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적격합병 시 자산 감강상각…자산 양도 때까지 ‘과세이연’
적격합병 시 자산 감강상각…자산 양도 때까지 ‘과세이연’
  • 국세청 제공
  • 승인 2024.05.24 09:00
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알기 쉬운 법인세법 가이드 / 합병 세제

Ⅴ. 적격합병에 대한 사후관리

 1  적격합병 사후관리 추징 요건

2. 사업의 계속성 요건
합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 적격합병에 대한 과세특례가 취소됨.

가. 개요
적격합병을 한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하게 된다(법 제44조의3 제3항 제1호).

이 경우 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계한 유형·무형·투자자산 가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다.

다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하였는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속한 것으로 본다(영 제80조의4 제8항).

 

 

 

 

 

 

 

 

나. 부득이한 사유가 있는 경우에 대한 처리
합병법인이 사후관리기간에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하더라도 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 적격합병에 대한 과세특례를 계속 적용한다(법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

다. 주요 질의·답변


Q. 승계 자산을 교체하는 경우 사업의 폐지에 해당하는지 여부
A.
합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업의 지속을 위해 승계한 자산을 최신사양으로 교체하는 경우 사업의 폐지에 해당하지 않음.

적격합병을 한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하게 된다.

한편, 합병법인이 사후관리기간(2년) 중에 피합병법인으로부터 승계한 자산(유형·무형·투자자산)가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니한 경우에는 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보도록 규정하고 있다.

이 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 자산이 진부화·노후화 등의 사유로 최신사양으로 교체할 필요성이 있어도 자산 처분 기준(2분의 1 이상 처분)으로 인해 적시에 자산을 교체할 수 없는 문제점이 발생하게 된다.

이와 관련해 기획재정부는 ‘합병법인이 승계받은 소프트웨어 개발용 컴퓨터를 최신사양으로 교체하는 경우 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보는지 여부’에 대한 질의에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업의 지속을 위해 승계한 자산을 최신사양으로 교체하는 경우 사업의 폐지에 해당하지 않는 것으로 판단했다.

<예규:기획재정부 법인세제과-105, 2022.2.22.>
합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업의 지속을 위해 승계한 자산을 최신사양으로 교체하는 경우 「법인세법」 제44조의3 제3항 제1호에서 규정한 ‘승계받은 사업의 폐지’에 해당하지 않는다.

 

Q. 적격물적분할 후 잔여 승계자산 처분 시 사업의 계속 여부
A.
잔여 승계자산의 처분이 당초 적격합병 시 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 미만의 처분에 해당하는 경우에는 사업의 폐지에 해당하지 않는다.

합병법인이 사후관리기간(2년) 중에 피합병법인으로부터 승계한 자산(유형·무형·투자자산)가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우에는 승계받은 사업을 폐지한 것으로 보도록 규정하고 있다.
한편, 적격합병을 한 합병법인이 사후관리기간 중에 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자 등 부득이한 사유로 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하더라도 적격합병에 따른 과세특례를 계속 적용한다.

이 경우 합병법인이 적격물적분할로 피합병법인으로부터 승계한 자산을 처분한 후 잔여 승계자산을 매각한 경우 적격물적분할로 처분한 부분은 부득이한 사유에 해당하므로 합병법인이 계속 보유하고 있는 것으로 보아 잔여 승계자산 매각 시 자산 처분 기준(2분의 1 이상 처분)을 적용한다.

<예규:서면-2021-법규법인-6710, 2022.12.15.>
내국법인이 적격합병으로 피합병법인으로부터 자산을 승계받은 후 승계받은 자산 중 일부를 적격물적분할로 분할신설법인에 승계하고 나머지 자산을 처분하는 경우 그 나머지 자산의 처분이 당초 적격합병 시 피합병법인으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1미만의 처분에 해당하는 경우에는 「법인세법」 제44조의3 제3항 제1호의 “합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우”로 보지 않는다.


3. 지분의 연속성 요건
합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 피합병법인의 특정 지배주주가 합병법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우에는 적격합병에 대한 과세특례가 취소됨.

가. 개요
적격합병을 한 경우로서 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 피합병법인의 특정 지배주주가 합병법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하게 된다(법 제44조의3 제3항 제2호).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

이 경우 “피합병법인의 특정 지배주주”란 영 제80조의2 제5항에 따른 주주를 말한다(영 제80조의4 제9항).

