급명세서 상 연말정산 근로자의 (77)차감징수세액을 합계한 금액과 일치해야 한다.
- 원천징수이행상황신고서 작성시 작성요령을 준수해야 한다.
- 중도퇴사자의 지급명세서 제출시 이미 제출한 지급명세서와 중복제출 되는지, 누락된 중도퇴사자가 없는지를 정확히 확인해야 한다.
- 원천징수의무자가 지급명세서를 제출하지 않는 경우 근로자의 소득금액증명이 발급되지 않는다.

○반기별 납부 원천징수의무자
원천징수이행상황신고서(상반기 지급분 + 연말정산분)는 반기별 원천징수 내역을 포함하여 7월 10일까지 제출(단, 환급신청 시 3월 11일까지 제출)
＊근로소득지급명세서, 기부금명세서, 의료비지급명세서 등은 3월 11일까지 제출해야 한다.

○조정환급 또는 환급신청
원천징수의무자는 조정환급시 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수해 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 근로자에게 환급함. 다만, 회사 전체적으로 환급세액이 많아 회사에서 근로자에게 환급금을 즉시 지급하기가 어려운 경우 회사가 세무서에 환급신청 가능
<참고>
원천징수이행상황신고서의 원천징수세액환급신청서에 “” 표시하고 환급신청액란을 기재(원천징수세액환급 신청서 부표, 기납부세액 명세서, 전월미환급세액 조정명세서 반드시 작성)해 원천징수 관할세무서장에게 신청
• 폐업·부도 사업자 소속 근로자의 환급세액 신청방법 개선(소득규칙 §93)
원천징수의무자가 원천징수 관할세무서장에게 환급신청을 한 후 폐업 등으로 행방불명이 되거나 부도상태인 경우에는 해당 근로소득이 있는 사람이 원천징수 관할세무서장에게 그 환급액의 지급을 신청할 수 있다.
• 원천징수의무자의 소재불명시 근로소득세 과오납금 환급방법(소득세 집행기준 137-201-1)
원천징수의무자가 원천징수 관할세무서장에게 환급신청을 한 후 폐업 등으로 소재불명 됨에 따라 당해 환급세액을 원천징수의무자를 통해 근로자에게 환급되도록 하는 것이 사실상 불가능한 경우에는 원천징수 관할세무서장이 당해 환급세액을 근로자에게 직접 지급할 수 있다.

<참고>
• 연말정산 환급신청 시 제출서류 
- 원천징수세액 환급신청서
- 원천징수세액 환급신청서 부표
- 기납부세액 명세서
- 전월미환급세액 조정명세서(환급신청 시 전월미환급세액이 있는 경우에만 작성)
＊조정환급의 경우 위의 연말정산 환급신청 서류를 제출하지 않는다.

마. 분납
○ 연말정산 결과 근로자의 추가 납부세액이 10만원을 초과하는 경우 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분부터 4월분의 근로소득을 지급할 때까지 추가 납부세액을 나누어 원천징수할 수 있다.
＊추가 납부세액이 10만원 이하인 경우에는 2월 급여 지급시 전액 원천징수

 

2. 원천징수의무자의 서류제출 의무
가. 원천징수이행상황신고서(소령 §185)
○원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부서와 함께 금융기관 등에 납부하고 원천징수이행상황신고서를 관할세무서장에게 제출해야 하며, 과세미달 등 원천징수세액이 없는 자에 대한 지급액도 신고서에 포함해 제출해야 한다.

나. 근로소득 지급명세서
1) 제출의무자(소법 §164)
○ 소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득을 국내에서 지급하는 자는 근로소득 지급명세서를 제출해야 한다.

○ 소득세 납세의무가 있는 개인에게 근로소득을 지급하는 자에는 개인(비사업자 포함), 법인, 「소득세법」 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 「소득세법」 제7조 또는 「법인세법」 제9조에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 「부가가치세법」 제8조 제3항 후단에 따른 사업자단위과세사업자를 포함한다.

2) 제출기한(소법 §164)
○근로소득지급명세서를 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음연도 3월 10일(2024년은 3월 11일)까지 원천징수 관할세무서장에게 제출해야 한다.
- 다만, 원천징수의무자가 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 근로소득지급명세서를 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 제출해야 한다.
- 다음에 해당하는 경우에도 다음연도 3월 10일(2024년은 3월 11일)까지 지급명세서를 제출해야 한다.
① 원천징수의무자가 12월분 근로소득을 다음연도 2월말까지 지급하지 아니한 경우
② 법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 따라 지급해야 할 상여로서 그 처분이 11월 1일부터 12월 31일까지의 사이에 결정되어 다음연도 2월 말일까지 그 상여를 지급하지 아니한 경우

3) 제출방법
○ 홈택스를 이용한 전자제출
홈택스의 근로소득지급명세서 제출 메뉴[지급명세서·자료제출·공익법인 → (근로, 사업 등)지급명세서 제출 → 근로·퇴직소득 → 근로소득 지급명세서 제출/내역조회 → 직접작성 제출방식]에서 지급명세서를 작성해 인터넷으로 제출하거나, 자체프로그램에 의하여 작성한 전산파일을 변환제출방식으로 제출한다.
※2014년 이후 지급명세서 전자제출에 대한 세액공제제도 폐지
<참고>
홈택스 또는 전산매체만을 이용하여 지급명세서를 제출해야 하는 경우
- 한국표준산업분류상의 금융보험업자
- 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합
- 법인
- 개인사업자 중 복식부기의무자

