국세청, 수도권 설치 창업중기 감면 적용 제한 지점·사업장 관련 유권해석
수도권에 설치하는 지점·사업장은 조세특례제한법 제6조의 창업중소기업세액감면 적용이 제한되는 모든 형태의 ‘지점 또는 사업장’을 의미한다는 국세청 유권해석이 나왔다.
국세청은 수도권에 설치하는 경우 창업중소기업세액감면의 적용이 제한되는 ‘지점 또는 사업장’의 의미에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 조세특례제한법 제6조에 따라 창업중소기업에 대한 세액감면(이하 ‘쟁점감면’)을 적용받던 중 수도권과밀억제권역에 지점을 설치한 경우 같은 법 시행령 제5조 제25항 제2호에 따라 그 설치일이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 수도권과밀억제권역에서 창업한 것으로 보아 쟁점감면을 적용하는 것”이라고 답변했다.
질의법인은 2021년 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 조경건설업을 영위할 목적으로 창업한 기업으로 조경건설업에서 발생한 수익에 대해 창업중소기업세액감면(수도권 외 창업중소기업 50%)을 적용받던 중 음식점업을 영위하기 위해 2022년 수도권과밀억제권역에 지점을 설치했다.
질의법인은 이와 관련해 창업중소기업세액감면을 적용받던 중 수도권에 설치하는 경우 해당 세액감면의 적용이 제한되는 ‘지점 또는 사업장’을 법문에도 불구하고 사실상 본점을 수도권으로 이전하는 경우나 본점의 보조적인 역할을 하는 곳으로 제한할 수 있는지에 대해 물었다.
현행 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 중소기업(이하 ‘중소기업’이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 ‘창업중소기업’이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제53조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 ‘창업보육센터사업자’라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일 부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일 부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있다.
또한 제1호에서는 “창업중소기업의 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 비율”로 규정하면서 가목에서 “2025년 12월 31일 이전에 창업한 경우”로 규정하고, 1)에서 “수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 ‘청년창업중소기업’이라 한다)의 경우 : 100분의 100”, 2)에서 “수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 50”으로 규정하고 있다.
이와 함께 나목에서는 2026년 1월 1일 이후에 창업한 경우 1)에서 “수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 청년창업중소기업의 경우 : 100분의 100”, 2)에서 “수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외한다)에서 창업한 청년창업중소기업의 경우 : 100분의 75”, 3)에서 “수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 50”, 4)에서 “수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외한다)에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 25)로 규정하고 있다.
또한 조세특례제한법 시행령 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)에서는 “법 제6조 제1항·제5항·제6항 및 제7항을 적용할 때 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 창업 이후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 해당 창업중소기업은 수도권과밀억제권역에서 창업한 창업중소기업으로 본다.”고 규정하면서 제1호에서 “창업중소기업이 사업장을 수도권과밀억제권역으로 이전한 경우”, 제2호에서 “창업중소기업이 수도권과밀억제권역에 지점 또는 사업장을 설치(합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 포함한다)한 경우”로 규정하고 있다.
한편 조세특례제한법 기본통칙 6-0…1 (2019년 개정 전의 것)(창업중소기업의 범위) 제4항에서는 “창업중소기업이 법 제6조 제1항의 규정에 의해 세액감면을 받던 중 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 그 발생일이 속하는 과세연도 이후부터는 감면을 적용받을 수 없다. 다만, 잔존감면기간 중 수도권외 지역으로 다시 이전하거나 수도권지역에 설치한 지점을 폐쇄하는 경우에는 제3항의 예에 따라 세액감면을 받을 수 있다.”고 규정하면서 제1호에서 “수도권과밀억제권역으로 이전하여 사업을 영위하는 경우 그 이전일”, 제2호에서 “수도권과밀억제권역에 지점을 설치한 경우 그 설치일”로 규정하고 있다.
(서면-2024-법규법인-4008 [법규과-305]. 2025. 02. 17.)
