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'국가전략기술 및 신성장·원천기술 연구개발시설' R&D세액공제 심의대상
'국가전략기술 및 신성장·원천기술 연구개발시설' R&D세액공제 심의대상
  • 이승겸 기자
  • 승인 2025.03.21 11:13
  • 댓글 0

기획재정부, 조세특례제한법 시행령 등 6개 시행령 개정....5월 공포 시행
채용시 세제지원 대상 경력단절자....고령·장애 직계존속 동거봉양 포함
이스포츠대회 운영비용....상금·경기장 대관비·장비 대여료 세액공제 신설
소송업무 수행 세무공무원 승소금액 10% 내 포상금....연간 2천만원 한도
사진=연합뉴스
사진=연합뉴스

기획재정부는 지난 2월 국회를 통과한 조세특례제한법 등 개정세법에서 위임한 사항을 규정하고 사망보험금 유동화로 지급 받는 연금 수령액의 비과세 요건 규정 등 신규 정책 수요 반영 및 기타 집행상의 미비점을 보완하기 위해 세법 시행령 개정안을 마련했다. 

이번에 개정되는 세법시행령은 국세기본법 시행령, 소득세법 시행령, 조세특례제한법 시행령, 상속세 및 증여세법 시행령, 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령, 제주면세점규정 등이다.

시행령 개정안은 입법예고, 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 오는 5월 중 공포·시행 될 예정이다. 

입법예고 기간은 상증령의 경우 3월 21일부터 4월 16일까지(26일간)이고, 조특령 등 기타 시행령은 3월 21일부터 4월 30일까지(40일간)이다. 

 다음은 시행령 개정안 주요내용.

☞조세특례제한법 시행령

▲중기업 규모 출판업 지원범위 구체화(조특령 §6) 

수도권에서 중소기업 특별세액 감면이 적용되는 중기업 규모 출판업의 범위 → (신설) 일반 서적 출판업

▲연구개발세액공제 기술심의위원회의 심의사항 확대(조특령 §9⑮)

(신설) 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설의 인정 ⇒ '25.1.1.이후 투자분부터 적용

▲국가전략기술 연구개발시설 및 신성장·원천기술 연구개발시설 규정(조특령 §21④)

(신설) 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설의 정의

 ㅇ(국가전략기술 연구개발시설) 국가전략기술 연구·시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부·산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설
 * 국가전략기술 외 다른 기술의 연구개발에 병행해 사용되는 시설도 국가전략기술 연구개발시설 세액공제 적용 가능

 ㅇ(신성장 원천기술 연구개발시설) 신성장·원천기술 연구·시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부·산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설
* 신성장·원천기술 외 다른 기술의 연구개발에 병행해 사용되는 시설도 신성장·원천기술 연구개발시설 세액공제 적용 가능 

▲반도체 분야 국가전략기술 사업화시설 및 연구개발시설 규정(조특령 §21④)

(신설) 반도체 분야 국가전략기술 사업화시설, 연구개발시설의 정의

ㅇ(사업화시설) 반도체 분야의 국가전략기술 사업화시설

ㅇ(연구개발시설) 반도체 분야의 국가전략기술 연구개발시설

▲국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설 세액공제에 대한 사후관리(조특령 §21⑤·⑩·⑪·◯16)

(신설) 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구개발시설(일반 연구개발 병행 시)에 대한 사후관리 특례

ㅇ(사후관리 기간) 투자완료일부터 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지

ㅇ(사후관리 기준) 사후관리 기간 동안의 누적 사용비율이 다음 기준을 충족하지 못하는 경우 전용(轉用)한 것으로 간주
   
ㅇ(자료제출) 사용시간* 관련 자료 작성·보관 및 제출(사후관리 마지막 과세연도 법인세 신고시) 의무
  * 측정대상, 측정기간, 작성방법 등은 기획재정부령으로 규정

▲내일채움공제 중도해지시 소득세 감면을 적용하는 부득이한 사유 규정(조특령 §26의6)

(신설) 내일채움공제 중도해지 시에도 소득세 감면 적용되는 부득이한 사유

ㅇ사업을 폐업하거나 휴업하는 경우

ㅇ법인을 해산하는 경우

▲채용시 세제지원 대상 경력단절자 범위 확대(조특령 §26의8・§27)

(추가) 퇴직사유 추가

ㅇ(장애인* 자녀 육아) 퇴직일 당시 장애인 자녀가 있는 경우
  * '장애인복지법' 적용을 받는 경우

ㅇ(가족돌봄) 퇴직일 당시 고령·장애* 직계존속 동거봉양
  * (고령) 70세 이상, (장애) '장애인복지법' 적용을 받는 경우

▲특별재난지역 고향사랑기부금 적용기간 구체화(조특령 §54 신설)

