다만, 「소득세법 시행령」 제207조의2 제4항, 제5항 및 「법인세법 시행령」 제138조의4 제4항, 제5항이 적용되지 않는 경우로서 소득지급자가 국내에 주소·거소·본점· 주사무소 또는 국내사업장(「법인세법」 제94조, 「소득세법」 제120조에 규정된 국내 사업장 포함)이 없는 경우에는 소득지급자에게 제출하지 아니하고 실질귀속자가 납세지 관할세무서장에게 직접 비과세·면제신청서를 제출할 수 있다(법령§138의4⑥, 소령§207의2⑥).
또한, 비거주자 등은 그 대리인(「국세기본법」 제82조의 규정에 의한 납세관리인을 포함) 등으로 하여금 비과세 또는 면제신청을 하게 할 수 있다(법령§138의4③, 소령§207의2③).
금융회사 등이 비거주자 등의 채권 등을 인수·매매·중개 또는 대리하는 경우와 유가증권 양도에 관하여 투자매매업자나 투자중개업자 또는 주식발행법인이 원천징수하는 경우에는 당해 금융회사 등 및 투자매매업자나 투자중개업자 또는 주식발행법인과 비거주자 등간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 본다(법령§138의4④ ⑤, 소령§207의2④ ⑤).

 

3. 거주자 증명서 첨부
비과세·면제신청서에는 해당 실질귀속자의 거주지국의 권한 있는 당국이 발급하는 거주자증명서를 첨부해야 한다(법령§138의4②, 소령§207의2②). 다만, 「소득세법」 제119조 제12호 바목 및 사목에 따른 소득에 대해서는 여권 사본과 「출입국관리법」 제88조에 따른 출입국에 관한 사실증명서(입국일부터 최근 1년간의 출입국 사실을 증명하는 것으로 한정한다)로 거주자증명서의 제출을 생략할 수 있다(소령§207의2②).

 

4. 비과세·면제 신청서 제출 면제
국내원천소득으로서 다음에 해당하는 소득에 대하여는 비과세·면제신청서를 제출하지 아니할 수 있다(소령§207의2⑦, 법령§138의4⑦).
•「소득세법」, 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에 따라 소득세(법인세)가 과세되지 아니하거나 면제되는 국내원천소득
•그 밖에 기획재정부령이 정하는 국내원천소득

 

5. 실질귀속자가 국외투자기구를 통해 간접투자하는 경우
국내원천소득이 국외투자기구를 통해 지급되는 경우에는 해당 국외투자기구가 실질귀속자로부터 비과세·면제신청서를 제출받아 실질귀속자 명세를 포함해 작성한 국외투자기구 신고서와 제출받은 비과세·면제신청서를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 지급하는 날이 속하는 달의 다음달 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다(법령§138의4⑨, 소령§207의2⑨).

 

6. 실질귀속자 불분명시 조세조약상 비과세·면제 적용배제
소득지급자는 실질귀속자 또는 국외투자기구로부터 비과세·면제신청서 또는 국외투자기구 신고서를 제출받지 못하거나 제출된 서류를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 등 다음의 사유에 해당하는 경우에는 비과세 또는 면제를 적용하지 아니하고 「법인세법」 제98조 제1항 및 「소득세법」 제156조 제1항 각 호의 금액을 원천징수해야 한다(법법§98의4 ③, 소법§156의2 ③).
이 경우 아래 ② 또는 ③은 그 사유가 발생한 부분으로 한정하고, 국외공모집합투자기구에 대해서는 ③의 사유를 제외한다(법령§138의4 ⑬, 소령§207의2 ⑬).
① 비과세·면제신청서, 실질귀속자 특례 국외투자기구 신고서 또는 국외투자기구신고서를 제출받지 못한 경우
② 제출된 비과세·면제신청서, 실질귀속자 특례 국외투자기구 신고서 또는 국외투자기구 신고서에 적힌 내용의 보완 요구에 따르지 않는 경우
③ 제출된 비과세·면제신청서, 실질귀속자 특례 국외투자기구 신고서 또는 국외투자기구 신고서를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 경우

 

7. 그 밖에 사항
국외공모집합투자기구, 국외투자기구 신고서, 실질귀속자 특례 국외투자기구 신고서, 서류의 보관, 경정청구 등에 관한 사항은 “제1장 조세조약상 제한세율 적용절차”와 유사하다.

