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「도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도정법’)」 상 정비사업을 시행하는 재개발·재건축 등의 조합(이하 ‘정비사업조합’)들은 다양하고 복잡한 세무 문제에 노출돼 있다. 그 중에서도 정비사업조합에서 가장 유의해야 하는 것은 수익사업에 대한 법인세 과세문제이다. 이하에서는 정비사업조합에서 주의해야 할 법인세 과세 문제에 대해서 알아보자.

1. 정비사업조합의 법인세 납세의무
정비사업조합은 법인으로 설립되며(도정법 제38조), 세법에서는 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용한다(조세특례제한법 제104조의7). 정비사업은 도정법상 환지를 준용한 관리처분방식에 의해 진행되어, 조합원들이 종전 부동산을 조합에 현물출자한 후 새로운 건축물 및 그 부수 토지를 취득하는 경우에는 수익사업으로 보지 않는다. 이에 따라

정비사업조합이 일반분양을 진행하지 않고 조합원 분양만 진행하는 경우에는 법인세 납세의무가 발생하지 않는다. 
반면, 일반분양을 통해 공급되는 건축물 및 그 부수 토지는 정비사업 조합의 수익사업으로, 일반분양분에 대해서는 법인세 납세의무가 발생한다. 따라서 정비사업조합이 조합원 분양과 일반분양을 함께 진행한다면 조합원 분양분과 일반 분양분을 구분해 일반분양분에 대한 법인세 납세의무를 부담해야 한다.

 

2. 정비사업조합의 손익의 구분경리
정비사업조합이 조합원 분양과 일반분양을 함께 진행하는 경우, 원칙적으로 수익사업(일반분양)과 비수익사업(조합원분양)을 구분해 경리해야 한다. 

다만, 실무상으로는 ‘구분경리 불이행’에 대한 가산세 규제 등이 없어 구분경리가 제대로 이루어지지 않고, 재무제표 작성 시에만 시산표 상으로 구분하거나 법인세 신고 시에만 세무조정으로 구분하는 경우가 종종 있다. 수익사업과 비수익사업의 구분경리가 제대로 이루어지지 않을 경우, 법인세 납부 대상이 되는 수익사업의 과세표준이 객관적으로 산출되지 않을 가능성이 크다. 

이 경우 납부하지 않아도 될 법인세를 과다납부하거나, 과소하게 납부해 추후 법인세가 추징될 수 있으므로 정확한 구분기장이 필요하다. 

손익을 구분경리하는 경우, 수익의 경우에는 조합원 분양수익과 일반 분양수익이 명확히 구분되기 때문에 구분경리에 큰 문제가 없다. 그러나, 비용의 경우에는 실무적으로 명확하게 구분되는 것은 일부에 지나지 않고 대부분의 비용이 공통손금에 해당되어 구분경리가 어려운 문제가 발생한다. 

이에 따라 법인세법에서는 공통 손금의 안분 규정을 정하고 있다(법인세법시행규칙 제76조). 

1) 공통손금의 안분 기준
법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호에서는 “수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산”하도록 정하고 있으며, “공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 해당 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다”라고 정하고 있다.

판례에서는 정비사업조합의 경우 매출액을 기준으로 공통 손금을 안분하는 것은 합리적인 계산방법으로 보지 않고 있다(대법2008두17479, 2011.07.14.). 이는 조합원 분양가액이 통상적으로 일반 분양가액에 비해 낮은 가액으로 결정되기 때문에 매출액을 기준으로 공통손금을 안분하게 된다면 일반 분양분에 원가가 과대계상될 수 있기 때문이다. 
따라서 실무상 정비사업조합의 공통손금은 분양면적(사용면적)을 기준으로 안분하는 것이 합리적인 방법이라고 판단된다. 

만약, 매출액을 기준으로 공통손금을 안분할 경우 향후 과세관청으로부터 법인세 추징 위험이 있을 수 있으므로, 공통 손금을 계상하고 있는 조합이라면 안분 기준을 다시 한번 확인해 법인세 추징 위험을 점검해보는 것을 추천한다.

2) 일반분양과 조합원분양분의 개별손금 
일반분양과 조합원분양을 명확히 구별할 수 있는 대표적인 손금은 아래와 같다. 
① 일반분양분 취득세:조합원들에게 납세의무가 있는 조합원 분양분 취득세와는 다르게, 일반분양분의 취득세 납세의무자는 정비사업조합이다. 따라서 조합의 장부에 계상되는 취득세는 모두 일반분양분에 해당하며, 이는 수익사업의 개별손금으로 구분해야 한다.

② 일반분양분 보증수수료:주택법에 따라 납부하게 되는 분양보증수수료는 보증대상에서 조합원에게 분양되는 주택이 제외되므로, 보증수수료 전액을 수익사업의 개별손금으로 구분해야 한다.

③ 일반분양분 중도금 이자비용:일반적으로 정비사업조합들은 미분양 등의 우려해 일반분양자들에게 중도금 무이자 지원 등을 제공하며, 이때 발생하는 이자비용은 수익사업의 개별손금으로 구분할 수 있다.

④ 조합원분양 부가가치세 불공제 매입세액:정비사업조합의 공통매입세액 중 건물 신축 관련 공통매입세액은 총 예정 사용 면적비율로 정산되며, 전체 연면적 중 조합원분에 해당하는 비율의 공통매입세액은 면세분으로 불공제된다. 이는 명확히 조합원분양분으로 구별할수 있어 비수익사업의 개별손금으로 구분해야 한다.

⑤ 조합원 이주보상금:이주보상금은 조합원들의 이주를 위해 지급되는 비용으로 조합원의 개별손금으로 보기 쉽지만, 이는 정비사업 전체의 사업추진을 위해 발생하는 비용으로 공통손금으로 분류함이 타당하다(서울행법2023구합51205, 2023.09.15.). 해당 항목을 조합원 귀속 손금으로 처리한다면 법인세를 과다하게 납부할 수 있으므로 구분 기장 시 주의가 필요하다.

개별적으로 구분되는 손금을 공통손금으로 장부에 계상하거나 공통손금을 개별손금으로 계상하는 경우 법인세를 과다 또는 과소하게 납부할 가능성이 있기 때문에 위 항목들의 귀속이 제대로 구분되었는지 다시 한번 확인해 보자.

 

3. 정비사업조합의 종전부동산의 평가 및 시기
정비사업조합의 원가 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 조합원들이 현물출자 한 종전부동산이다. 따라서 해당 가액을 언제, 어떻게 평가해 장부에 계상하는지에 따라 조합의 법인세액이 크게 영향을 받게 된다. 이와 관련해 기획재정부의 종전부동산의 현물출자 취득시기에 대한 해석이 2020년 11월 24일 변경됐다.