S2N40

비영리법인이 수익사업을 영위할 경우
회계처리 별도로 등기부상 관할 세무서 신고해야

(가) 개요

법인의 간주임대료에 대하여 법인세법은 추계결정 하는 경우에만 간주임대료를 계상하는 규정을 두고 있다(법령 §11조).1) 반면 조세특례제한법에 상세한 규정을 두고 있다.

법인이 간주임대료를 수입금액으로 계산하는 경우는 차입금이 많고 부동산임대업을 주업으로 하는 영리법인(비영리법인은 제외)이 주택을 제외하고 부동산 또는 그 부동산에 관한 권리 등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 등을 받은 경우에 적용된다(조특법 §138). 비영리법인은 간주임대료를 계산하지 않는다(법인46012-231, 1998.1.31.).1)

간주임대료를 계산하지 않는 주택은 주택인 건물과 그 부속토지이다. 부속토지는 다음 중 넓은 면적 이내의 면적을 말한다(조특령 §132 ④).

① 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및 「주택건설기준 등에 관한 규정」제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)
② 건물이 정착된 면적에 5배(도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배를 말한다)를 곱하여 산정한 면적

(나) 차입금이 많은 법인

차입금이 많은 법인이라 함은 차입금이 자기자본의 2배 이상인 법인을 말한다. 이 경우 자기자본은 다음 중 큰 금액을 말한다(조특령 §132 ①).

① 당해 사업연도종료일 현재 대차대조표상의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함하며, 미지급법인세를 제외한다)의 합계액을 공제한 금액

② 당해 사업연도종료일 현재의 납입자본금(자본금에 주식발행액면초과액 및 감자차익을 가산하고, 주식할인발행차금 및 감자차손을 차감한 금액으로 한다)

차입금과 자기자본은 적수(積數)로 계산한다. 다만 사업연도 중 합병ㆍ분할하거나 증자ㆍ감자 등에 따라 자기자본의 변동이 있는 경우에는 당해 사업연도 개시일부터 자기자본의 변동일 전일까지의 기간(당해 기간에 해당하는 자기자본은 앞의 제1항의 규정에 따른 금액에서 증자액 또는 감자액을 차감 또는 가산하여 계산할 수 있다)과 그 변동일부터 당해 사업연도종료일까지의 기간으로 각각 나누어 계산한 자기자본의 적수를 합한 금액을 자기자본의 적수로 한다(조특령 §132 ①).

차입금에는 다음의 차입금은 제외된다(조특령 §132 ②).

① 금융기관 등이 차입한 공공자금관리기금법에 따른 공공자관리기금 또는 한국은행법에 의한 한국은행으로부터 차입한 금액, 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)로부터 차입한 금액, 법령에 의하여 설치된 기금으로부터 차입한 금액, 외국인투자촉진법 또는 외국환거래법에 의한 외화차입금, 예금증서를 발행하거나 예금계좌를 통하여 일정한 이자지급 등의 대가를 조건으로 불특정 다수의 고객으로부터 받아 관리하고 운용하는 자금
② 내국법인이 한국은행총재가 정한 규정에 따라 기업구매자금대출에 의하여 차입한 금액
③ 법인세법 시행령 제55조에 따라 지급이자가 이미 손금불산입된 차입금
④ 주택법에 따른 국민주택기금으로부터 차입한 금액

(다) 부동산임대가 주업인 법인만 계상
부동산 임대업인 주업인 법인만 해당한다. 주업이 아닌 경우에는 법인세법 상 수입금액을 계상하지 않는 것이다.
이 경우 주업이 부동산 임대업인지의 판단은 매출이 아닌 자산총액을 기준으로 판단한다. 즉 당해 법인의 사업연도종료일 현재 자산총액 중 임대사업에 사용된 자산 가액이 100분의 50 이상인 법인을 말한다. 이 경우 자산　가액의 계산은 소득세법 제99조의 규정에 의한다(조특령 §132 ③).
소득세법 제99조는 기준시가를 말하는데 토지는 공시지가에 의하여 평가하고 건물은 고시된 기준시가에 의한다. 자산의 일부를 임대사업에 사용할 경우 임대사업에 사용되는 자산 가액은 다음과 같이 계산한다(조특령 §132 ③, 조특칙 §59 ①).

【제 목】 주사무소와 사업장소재지가 다른 비영리법인의 회계처리방법 및 소득신고 등의 납세지판단과 임대보증금 등의 간주익금 계산 대상 여부

【사건번호】 법인46012-231, 1998.01.31.

【질의】 수익사업을 영위하는 별도의 사업장이 있는 비영리내국법인이 법인세과세표준 및 세액신고를 함에 있어서
- 수익사업을 영위하지 아니하는 주사무소 소재지와 수익사업을 영위하는 사업장 소재지 관할세무서 중 어느 곳에 신고하여야 하는지.
- 수익사업과 비영리사업의 소득을 구분 경리하는 경우에 주사무소와 수익사업이 있는 사업장의 재무제표를 합산하여야 하는지 또는 수익사업이 있는 사업장만 구분경리하면 되는지.
- 부동산임대업을 영위하는 사업장에 대하여 법인세법 제9조 제5항의 임대보증금 등의 간주익금계산규정이 적용되는지.

【회신】 비영리내국법인이 법인세법 제1조 제1항 각호의 수익사업을 영위하는 때에는 당해 법인의 총자산ㆍ부채 또는 손익을 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것으로 각각 구분하여 별개의 회계로 경리하여야 하며, 수익사업에서 생긴 소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서는 같은 법 제7조 제4항의 규정에 의한 납세지지정의 경우를 제외하고는 당해 법인의 등기부상 주사무소 소재지 관할세무서장에게 제출하는 것이고, 같은 법 제9조 제5항의 임대보증금 등의 간주익금계산규정은 비영리내국법인에 대하여는 이를 적용하지 아니하는 것임. /다음호에 계속

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