■국외투자기구에 해당하는지 여부 및 투자자에 대해 조세조약을 적용할 수 있는지 여부(기획재정부 국제조세제도과-12, 2016.01.11.)
1. 투자자들로부터 투자자금을 모집해그 자금으로 주식을 인수한 후 일정 기간 후에 주식을 양도하는 방법으로 투자자금을 운영해 수익을 얻고 그 수익을 분배하기 위한 목적으로 케이만에 설립된 유한파트너쉽(Limited Partnership)으로서 「법인세법」 제1조 제3호에 따른 외국법인에 해당하는 펀드가 「법인세법」 제98조의4 및 제98조의6에서 규정한 국외투자기구에 해당하는지 여부는 사실관계를 종합해 판단할 사항이다.
2. 상기 펀드가 「법인세법」 제98조의4 및 제98조의6에서 규정한 국외투자기구에 해당하는 경우 그 투자자에 대해 조세조약에 따른 비과세·면제 및 제한세율을 적용할 수 있는지 여부이다.
이 경우 조세조약이 체결되지 않은 국가에 설립된 동 펀드가 「법인세법 시행령」제138조의7에 따른 국외투자기구에 해당하는 경우로서 「법인세법 시행령」 제1조 제2항에 따른 외국법인에 해당하더라도 동 펀드가 소득의 실질귀속자가 아니고 그 투자자가 소득의 실질귀속자인 경우에는 「법인세법」 제98조의4 제2항 및 「법인세법」 제98조의6 제2항에 따라 그 투자자에게 조세조약을 적용한다.

■조세조약 체결국의 거주자임이 확인되지 않는 경우 비과세 적용여부(법규과-2045, 2007.04.26.)
외국법인이 우리나라와 조세조약을 체결한 국가의 거주자임이 확인되지 아니한 경우 「법인세법」 제93조의 규정에 의한 당해 외국법인의 국내원천 소득에 대해 조세조약에 따른 비과세를 적용할 수 없다.

■비과세·면제 신청 시 거주자증명서를 제출하지 아니한 경우 가산세 적용 등(서면2팀-977, 2006.05.30.)
「법인세법」 제93조 제10호의 국내원천소득에 대해 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받고자 하는 외국법인은 같은법 시행령 제138조의4 제1항 및 제2항의 규정에 의한 ‘거주자증명서’ 등을 첨부해 「유가증권양도소득」에 대해 조세조약에 따른 법인세 비과세·면제 신청서【「소득세법 시행규칙」 제100조 별지 제29호의2 서식(2)】를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 최초로 지급하는 날의 다음 날 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
이 경우 소득지급자가 ‘거주자증명서’를 첨부 제출하지 아니한 상태에서 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수해야 할 금액을 원천징수하지 아니한 경우, 「법인세법」 제98조 제3항의 규정에 따라 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 같은법 제76조 제2항에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수해야 한다.
다만, 추후 거주자증명서 등이 납세지 관할세무서장에게 제출되어 비과세 또는 면제가 확인되는 경우 기(旣) 원천징수된 법인세 등(같은 법 제76조 제2항에 규정하는 금액 포함)은 당초 원천징수의무자에게 환급된다.        

■비거주자의 유가증권 양도소득 과세 여부(국제세원관리담당관실-439, 2014.12.30.)
국내 사업장이 없는 미국 거주자인 개인이 외국법인이 발행한 주식 또는 출자지분(증권시장에 상장된 것만 해당)을 양도함으로서 발생하는 소득(「소득세법 시행령」 제179조 제11항 제1호 단서에 해당하는 소득 제외)은 「소득세법」 제119조 제11호에 따른 국내원천소득에 해당되는 것이나, 동 소득은 「한·미 조세조약」 제16조에 따라 같은 조세조약 제16조 제1항 각 호의 경우에 해당되지 아니하는 한 국내에서 과세되지 아니하는 것이며, 「소득세법」 제119조 제11호의 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 비거주자가 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 「소득세법 시행령」 제207조의2 제1항 및 제2항에 따라 ‘거주자증명서’ 등을 첨부해 유가증권양도소득에 대해 조세조약에 따른 소득세 비과세·면제 신청서【「소득세법 시행규칙」 제100조 별지 제29호의2 서식(2)】를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

 

제3장 특정지역 외국법인(비거주자)에 대한 원천징수절차 특례

1. 제도의 개요
「법인세법」 제98조, 제98조의2부터 제98조의4까지 및 98조의6에 따른 원천징수의무자는 기획재정부장관이 고시하는 국가나 지역(말레이시아 라부안)에 소재하는 외국법인의 국내원천소득 중 「법인세법」 제93조 제1호(이자)·제2호(배당)·제7호 나목(부동산주식)·제8호(사용료) 또는 제9호(유가증권 양도)의 규정에 의한 소득에 대해 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하는 경우에는 「법인세법」 제98조의4 및 조세조약에 따른 비과세·면제 또는 제한세율 규정에도 불구하고 「법인세법」 제98조 제1항 각 호에서 규정하는 세율을 우선 적용해 원천징수해야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 조세조약에 따른 비과세·면제 또는 제한세율을 적용받을 수 있음을 국세청장이 미리 승인한 경우에는 그러하지 아니한다(법법§98의5①).