(신설) 특별재난지역 고향사랑기부금 적용기간 규정

ㅇ 특별재난지역 선포일로부터 3개월 이내에 기부한 고향사랑기부금에 대해 공제율 상향 적용

▲노란우산공제 장기가입자에 대해 퇴직소득으로 과세하는 해약환급금의 경영악화 요건 규정(조특령 §80의3)

(신설) 노란우산공제 10년 이상 가입자가 임의해지시에도 퇴직소득으로 과세하는 경영악화 요건

ㅇ종합소득세·법인세 신고상 사업수입금액이 직전 3년 평균 사업수입금액 대비 50% 이상 감소

▲해외건설자회사 출자전환차액상당액 손금산입 특례 신설(조특령 §104의30)

(신설) 해외건설자회사 출자전환차액상당액 손금산입 특례

ㅇ(출자전환차액상당액) 출자전환 당시 대여금등의 장부가액에서 취득한 주식등의 시가를 차감한 금액*
  * 출자전환 당시 손금에 산입한 금액이 있으면 추가 차감

  ※ 손금산입 대상 금액: [출자전환차액상당액 - 해당 사업연도 종료일 현재 해외건설자회사 순자산 장부가액] × 10%(최대 10개 사업연도 동안 손금산입 가능)

 ㅇ(합병·분할 시 승계) 합병·분할 등에 따라 해외건설자회사의 주식등을 승계한 법인이 손금산입 특례 승계 가능

 ㅇ(사후관리) ➊해외건설자회사 순자산 장부가액 증가 시, ➋취득한 주식등 처분 시 익금산입
   - ➊순자산 장부가액 증가 시: 출자전환 당시 장부가액 대비 장부가액 증가분만큼 익금산입
   - ➋취득한 주식등 처분 시: 처분한 주식등의 비율만큼 익금산입

ㅇ(특례 신청절차) 과세표준 신고 시 특례 적용 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출

▲ 이스포츠대회 운영비용 세액공제 신설(조특령 §104의32 신설)

(신설) 이스포츠대회 운영비용 세액공제

ㅇ(공제대상 운영비용) 상금, 경기장 대관비, 장비 대여료 등 해당 대회 운영에 직접 사용된 비용

  - (공제 제외) 국가·지자체 지원금, 특수관계인에게 지급한 금액(상금 제외), 기업업무추진비에 해당하는 금액은 공제대상 운영비용에서 제외

ㅇ(공통비용 안분) 세액공제 대상 운영비용과 그 외 비용이 공통되는 경우 안분해 공제
  * 구체적 안분 기준은 시행규칙에서 규정

- ➊수도권과 수도권 외 지역에서 지출한 비용 구분: 지역별로 구분해 경리한 금액으로 하되, 구분이 어려울 경우 대회 개최 일수로 안분
- ➋세액공제 비용항목과 공제 제외 비용항목의 구분: 항목별로 구분해 경리한 금액으로 하되, 구분이 불가능할 경우 세액공제 적용 불가

ㅇ(특례 신청절차) 과세표준 신고 시 운영비용 명세서 및 공제 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출


☞상속세 및 증여세법 시행령

▲ 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 범위 확대 관련 세부사항 규정(상증령 §34의3)

(신설) 증여의제 적용대상 자본거래 유형

➊ (불균등 감자) 특수관계법인*의 주식 등을 주식보유 비율에 의하지 않거나 고가·저가로 소각하는 감자
  * 특정법인의 지배주주와 특수관계인인 법인

 ➋ (불균등 증자) 특수관계법인의 일부 주주가 신주 인수를 포기하거나 고가·저가로 신주를 인수하는 증자

 ➌ (현물출자) 특수관계법인의 주식등을 고가·저가로 인수하는 현물출자

 ➍ (주식전환) 전환사채등을 통해 전환가액보다 높거나 낮은 가액의 주식을 교부받는 주식전환

 ➎ (초과배당) 특수관계인이 특수관계법인의 배당을 포기하는 등 주식보유 비율에 의하지 않은 배당

 ❻ (합병) 특수관계법인과 그 법인의 특수관계인인 법인 간 불공정한 비율의 합병

 ❼ (주식의 포괄적 교환·이전) 특수관계법인과 그 법인의 특수관계인인 법인 간 소유지분이나 가액이 변동하는 주식의 포괄적 교환·이전

(신설) 증여의제 이익 계산방법

ㅇ자본거래로 특정법인이 얻은 이익 × 주주의 지분율

▲ 투자조합의 증권 등 보유·거래내역 등 제출시 세부사항 규정(상증령 §84)

(신설) 자료 제출대상

ㅇ 투자를 목적으로 '민법' 제703조와 다른 법률에 따라 설립하는 투자조합*
  * '벤처투자조합 촉진에 관한 법률'에 따른 개인투자조합 등, '여신전문금융업법'에 따른 신기술사업투자조합, '소재․부품․장비산업 경쟁력 강화 및 공급망 안정화를 위한 특별조치법'에 따른 전문투자조합