○ 전산매체(CD 등)를 이용한 제출
자가사용 프로그램으로 자료를 입력한 전산매체를 제출하고자 하는 경우 국세청에서 정한 ‘지급명세서 전산매체 제출요령’에 따라 프로그램을 개발하여 지급명세서를 전산매체로 작성해 제출해야 한다.
- 원천징수이행상황신고서는 지점별로 제출하고, 본점 및 지점분의 근로소득지급명세서는 전산매체로 일괄하여 제출하는 경우에는 전산매체에 제출자(A레코드), 원천징수의무자(B레코드)를 정확히 입력해 지급명세서와 원천징수이행상황신고서간의 불일치로 인한 오류자료가 발생하지 않도록 특별히 주의해야 한다.

<주의>
전산매체에 자료를 입력하여 제출하기 전에 반드시 국세청에서 정한 제출기준에 따라 제출기관이 스스로 오류 여부를 검증해 정확한 자료만을 제출해야 한다.
제출된 자료 중 오류자료에 대하여는 지급명세서 관련 가산세(지급금액의 1%)가 부과될 수 있으므로 각별히 유의해야 한다.

○ 서면 작성 제출
다음에 해당하는 자가 지급명세서를 서면으로 작성하여 제출할 때에는 편철단위마다 (각 권마다) 소득자료제출집계표(원천징수사무처리규정 별지 제12호 서식)를 부착해 제출
- 직전 과세기간에 제출한 지급명세서의 매수가 50매 미만인 자 또는 상시 근무하는 근로자의 수(매월 말일의 현황에 의한 평균인원 수)가 10명 이하인 자

4) 지급명세서 관련 가산세 (소법 §81의11, 법법 §75의7, 국기법 §49 ①)
○지급명세서를 제출하여야 할 자가 해당 지급명세서를 그 기한 내에 제출하지 아니한 경우, 제출된 지급명세서가 불분명한 경우에 해당하거나 제출된 지급명세서에 기재된 지급금액이 사실과 다른 경우에는 그 제출하지 아니한 경우의 지급금액 또는 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 100분의 1에 상당하는 금액[5000만원(중소기업이 아닌 기업 1억원) 한도. 
다만, 고의적으로 위반한 경우에는 한도 규정을 적용하지 않음]을 결정세액에 더한다.

○‘지급명세서가 불분명한 경우’란
① 제출된 지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소·성명·납세번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호)나 사업자등록번호·소득의 종류·소득의 귀속연도 또는 지급액을 기재하지 않았거나 잘못 기재하여 지급사실을 확인할 수 없는 경우

② 제출된 지급명세서 및 이자·배당소득 지급명세서에 유가증권표준코드를 기재하지 않거나 오류 기재하여 유가증권의 발행자를 확인할 수 없는 경우

③ 제출된 지급명세서에 이연퇴직소득세를 기재하지 않거나 오류 기재한 경우
다만, 지급 후에 그 지급받은 자의 소재가 불명된 것이 확인된 금액은 불분명한 금액에 포함하지 아니하는 것으로 한다.

 

 

 

 

 

다. 의료비지급명세서 전산파일 제출
의료비지급명세서 제출대상이 있는 경우 근로소득 지급명세서(기부금명세서 포함)와 함께 원천징수 관할세무서에 2024년 3월 11일까지 전산파일로 제출해야 한다.
1) 제출대상자
○의료비지급명세서
원천징수의무자는 의료비세액공제를 적용받는 해당 근로자의 의료비 지급내역을 전산처리해 제출해야 한다.

2) 전산파일 제출방법
○홈택스를 이용해 전자제출하거나, 의료비지급명세서를 전산처리하여 CD 등에 저장해 원천징수 관할세무서에 제출한다.

○전산파일을 CD 등에 저장하여 제출하는 경우, 아래의 의료비 전산매체 제출요령을 참조

(이용방법) 홈택스 자료실에 게시된 ‘지급명세서 전산매체 제출요령’을 참고해 국세청에서 지정한 파일 형식으로 자료 생성

 

Ⅱ. 원천징수의무자의 연말정산 중점 확인사항
○ 원천징수의무자는 「소득세법」 제137조에 따라 연말정산하고 소득세를 원천징수·납부를 해야 하며, 원천징수의무를 성실히 이행하지 않을 경우 「국세기본법」 제47조의5에 따라 원천징수 등 납부지연가산세를 부담하게 되므로 연말정산 과다공제를 사전에 방지할 권한과 의무가 있다.

1. 근로소득 원천징수 중점 확인사항 (연말정산 이전)
원천징수의무자가 근로자의 연말정산을 하기 전 과세대상 근로소득, 이중 근무자, 고용승계자, 외국인 근로자 등 아래의 구분 항목에 대해 중점적인 확인이 필요함.

 

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