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[2024년 세법개정안] R&D 세액공제 확대...통합투자세액공제 점감 도입
[2024년 세법개정안] R&D 세액공제 확대...통합투자세액공제 점감 도입
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  • 승인 2024.07.25 16:00
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기회발전특구 창업·이전기업 무한 가업상속공제 적용…가업상속·승계 개선
사진=연합뉴스
기획재정부는 올 세법개정안에서 R&D에 대한 세액공제를 확대하기로 했다.( 사진=연합뉴스)

 1  경제의 역동성 지원
투자·고용지역발전 촉진, 원활한 기업승계, 자본 선순환 구조 구축 등을 지원해 민간·기업·시장 중심으로 경제의 역동성 강화

1) 투자·고용·지역발전 촉진
□ 국가전략기술 등 R&D 세액공제·통합투자세액공제 적용기한 연장(조특법)
•국가전략기술 및 신성장·원천기술 R&D 비용 세액공제, 국가전략기술 투자세액공제의 적용기한 3년 연장(~’27.12.31.)

□ 통합투자세액공제 증가분 공제율 상향(조특법)
•기업투자 확대를 유도하기 위해 통합투자세액공제의 증가분* 공제율 상향(국가전략기술 4%, 일반 및 신성장·원천기술 3%→10%)
*당해연도 투자액이 직전 3년 연평균 투자액을 초과하는 부분

□ 중견기업 범위 조정(조특령)
•업종별 특성을 고려해 중견기업 규모 기준(매출액 상한)을 업종별 중소기업 기준의 3배(R&D 비용 세액공제는 5배)로 조정
*(현행 중견기업 기준) 3000억원 / R&D비용 세액공제 5000억원

□ 중소기업 유예기간 확대(법인법·조특령)
•기업 성장 지원을 위해 규모 증가로 중소기업 기준을 초과해도 세제상 중소기업 혜택을 받을 수 있는 유예기간 연장(3→5년)
•코스피·코스닥 상장 중소기업은 2년 추가 유예(총 7년)
•연결납세 최초 적용 후 중소기업 규정 적용* 기간 연장(3→5년)
*연결법인은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 요건 충족 시 중소기업 규정을 적용하되, 연결납세 최초 적용 후 3 년간은 중소기업 규정 적용

□ R&D, 통합투자세액공제 점감구조 도입(조특법)
•일반 R&D 세액공제의 공제율 점감구조*를 국가전략기술, 신성장·원천기술 R&D까지 확대하고, 통합투자세액공제에도 도입
*중소-일반기업 간 공제율 차이로 인해 기업 성장 시 공제율이 큰 폭으로 축소되는 점을 고려해 중소기업을 졸업한 경우에도 일정 기간 높은 공제율 적용

□ R&D 세액공제 적용대상 확대(조특령)
① (인건비*) 주된 시간을 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구에 투입한 경우, 실제 연구시간을 안분하여 각각의 공제율 적용
*(현행) 국가전략기술 R&D 전담인력에 한해 국가전략기술 R&D 공제율 인정
(일반 R&D와 동시 수행하는 인력의 인건비는 전액 일반 R&D 공제율 적용)
② (기타 비용) 시설 임차료 등 비용*도 국가전략기술, 신성장·원천기술 R&D 공제 대상에 포함**
*R&D용 시설 임차료, 소프트웨어 대여·구입비, 기술정보비, 기술지도비, 디자인 개발지도비, 특허 조사·분석비 등
**(현행) 인건비 외 시설임차료 등 비용은 일반 R&D 공제율 적용
•반도체·이차전지 등 전략산업 지원을 위해 R&D에 사용되는 소프트웨어 대여·구입비 인정 범위 확대*
*(현행) 문화상품 제작 목적에 한정→ (개정안) 목적 제한 페지
③ (인력개발비) 임직원이 아닌 자에게 제공하는 인력개발을 위한 비용(예:강사료, 교재비, 실습재료비 등)에 대해 공제 적용