■비거주자·외국법인에 대한 원천징수절차특례 적용지역 지정고시(구 재정경제부고시 제2006-21호, 2006.06.30.)
「소득세법」 제156조의4 및 「법인세법」 제98조의5의 규정에 따라 원천징수 절차특례가 적용되는 지역을 다음과 같이 고시한다.
1. 원천징수 절차특례 적용지역
•말레이시아(Malaysia)의 라부안(Labuan)
2. 부칙
•이 고시는 2006년 7월 1일부터 시행
「법인세법」 제98조의5 제1항에 따른 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 법인(그 대리인 또는 「국세기본법」 제82조에 따른 납세관리인을 포함한다)이 그 소득에 대해 조세조약에 따른 비과세·면제 또는 제한세율의 적용을 받으려는 경우에는 「법인세법」 제98조의5 제1항에 따라 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할세무서장에게 경정을 청구할 수 있다.
다만, 「국세기본법」 제45조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 후발적 경정청구사유가 발생했을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다(법법§98의5②).
「법인세법」 제98조의5 제2항에 따라 경정을 청구받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 6개월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정해야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 알려야 한다(법법§98의5③).

 

2. 조세조약상 비과세·면제 또는 제한세율 적용을 위한 사전승인 절차
「법인세법」 제98조의5 제1항 단서의 규정에 따른 사전승인을 얻고자 하는 자는 국세청장에게 기획재정부령이 정하는 원천징수특례사전승인신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부해 신청해야 한다. 사전승인을 받은 후 계약내용 등의 변경으로 당초 신고한 내용과 달라진 경우에는 사전승인 신청을 다시 해야 한다(법령§138의5 ①).
① 조세조약의 상대방국가(“체약상대국”)에서 발급하는 거주자증명서
② 법인 또는 단체의 설립신고서 및 정관 사본
③ 이사회의 구성원의 성명 및 주소
④ 주주 등의 인적사항 및 지분현황
⑤ 법인 또는 단체의 종업원 수 및 각 종업원별 업무분장
⑥ 해당 국내원천소득을 얻기 위한 투자와 관련된 경제적 또는 영업상 동기에 대한 설명서
⑦ 해당 국내원천소득을 얻기 위한 투자자금 조달방법
⑧ 해당 국내원천소득 수령 후의 처분명세서 또는 그 계획서
⑨ 최근 3년(설립 후 3년이 경과하지 아니한 법인의 경우에는 설립일부터 신청일까지의 기간) 동안 체약상대국의 세무당국에 제출한 세무신고서·감사보고서·재무제표 및 부속서류
⑩ 「법인세법 시행령」 제138조의5 제2항 제3호에 해당하는 경우 체약상대국 유가증권시장에의 상장등록 사항 및 그 시장에서 정규적인 거래가 이루어지고 있음을 확인할 수 있는 서류
⑪ 「법인세법 시행령」 제138조의5 제2항 제5호에 해당하는 경우 연금·기금의 수혜대상자를 확인할 수 있는 서류
⑫ 「법인세법 시행령」 제138조의5 제2항 제7호에 해당하는 경우 체약상대국의 금융당국이 규율하고 있음을 확인할 수 있는 서류와 동호의 규정에 따른 투자회사 등의 투자자의 그 주식 또는 지분보유 현황을 확인할 수 있는 서류

