부가가치세 환급관리는 국고 유출과 직접적으로 연결될 수 있는 업무로 부가가치세 업무중 가장 중요한 업무다. 환급이란 각 과세기간의 매입세액이 매출세액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 환급세액으로 해 사업자에게 되돌려 주는 제도. 이에 부당한 방법으로 매입세액을 공제받아 세금을 축소하거나 사실과 부합되지 않는 세금계산서를 발행해 부당하게 공제받는 사례가 매년 증가하고 있다. 주요 적출사례를 연재한다. /편집자 주
2. 국군부대 또는 기관에 공급하는 석유류.
○「국군 조직법」에 따라 설치된 부대 또는 기관에 공급하는 석유류.
-군인복지기금법 2.1호에 따른 골프장과 골프연습장에 공급하는 경우는 제외(2013년 1월 1일 이후부터).
☞조세특례제한법 부칙 제11133호 <2011.12.31>참조.
○영세율 첨부서류.
-석유류 등을 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서.
3. 국가 등에 직접 공급하는 도시철도건설용역.
ㅇ영세율 적용이 배제되는 사례(집행기준 105-0-3).
-도시철도건설용이라 하더라도 재화의 공급에 대해서는 영세율 적용 배제.
-도시철도건설용역을 제공하는 사업자가 국가 및 지방자치단체 등에 도시철도건설용역에 부수하여 설계·감리 등의 용역만을 공급하는 경우에는 영세율 적용이 안됨.
ㅇ 영세율 첨부서류.
-공급받는 기관장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명할 수 있는 서류.
4. 의수족·휠체어·보청기 등 장애인용 보장구와 장애인용 특수정보통신기기 및 소프트웨어.
ㅇ 영세율 적용대상 장애인용보장구의 범위 : 조세특례제한법 제105조 2항 각호의 열거된 것에 한함.
ｏ영세율 첨부서류.
-월별판매액합계표.
5. 농민·축산업 종사자 또는 임업종사자 등에게 공급하는 농·축산·임업용 기재와 어민에게 공급하는 어업용 기자재.
ｏ각각 농축산·임어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 별표1·별표2·별표3·별표3의2 별표4 참조.
ㅇ영세율 첨부서류.
-월별판매액합계표(어업용기자재를 수산업협동조합과 어촌계를 통하여 공급하는 경우 해당 기관장의 납품확인서).
6. 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역.
ｏ사업자가 국가소유의 토지에 건축물 등을 신축하여 준공과 동시에 국가에 귀속하고 사용수익권을 취득하는 기부채납은 부가가치세 과세대상이나,
-「사회기반시설에 대한 민간투자법」2, 7호에 다른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 같은 법4,1호부터 3호의 방식으로 국가 등에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 동 건설용역에 대하여는 영의 세율을 적용함.
-위 무상 사용수익권을 취득하여 면세사업에 사용하는 경우 해당 시설의 기부채납에 대해서는 건설단계부터 부담한 매입세액은 불공제 대상임(집행기준 105-0-4).
ㅇ영세율 첨부서류.
-국가 등에 공급하는 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역을 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명할 수 있는 서류.
▣적출사례
ㅇ건설공사용역을 제공하고도 농업용기계를 판매한 것으로 영세율세금계산서를 발급한 사례.
ｏ임대형민자사업방식의 사회기반시설 건설 기부채납의 경우 준공일 현재 거래당사자간 다툼으로 그 공급가액을 최종 합의한 날을 부가가치세법상 공급시기로 본 것에 대해 매출누락 및 세금계산서미발급가산세 등 추징.
▣기존해석사례
■「비상대비자원관리법」에 따라 제공하는 용역.
「비상대비자원관리법」 제11조에 따라 중점 관리대상으로 지정된 업체가 관련 법률에 따른 자원동원에 직접적으로 연관되여 공급하는 용역에 대하여는 부가가치세 영세율을 적용하는것이나, 당해 자원동원으로 공급하는 용역이 아닌 경우에는 이를 적용하지 않는 것임(부가가치세과 470, 2013.5.28).
■도시철도건설용 재화를 공급하는 경우와 건설용역 이외의 다른 용역을 공급하는 경우.