□ 연구개발용 기계장치 가속상각 강화(법인칙)
•연구개발 관련 투자를 촉진하기 위해 연구개발에 사용하는 기계장치의 감가상각 기간을 5년에서 3년으로 단축

□ 통합고용세액공제 개편(조특법)
•고용 유인효과 및 제도 활용 제고를 위해 통합고용세액공제 지원 대상을 확대하고 제도 간소화 추진
① 상시근로자 중심 지원에서 근로기간 등 특성을 반영한 맞춤형 지원으로 개편
- (계속고용) 고용 증가 인원에 대한 지원액을 상향하여, 총 지원액을 확대하고 2년간 집중 지원
- (탄력고용) 인건비 지출 증가분에 대해 정률 지원하고, 임시직·초단시간 근로자까지 지원대상 확대
② 사후관리 폐지, 고용인원 계산 단순화 등 제도 간소화
- (사후관리 폐지) 고용유지 의무와 추징 규정은 폐지하되, 고용유지 시 1년 추가 공제로 대체하여 고용 유인 제공
*(현행) 최초 공제연도 대비 2~3년차 고용 감소 시 추징→ (개정안) 최초 공제연도 대비 계속 고용인원 유지 시 1년 추가 공제
- (고용인원 계산*) 계속고용은 과세연도말 기준 1년 이상 계속근로한 자의 수로 계산
*(현행) 월별 상시근로자 수 합계를 과세연도 개월 수로 나누어 계산
- (최소 고용증가 기준) 고용 유인효과 제고를 위해 중견·대기업의 최소 고용증가 인원 기준 설정(중견기업 10명, 대기업 20명)

□ 해외자원개발투자 세액공제 지원요건 완화(조특법·령)
•안정적인 자원 공급망 구축을 위해 외국자회사*를 통한 채굴권·조광권 등 취득에 대한 세액공제 지원요건 완화
*(현행) 내국인이 단독으로 100% 출자한 외국자회사→(개정안) 내국인이 공동으로 100% 출자한 자회사 포함, 해당국 정부 등의 의무 보유지분 제외

□ 해외진출기업 국내복귀 시 지원제도 적용기한 연장(조특법)
•해외진출기업 국내복귀 지원을 위해 소득·법인세* 및 관세 감면** 적용기한 3년 연장(~’27.12.31.)
*완전 복귀 또는 수도권 밖으로 부분 복귀:7년 100% + 3년 50% 감면 
수도권 안으로 부분 복귀:3년 100% + 2년 50% 감면
**완전 복귀:100%, 부분 복귀:50% 감면

□ 인구 감소지역 주택 및 준공 후 미분양주택 과세특례 신설(조특법)
•1주택자가 ’24.1.4.~’26.12.31. 인구감소지역* 내 1채의 주택(공시가격 4억원 이하) 취득 시 1세대 1주택 특례** 적용
*수도권·광역시는 제외하되, 수도권 내 접경지역 및 광역시 내 군 지역 포함
**(앙도소득세) 12억원 비과세 및 장기보유특별공제 최대 80% 적용
(종합부동산세) 기본공제 12억원 및 고령자·장기보유 세액공제 최대 80% 적용
•1주택자가 ’24.1.10.~’25.12.31. 수도권 밖의 준공 후 미분양주택(전용면적 85㎡, 취득가액 6억원 이하) 취득 시 1세대 1주택 특례 적용

 

2) 기업 경쟁력 재고
□ 가업상속·승계 제도 개선(상증법·령)
•밸류업·스케일업·기회발전특구 창업·이전 기업에 대해 가업상속공제 대상 확대 및 공제한도 상향 조정
•(대상 확대) 중소기업·매출액 5000억원 미만 중견기업
→ 중소기업·중견기업 전체(상출기업집단 소속 기업은 제외)
•(공제한도 상향) 밸류업, 스케일업 우수기업은 공제한도 2배 확대*
*가업영위기간 10년/20년/30년 이상: 300/400/600억원→ 600/800/1200억원
-기회발전특구 창업·이전기업은 한도 없이 가업상속공제 적용
•가업상속공제 및 가업승계 증여세 과세 특례가 적용되는 사업용 자산의 범위를 확대해 임직원 임대주택, 주택자금 대여금 등 추가