「법인세법 시행령」 제138조의5 제1항의 규정에 의하여 사전승인의 신청을 받은 국세청장은 「법인세법」 제93조 제1호·제2호·제8호 또는 제9호의 규정에 따른 소득을 직접 또는 간접적으로 수취할 법인(이하 이 조에서 “소득수취법인”이라 한다)이 해당 국내원천소득과 관련해 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 사전승인할 수 있다(법령§138의5 ②).
① 소득수취법인이 해당 국내원천소득의 실질귀속자에 해당하고 해당 체약상대국의 법인인 경우
② 소득수취법인이 조세조약 체약상대국의 정부, 지방자치단체, 공공기관(학교, 지방공사·공단, 정부산하기관)에 해당하는 경우
③ 소득수취법인의 발행주식이 체약상대국의 법령에 의하여 인정되는 유가증권시장에 상장된 법인의 주식으로서 정규적인 거래*가 이루어지는 경우
＊다음 각 호의 모든 요건을 충족하는 거래를 말한다.
1. 사업연도 중 해당법인의 주식거래가 이루어진 일수가 60일 이상일 것
2. 제1호의 사업연도 중 거래가 이루어진 주식의 총수가 해당법인의 발행주식총수의 100분의 10이상일 것
④ 소득수취법인의 발행주식총수(지분을 포함한다)의 100분의 50이상이 체약상대국의 개인·정부기관등 또는 상장법인에 의하여 직접 또는 간접으로 소유되는 법인인 경우(주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항의 규정을 준용)
⑤ 소득수취법인이 체약상대국의 연금·기금 또는 그와 유사한 단체인 경우에는 동 연금·기금 또는 단체로부터 수혜를 받는 자의 100분의 50 이상이 체약상대국의 거주자인 경우
⑥ 소득수취법인의 최근 3년 동안의 수입금액(3년 이내에 설립된 법인은 설립이후 현재까지의 수입금액) 중 주식·채권의 보유나 양도 또는 무형자산의 사용이나 양도로부터 발생하는 최근 3년 동안의 수입금액(3년 이내에 설립한 법인은 설립이후 현재까지 수입금액)의 비율이 100분의 10 이하인 법인인 경우
⑦ 소득수취법인이 다음의 요건을 갖춘 경우
㉠ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구와 유사한 국외투자기구로서, 체약상대국의 법률에 따라 등록하거나 승인을 받은 국외투자기구
㉡ 증권을 사모로 발행하지 아니하고 직전 회계기간 종료일(신규로 설립된 국외투자기구인 경우에는 국외투자기구 신고서 제출일을 말한다) 현재 투자자가 100명(투자자가 다른 국외투자기구인 경우에는 그 국외투자기구를 1명으로 본다) 이상일 것
⑧ 소득수취법인이 당해 소득에 대해 부담할 세액이 「법인세법」 제98조의 규정에 따른 세율을 적용해 계산한 세액과 해당국과의 조세조약에 따라 과세될 세액과의 차익의 100분의 50 이상이 되는 경우
「법인세법 시행령」 제138조의5 제1항의 규정에 따라 사전승인의 신청을 받은 국세청장은 사전승인신청의 내용에 대해 보정할 필요가 있다고 인정되는 때에는 30일 이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 이 경우 보정기간은 제5항의 규정에 따른 기간에 산입하지 않는다(법령§138의5 ③).
「법인세법 시행령」 제138조의5 제3항의 규정에 따른 보정요구는 다음 각 호의 사항을 기재한 문서로 해야 한다(법령§138의5 ④).
① 보정할 사항
② 보정을 요구하는 이유
③ 보정할 기간
④ 그 밖에 필요한 사항
국세청장은 「법인세법 시행령」 제138조의5 제1항의 규정에 따라 신청받은 날부터 3월 이내에 승인여부를 통보해야 한다(법령§138의5⑤). 또한 국세청장은 제출된 서류가 허위로 기재된 것임이 확인되는 경우 사전승인을 취소해야 한다(법령§138의5 ⑥).
원천징수특례사전승인신청서에 첨부한 서류는 한글번역본과 함께 제출해야 하며 국세청장이 인정한 경우에는 영문으로 작성된 서류만을 제출할 수 있다(법령§138의5⑧).

3. 조세조약상 비과세·면제 또는 제한세율 적용을 위한 경정청구 절차
「법인세법」 제98조의5 제2항의 규정에 따라 경정을 청구하고자 하는 자는 원천징수 의무자의 납세지 관할세무서장에게 기획재정부령이 정하는 원천징수특례적용을 위한 경정청구서에 「법인세법 시행령」 제138조의5 제1항 제1호부터 제9호까지의 서류를 첨부해 경정을 청구해야 한다. 이 경우 증명서류는 한글번역본과 함께 제출해야 하며 국세청장이 인정하는 경우에는 영문으로 작성된 서류만을 제출할 수 있다(법령§138의6 ①).
「법인세법 시행령」 제138조의6 제1항의 규정에 의하여 경정의 청구를 받은 세무서장은 법인세법 제93조 제1호·2호·8호 또는 제9호에 따른 소득을 수취한 자가 해당 국내원천 소득의 실질귀속자에 해당하는 경우에는 경정을 해야 한다(법령§138의6 ②).
「법인세법 시행령」 제138조의6 제1항의 경정청구를 받은 세무서장은 경정청구의 내용에 대해 보정할 필요가 있다고 인정되는 때에는 30일 이내의 기간을 정하여 보정할 것을 요구할 수 있다. 이 경우 보정기간은 「법인세법」 제98조의5 제3항의 규정에 따른 기간에 산입하지 않는다(법령§138의6 ③).
「법인세법 시행령」 제138조의6 제3항의 규정에 따른 보정요구는 다음 각 호의 사항을 기재한 문서로 해야 한다(법령§138의6 ④).
① 보정할 사항
② 보정을 요구하는 이유
③ 보정할 기간  ④ 그 밖에 필요한 사항

 

 

 

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