(신설) 자료의 내용

➀ 투자조합의 증권 등 보유내역 및 거래내역

➁ 투자조합 조합원 출자지분 내역 및 변동내역

(신설) 제출시기

ㅇ과세연도의 종료일부터 3개월 이내


☞국세기본법 시행령

▲ 세무공무원에 대한 포상금 지급방법 규정(국기령§65의5 신설)

(신설) 세무공무원에 대한 포상금 지급 

ㅇ(대상) 부과·징수 및 승소 공로자

 ➊ (부과·징수) 은닉재산·부당 세액공제 확인 등*을 통해 국세 부과·징수에 기여한 자 
  * 명단공개, 감치대상 확정 등을 통한 자진납세 유도 포함

 ➋ (승소) 국세청 소관 소송업무를 수행해 해당 소송의 승소판결에 기여한 자

 ㅇ(지급액) 징수금 또는 승소금액의 10%* 이내
  * 지급액 300만원 이하의 경우 미적용   

 ㅇ(지급한도) 인당 연간 2천만원

▲ 이행강제금 관련 규정 마련

(신설) 이행강제금 부과기준

(부과기준) ➀의무 불이행기간 × ➁1일당 부과금액

 ➀ (대상기간) 세무조사 기간* 중 의무 불이행기간 
  * 자료제출 의무 불이행으로 인한 세무조사 중단기간 포함

 ➁ (1일당 부과금액)
  - (원칙) 직전 3개 과세기간 일 평균수입금액 × (0.001 ~0.002)* 
  * 일 평균수입금액별 부과비율 :
   15억원 이하 : 2/1,000
   15억원 초과 30억원 이하 : 2/1,500
   30억원 초과 : 1/1,000

  - (예외) 평균수입금액 불분명시 500만원 이하

 □ (부과절차) 금액, 사유, 납부기한 등을 서면통지

 □ (부과방법) 이행기한 도과시 매 30일 마다 부과

 (신설) 이행강제금심의위원회 심의 및 운영

ㅇ (심의사항)

 ➊ 세무조사의 목적·범위에 부합하는지 여부

 ➋ 장부등을 고의로 미제출해 세무조사를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는지 여부

 ➌ 기존 과태료 부과로는 세무조사의 목적 달성이 곤란한지 여부

 ➍ 이행노력 등을 고려한 감경·면제 필요성

ㅇ (구성) 위원장이 지정하는 위원* 6명(전문가 4명 이상)으로 구성하고, 4인 이상 출석 시 개의 및 과반수 의결 
  * ➀ 위원장(지방국세청장) 포함 지방 국세청 소속 공무원 6명 이내 ➁ 법률·회계·세무 관련 전문가 13명 이내

 ㅇ (임기) 2년 이내

 ㅇ (공개 여부) 비공개 원칙(필요시 공개)

 ㅇ (제척 및 회피요건) 관련 세무조사 참여, 부과 대상자와 친족관계인 경우 등


☞소득세법 시행령

▲사망보험금 유동화에 따른 보험차익 비과세 요건 합리화(소득령§25)

- 요건*을 갖춘 사망보험금의 유동화 시 변경 전 보험의 계약 체결일부터 10년 이상 기준 적용
  * ① 사망보험금이 9억원 이하일 것 ② 월적립식 종신보험일 것 ③ 보험료를 납입완료하였을 것 ④ 65세 이후 연금형태로 수령할 것 ⑤ 계약자·피보험자·수익자가 동일인일 것

⇒ ‘25.7.1. 이후 사망보험금 유동화를 통해 연금수령으로 전환해 지급받는 소득분부터 적용

▲ 조각투자 제도화에 따른 조각투자상품 범위 추가(소득령 §26의3)

➊-2 신탁업자가 단일한 자산을 신탁받아 '자산유동화법'에 따라 발행한 수익증권으로서 '자본시장법'에 따라 모집(50인 이상)된 것일 것

⇒ ‘25.7.1. 이후 지급받는 소득분부터 적용

▲ 주택차액 연금계좌 납입·사후관리 요건 보완(소득령 §40의2)

□ 주택차액 납입 요건 보완

- 연금주택 양도가액 > 본인 또는 그 배우자가 취득한 축소주택 취득가액

□ 주택차액 사후관리 요건 보완 

ㅇ납입 후 5년 내 본인 또는 그 배우자가 주택 취득한 경우로, “다운사이징 차액 < 연금계좌 납입액”

⇒(납입요건) 영 시행일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용
⇒(사후관리) 영 시행일 이후 주택을 취득하는 경우부터 적용


☞제주면세점 규정

▲ 제주지정면세점 주류 별도 면세범위 조정 (제주면세점규정 §5)

□ 병수 기준 삭제

'2병 합산해 용량은 2리터 이하, 가격은 미화 400달러 이하로 한다'에서 '용량 2리터 이하로 가격은 미화 400달러 이하로 한다'로 '2병 합산' 삭제

⇒ 영 시행일 이후 구매하는 분부터 적용

사진=연합뉴스
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