□ 최대주주 등 보유주식 할증평가 폐지(상증법)
•기업승계 지원을 위해 최대주주 등 보유주식에 대한 할증평가 폐지

□ 해운기업 법인세 과세표준 특례* 적용기한 연장 및 재설계(조특법·령)
*해운소득에 대한 법인세 과세표준을 ∑(개별선박의 순톤수×톤당 1운항일이익×운항일수×사용률)로 계산하여 신고·납부

•해운산업 국제경쟁력 제고를 위해 해운기업 법인세 과세표준 특례(톤세)의 적용기한을 5년 연장(~’29.12.31.)
•국적선박 확충 유도를 위해 기준선박(국적선사가 소유한 선박 등)과 기준선박이 아닌 선박(용선)에 대한 운항일 이익을 차등 적용

□ 수소제조용 석유가스(LPG) 부탄에 대한 환급특례 신설(개소법)
•수소경제 활성화 지원을 위해 수소제조용 석유가스 부탄에 대한 개별소비세액 환급 특례* 신설
*LPG 부탄(275원/㎏)과 LPG 프로판(14원/㎏) 간 세액의 차액(261원/㎏) 환급

□ 벤처기업 복수의결권주식* 취득 관련 과세특례 신설(조특법)
*벤처기업 창업주의 의결권 보호를 위해 창업주에게만 발행되는 최대 10개의 의결권이 있는 주식
•벤처기업 창업주가 신주(복수의결권) 납입대금으로 구주(1의결권, 보통주) 현물출자 시, 양도소득세를 신주의 보통주 전환* 시까지 과세 이연
*복수의결권주식 존속기간 만료, 복수의결권주식 상속·양도, 벤처기업의 상장 등

□ 벤처기업 주식매수선택권 과세특례 적용기한 연장(조특법)
•벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례* 적용기한을 3년 연장~’27.12.31.)
*(비과세) 연 2억원 한도로 행사이익 비과세(벤처기업별 총 누적한도 5억원)
(분할납부) 연 2억원 한도 초과 행사이익에 대한 소득세는 5년간 분할납부 가능
(과세이연) 연 2억원 한도 초과 행사이익에 대한 소득세를 양도시점에 양도소득세로 납부

□ 자기주식 관련 적격인적분할 요건* 합리화(법인법·령)
*인적분할 시 분할신설법인의 주식을 분할법인 주주의 지분비율대로 배정하는 경우 적격분할로 보아 분할이익에 대해 과세이연 혜택 부여
•인적분할 시 분할법인의 자기주식에 대해 분할신설법인의 주식을 배정하지 않더라도 적격분할로 보도록 요건 합리화
*인적분할 시 자기주식에 대한 신주 배정을 제한하는 「자본시장법 시행령」 개정 예정

 

3) 자본시장 활성화
□ 주주환원 촉진세제 신설(3년 한시)(조특법)
•(법인세 세액공제) 주주환원을 확대한 상장기업에 대한 법인세 세액공제 신설
-(요건) 밸류업 자율공시를 이행하고, 배당·자사주 소각으로 주주환원을 확대한 코스피·코스닥 상장기업
-(공제 대상 금액) 직전 3년 평균대비 주주환원금액 5% 초과 증가분*
*지배주주(특수관계자 포함) 지분비율에 해당하는 금액 제외
-(공제율) 5%(공제한도:당해연도 총 주주환원금액의 1%)
-(적용기간) ’25.1.1.~’27.12.31.(3년간) 사업연도의 주주환원
•(배당소득 분리과세) 주주환원을 확대한 상장기업(법인세 세액공제 대상 기업)의 개인주주에 대해 현금배당(결산·중간·분기배당)의 일부를 분리과세
-(대상) 주주환원 확대 상장기업의 개인주주(비거주자 및 법인주주 제외)
-(대상 소득금액) 차년도 현금배당×분리과세 소득금액 비율
-(분리과세 세율) (분리과세자) 14% →9%, (종합과세자) 최고 45%→25%
-(적용기간) ’26.1.1.~’28.12.31. 지급받는 배당금