도시철도법의 적용을 받는 도시철도공사에 직접 공급하는 도시철도건설용역은 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호의 규정에 의하여 부가가치세 영의 세율을 적용하는 것임.
이 경우 건설용역의 범위는 통계청장이 고시하는 당해 과세기관 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하는 것으로써 사업자가 도시철도건설용 재화를 공급하는 경우와 건설용역 이외의 다른용역(원가조사, 설계 및 감리용역 등)을 공급하는 경우에는 부가가치세를 과세(10%세율적용) 하는 것임(서면3팀 410, 2005.3.25).
■위생깔개매트를 장애인기저귀로 보아 영세율적용이 가능한지.
주로 장애인이나 거동이 불편한 환자가 대변 또는 소변을 처리하기 위하여 요위에 깔아 놓고 사용하는 위생깔개매트는 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제4호와 같은 법 시행령 제105조 제2항제18호에 따른 영세율 적용 대상 장애인용 기저귀에 해당하지 아니하는 것임(서면법규과 115, 2013.01.31)
■농민에게 제공하는 농업용기계 등의 부수자재 및 설치 용역.
농업기계 및 농업용기자재를 공급하면서 농업기계 및 농업용기자재의 구성품으로 공급되는 부수자재나 필수적으로 부수하여 직접 조립·설치를 위한 인적용역을 공급하는 경우 당해 부수자재나 인적용역은 「부가가치세법」 제1조 제3항에 따라 주된 재화인 농업기계 및 농업용기자재에 포함되어 「조세특례제한법」제105조 제1항 제5호 및 같은법 제105조의2의 규정이 적용되는 것이나, 구성품으로 부수하여 공급하지 아니하거나 조립·설치를 위한 인적용역만을 별도로 공급하는 경우에는 적용되지 않는 것임(부가 472,2013.5.28).
■BTL사업방식 기부채납시 실시협약서 변경시의 공급시기
본 사전답변 신청의 사실관계와 같이 사업시행자가 사회기반시설을 임대형 민간투자사업(BTL)방식에 의해 당초 실시협약서 내용대로 기부채납절차를 완료한후 물가 및 원가 상승 등으로 주무관청과 실시협약서를 변경하여 총민간투자가 증감돼 그에 따른 당초 관리운영권 등록을 수정하는 경우의 공급시기는 당초 실시협약서에 따른 기부채납절차가 완료된 때임.
다만 총민간투자비가 증감되어 관리운영권을 수정 등록하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제59조 제3호에 따라 수정세금계산서를 교부하는 것임(법규부가 2010 28,2010.03.18).
시설투자 환급 검토
가.사업용 건물 매입·신축
ㅇ과세사업에 사용할 건물 매입·신축과 관련하여 공급시기에 받은 매입세금계산서인지 여부.
▣적출사례
ｏ 부동산임대업을 주업(과세) 장례식장업을 부업(면세)으로 사업자등록하고 사업용 건물을 신축하면서 접객실 면적을 면세사업에 공하는 면적으로 매입세액 안분계산하지 않고 전체 과세부분 면적으로 보고 계산하였으므로 재계산 경정함.
ㅇ마을주민복지차원에서 공동목욕탕을 신축하면서 대중목욕탕으로 사업자등록하여 시설투자 환급을 신청하였으나 그 지역 거주자만 이용하도록 허가되였고 영업허가증 교부도 없으며 운영유지를 위한 실비만 받고 있어 부가가치세법상 사업자에 해당하지 않으므로 환급신청 거부하고 직권폐업처리함.
ㅇ부가가치세 공통매입세액 안분계산은 「예정사용면적」에 의하여 과세비율 825로 공제하고, 준공 후 기부체납 시 매출과세표준안분계산은 “공급가액기준”에 의하여 과세비율 38%로 부가가치세 신고납부한 사실을 확인 및 재계산 경정하여 부가가치세 추징.
▣검토내용
ㅇ도급(매매)계약서 확인.
-건물의 사용용도(과·면세)확인.
-도급(매매)계약서상의 공급자와 세금계산서상의 공급자 일치여부 확인.
