Ⅲ. 공익법인의 납세협력의무
3. 장부의 작성·비치 의무(상증법 §51)
공익법인 등은 사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용내용 등에 대한 장부를 작성해야 하며 장부 및 관계있는 중요한 증명서류를 사업연도 종료일부터 10년간 보존해야 한다.
가. 장부의 작성방법
출연받은 재산의 보유 및 운용 상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기 형식의 장부이어야 하며, 증빙서류에는 수혜자에 대한 지급명세가 포함돼야 한다.
다만, 이중으로 대차 평균하게 기록된 전표와 증빙서류 또는 계산서(세금계산서 포함)와 영수증에 의하여 재산의 보유, 운용상태와 수입·지출내용의 변동을 빠짐없이 기록·보관하고 있는 경우에는 장부를 작성·비치하고 있는 것으로 본다.
한편, 소득세법 제160조 및 법인세법 제112조 단서에 따라 공익법인의 수익사업에 관하여 작성·비치된 장부와 증빙서류는 상속세 및 증여세법에 따라 작성·비치된 것으로 보며, 장부와 증빙서류에는 마이크로필름·자기테이프·디스켓 또는 그 밖의 정보보존장치에 저장된 것을 포함한다.
나. 장부의 작성·비치의무 불이행 가산세(상증법 §78⑤)
장부를 작성·비치해야 할 공익법인등이 그 장부의 작성·비치 의무를 불이행했을 경우에는 다음 산식에 따라 계산한 가산세를 납부해야 한다.
(해당 사업연도 수입금액1)＋출연재산가액2))×0.07%
1) 장부의 작성·비치의무를 이행하지 아니한 사업연도의 수입금액 합계(상증령 §80⑦(3))
2) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감한 가액과 회계감사를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적에 직접 사용하는 분을 차감한 가액의 합계액을 말함(상증령 §80⑧).
다. 가산세가 부과되지 않는 경우(상증령 §80⑨)
다음의 공익법인 등(상증령 §43② 각 호 어느 하나에 해당)은 「상속세 및 증여세법」상 장부의 작성·비치의무 불이행 가산세가 부과되지 않는다. 다만, 아래의 세가지 경우(상증령 §43② 각 호 어느 하나)에 해당하더라도 주식보유 관련 의무이행 신고대상인 경우 2021.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 가산세 대상이다.
(상증령 제31446호 부칙 §11)
① 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조·제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액)의 합계액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도 수입금액*과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 미만인 공익법인(상증령 §43②(1))
*공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련되는 수입금액
☞ ’13.12.31. 이전 개시하는 사업연도분은 총자산가액 10억원 미만이면서 수입금액과 출연재산의 합이 5억원 미만인 공익법인에서 그 적용대상이 확대됨.
② 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등(출연자 1명과 그 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인등이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한함)(상증령 §43②(2))
③ 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인(회계검사를 받는 연도분에 한함)(상증령 §43②(3))
(비교) 법인세법 제4조제3항제1호 및 제7호의 수익사업을 영위하는 공익법인은 법인세법상 장부의 비치·기장 의무가 있다(법법 §112 단서).
•법법 §112【장부의 비치·기장】
납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치·보존해야 한다. 다만, 비영리법인은 제4조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정
•법법 §75의3【장부의 기록·보관 불성실 가산세】
내국법인이 제112조에 따른 장부의 비치·기장 의무를 이행하지 아니한 경우 가산세 부과(단, 비영리내국법인과 이 법 또는 다른 법률에 따라 법인세가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만 있는 법인은 제외)
4. 외부전문가의 세무확인서 보고 의무(상증법 §50)
공익법인 운영의 투명성을 확보하기 위해 일정규모 이상인 공익법인 등은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 납세지 관할세무서장에게 보고해야 한다.
가. 세무확인 대상 공익법인 등
과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 과세 기간 또는 사업연도 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인을 대상으로 한다.
※외부회계감사를 받은 공익법인은 세무확인대상에서 제외였으나, ’17.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터는 세무확인대상에 포함됨.
□ 외부전문가 세무확인 대상 확대(상증령 §43 ②, ’10년 이후 개정 분)
- 자산총액 10억원 이상 → 자산총액 10억원 이상 또는 수입금액과 출연재산의 합이 5억원 이상
*’11.7.25.이 속하는 사업연도 분부터 적용
- 자산총액 5억원 이상 또는 수입금액과 출연재산의 합이 3억원 이상으로 대상 확대
*’14.1.1.이 속하는 사업연도 분부터 적용
나. 세무확인 대상에서 제외되는 공익법인등(상증령 §43②)
① 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조, 제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액)의 합계액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도 수입금액*과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 미만인 공익법인
*공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련되는 수입금액
② 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인(출연자 1명과 그 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한함)
③ 국가 또는 지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로서 감사원의 회계 검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분에 한함)
다. 세무확인 실시·보고 기한(상증령 §43⑥, 상증규칙 §14③)
외부전문가의 세무확인은 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 2개월 이내에 실시해야 하며, 공익법인 등은 그 결과를 공익법인 등의 세무확인서(상증규칙 별지 제32호 서식)에 의하여 해당 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 관할세무서장에게 보고해야 한다.
라. 외부전문가의 세무확인 보고 미이행 가산세(상증법 §78⑤)
외부전문가 세무확인 대상 공익법인 등이 외부전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니할 경우에는 다음 산식에 따라 계산한 가산세를 납부해야 한다.
MAX{(해당 사업연도 수입금액1)＋출연재산가액2))×0.07%, 100만원3)}
1) 외부전문가의 세무확인을 받지 않거나 보고를 이행하지 않은 사업연도 수입금액(상증령 §80⑦(1))
2) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감한 가액과 회계감사를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적에 직접 사용하는 분을 차감한 가액의 합계액을 말함(상증령 §80⑧).
3) ’14.1.1.이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
☞ 1억원(중소기업기본법 §2①에 따른 중소기업인 경우 5000만원)을 한도로 함. 다만, 고의적으로 위반한 경우 한도 없음(국기법 §49①).
상속세 및 증여세법 제78조 제5항 본문 중 ‘소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입 금액’에서 수입금액이라 함은 법인세법 제3조제3항에 따른 수익사업에서의 수입금액을 의미함(재산-168, ’09.9.9.).
마. 외부전문가(2명 이상)
외부전문가는 변호사·공인회계사·세무사를 말하며, 세무확인을 받는 공익법인으로부터 업무수행상 독립되어야 하므로 외부전문가가 다음에 해당하는 경우에는 선임할 수 없다.
□ 세무확인 배제대상 외부전문가(상증령 §43①)
1. 해당 공익법인 등의 출연자*·설립자(이하 “출연자 등”) 또는 임직원**
*출연자 : 재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2000만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람 제외
**임직원 : 퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람 포함
2. 출연자 등과 상증령 제2조의2 제1항제1호(친족 등), 제2호(사용인 등)의 관계에 있는 사람
3. 출연자 등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자 등이 영 제19조 제2항에서 규정하는 “최대주주 또는 최대출자자”인 회사를 말함)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람
