국세청, 자기소유 토지 건축물 취득 철거...취득가액·철거비용 매입세액 공제 사전답변
토지 임대 사업자가 토지만 사용할 목적으로 자기소유 토지에 있는 임차인의 건축물을 취득해 철거하는 경우 철거한 건축물 취득가액과 철거비용은 토지의 자본적 지출에 해당돼 매입세액 공제가 되지 않는다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 자기소유 토지의 건축물을 취득해 철거하는 경우 매입세액공제 여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “토지를 임대하는 사업자가 토지만을 사용할 목적으로 자기 소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득해 과세사업에 사용하지 않고 철거하는 경우, 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 부가가치세법 시행령 제80조에 따른 토지의 자본적 지출에 해당하기 때문에 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는 것”이라고 답변했다.
질의법인은 비주거용 건물임대업 및 토지임대업을 영위하고 있는 내국법인으로 BB(임차인)와 질의법인 외 3인 소유의 서울특별시 소재 부지(쟁점토지)에 대해 20년간 임대차계약(최초 임대차계약)을 체결했다.
임차인은 쟁점토지 위에 자기의 계산으로 이마트 상봉점을 건축(쟁점건물)해 영업하다가 계약연장을 거쳐 2023년 12월 체결된 BB XX점 건물매매에 관한 합의서(합의서)에 따라 2024년 임대차계약이 만료됐다.
최초 임대차계약서에는 계약기간 만료 시 임차인의 질의법인에 대한 쟁점건물 건물매수청구권이 적시됐고, 임차인이 건물매수청구권을 행사하기로 함에 따라 합의서에서는 질의법인이 임차인에게 쟁점건물 대금 1백억 여원과 부가가치세 7억6200만원을 지급하기로 합의됐다.
이어 임대차계약 종료 이후 질의법인은 쟁점건물에 대한 임대 등 과세사업 없이 향후 쟁점 토지 개발사업으로 쟁점건물을 철거하고 주상복합건물 건축을 추진하고 있다.
질의법인은 이와 관련해 자기소유 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득해 과세사업에 사용하지 않는 경우 건축물 취득가액 및 철거비용에 대한 매입세액공제 가능 여부에 대해 물었다.
현행 부가가치세법 제11조(용역의 공급) 제1항에서는 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “역무를 제공하는 것”, 제2호에서 “시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것”으로 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) 제1항에서는 “매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)”으로 규정하고 있고, 제2항에서는 “제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.”고 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 제1항에서는 “제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 규정하면서 제7호에서 “면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”으로 규정하고 있다.
이와 함께 부가가치세법 시행령 제80조(토지와 관련된 매입세액)에서는 “법 제39조 제1항 제7호에서 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액”, 제2호에서 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액”, 제3호에서 “토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액”으로 규정하고 있다.
또한 舊 부가가치세법 시행령 제60조(매입세액의 범위) <대통령령 제17827호(2002.12.30.) 개정되기 전의 것>에서는 “법 제17조 제2항 제4호에서 ‘대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.”고 <개정 2001.12.31.> 규정하면서 가목에서 “토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액”, 나목에서 “건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액‘, 다목에서 ”토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액“으로 규정하고 있다.
한편 법인세법 기본통칙 23-31-1(고정자산에 대한 자본적지출의 범위)에서는 “영 제31조 제2항 제5호에 따른 자본적 지출에는 다음 각호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다.”고 규정하면서 제1호에서 “토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하거나, 자기소유의 토지상에 있는 임차인의 건축물을 취득하여 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 해당 토지에 대한 자본적 지출로 한다”고. <2001.11.01. 개정> 규정하고 있다.
또한 법인세법 제43조(기업회계기준과 관행의 적용)에서는 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.”고 규정하고 있다.
(사전-2024-법규부가-0252 [법규과-1830]. 2024. 07. 19.)