□ 금융투자소득세 폐지(소득법)
•국내 투자자 보호 및 자본시장 발전을 위해 금융투자소득세를 폐지하고, 현행 주식 등 양도소득세 체계 유지

□ 개인종합자산관리계좌(ISA) 세제지원 확대(조특법)
•자산형성 지원 및 자본시장 수요기반 확충을 위해 ISA의 납입 한도 및 비과세 한도를 대폭 확대하고, 국내 투자형 신설
1)(납입 한도 확대) 연 2000만원(총 1억원)→연 4000만원(총 2억원)
2)(비과세 한도 확대) 200만원(서민형* 400만원)→500만원(1000만원)
*총급여액 5000만원(종합소득금액 3800만원) 이하 또는 농어민이 가입 대상
※비과세 한도 초과분은 9% 분리과세 적용
3)(국내 투자형 신설) 국내 상장주식, 국내 주식형 펀드(국내 주식을 일정비율 이상 편입)로 투자 대상을 한정
•(납입 한도) 연 4000만원(총 2억원)/ (비과세 한도) 1000만원(서민형 2000만원)
※비과세 한도 초과분은 9% 분리과세 적용
•(가입대상) 금융소득 종합과세자도 가입 가능
※금융소득 종합과세자는 비과세 없이 14% 분리과세

□ 조각투자상품* 이익 과세분류 규정 마련(소득법)
*미술품·저작권 등의 권리를 투자계약증권 또는 신탁 수익증권 형태로 분할·발행하여 다수 투자자가 투자·거래할 수 있는 신종 투자상품
•조각투자상품의 특성* 등을 고려해 현행 펀드과세와 동일하게 이익(환매·매도, 해지, 해산 포함)을 배당소득으로 과세
*다수의 투자자를 대상으로 하며, 자산의 투자·운용·관리 등을 타인이 수행

□ 부동산투자회사* 배당가능이익 범위 합리화(법인령)
*REITs 등 유동화전문회사의 경우 배당가능이익의 90% 이상 배당 시, 그 배당금액을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제
•부동산 간접투자 활성화를 위해 부동산투자회사가 보유한 부동산 등 자산의 평가손익을 배당가능이익에서 제외
*상장리츠와 유사한 「자본시장법」 상 부동산펀드의 경우에는 부동산 등 평가손익을 배당가능이익에서 제외 중

□ 개인투자용 국채 이자소득 분리과세 적용기한 연장(조특법)
•국채 수요기반 다변화 및 국민 자산형성 지원을 위해 개인투자용 국채 이자소득 분리과세(14%, 매입한도 2억원) 적용기한 3년 연장(~’27.12.31.까지 매입분)

□ 펀드(집합투자기구)이익 계산방법 합리화(소득령)
•해외주식 등과 과세형평성을 고려해 펀드이익에 국내상장 해외주식형ETF·ETN(이를 기반으로 하는 장내파생상품 포함)의 거래 또는 평가이익을 포함해 계산*
*(현행) 국내 비상장주식·해외주식·외국펀드 거래평가이익 등을 펀드이익에 포함 → (개정안) 국외 주가지수(예:나스닥 100)를 추종하는 국내 상장 ETF·ETN, 이를 기반으로 하는 장내파생상품의 거래·평가이익도 펀드이익에 포함

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