 

 

 

 

 

 

 

나. 부득이한 사유가 있는 경우에 대한 처리
피합병법인의 특정 지배주주가 사후관리기간에 합병법인으로부터 받은 합병교부주식을 처분하더라도 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 적격합병에 대한 과세특례를 계속 적용한다(법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

다. 주요 질의·답변

Q. 합병으로 받은 자기주식을 사채와 교환하는 경우 주식처분 여부
A.
합병법인이 피합병법인의 특정 지배주주로서 보유하고 있는 주식(포합주식)에 대해 교부받은 합병 신주(자기주식)를 교환사채의 교환권 행사로 사채권자에게 지급하는 경우에는 동 합병 신주(자기주식)를 지급하는 시점에 주식을 처분하는 것에 해당함.

B법인의 지배주주인 A법인이 B법인을 흡수합병하면서 포합주식에 대하여 합병신주(자기주식)을 교부한 경우 자기주식은 의결권이 없어 합병법인이 지배주주로서의 주주권 행사는 할 수 없으나 적격합병의 사후관리 추징 요건 중 지배주주 등의 ‘지분의 연속성’을 적용함에 있어서는 별도의 예외규정이 없으므로 합병법인도 사후관리 대상이 되는 피합병법인의 특정 지배주주에 해당한다.

한편, 교환사채는 발행 시부터 자기주식으로 교환할 수 있는 권리가 부여되어 있는 채권이며, 교환사채를 자기주식으로 상환하는 것은 사채의 대가를 자기주식으로 지급하는 교환거래로 자기주식의 처분에 해당한다.
아울러, 처분시점은 사채권자가 교환권을 행사해 채권 발행회사가 자기주식을 지급하는 시점에 처분된 것으로 본다.

<예규 서면-2020-법인-1928, 2020.10.19.>
「법인세법」 제44조의3 제3항 제2호를 적용함에 있어 합병법인이 피합병법인의 지배주주로서 보유하고 있는 주식(포합주식)에 대해 교부받은 합병 신주(자기주식)를 교환사채의 교환권 행사로 사채권자에게 지급하는 경우에는 동 합병신주(자기주식)를 지급하는 시점에 주식을 처분하는 것에 해당한다.


4. 고용의 유지 요건
합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 3년 이내의 각 사업연도 종료일 현재 내국인 근로자 수가 합병등기일 1개월 전의 근로자 수의 100분의 80미만으로 하락하는 경우 적격합병에 대한 과세특례가 취소됨.

가. 개요
2017년 세법 개정 시(2018.1.1. 이후 합병하는 분부터 적용) 합병 등 기업구조조정이 인력 감축의 수단으로 활용되는 것을 방지하기 위해 앞서 설명한 바와 같이 적격합병의 요건에 고용의 승계·유지 요건을 추가했으며, 사후관리 추징 요건에도 고용의 유지 요건을 추가했다.

참고로 적격합병의 요건 중 고용의 승계·유지 요건과 사후관리 추징 요건 중 고용의 유지 요건을 비교해 보면, 적격합병의 요건 중 고용의 승계·유지 요건은 합병등기일 1개월 전 피합병법인의 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 기준으로 해당 근로자를 합병등기일에 80% 이상을 승계했는지 여부(고용승계요건)와 해당 사업연도 종료일까지 해당 근로자를 80% 이상 유지했는지 여부(고용유지요건)로 구성돼 있으며, 고용의 승계·유지 요건은 개별 근로자를 기준으로 적용되는 요건이다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

반면, 사후관리 추징 요건 중 고용의 유지 요건은 근로자 기준이 아닌 근로자 수 기준으로 적용되며, 피합병법인의 고용뿐만 아니라 합병법인의 고용도 함께 관리한다.

사후관리 추징 요건 중 고용의 유지 요건은 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 대상으로 적용되며, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 3년 이내의 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자의 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하게 된다(법 제44조의3 제3항 제3호).

 

 

 

 

 

 

 

 

 


나. 부득이한 사유가 있는 경우에 대한 처리
합병법인이 사후관리기간에 고용을 유지하지 못하더라도 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 적격합병에 대한 과세특례를 계속 적용한다(법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

이 경우 “부득이한 사유”란 다음의 사유를 말하며, 적격합병의 요건 중 고용의 승계·유지 요건의 부득이한 사유와 달리 ④의 사유를 적용하지 않는다(영 제80조의4 제7항 제3호).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

다. 주요 질의·답변

Q. 합병 후 재분할하는 경우 고용의 유지 요건을 충족하기 위한 합병법인의 최소 인원
A.
합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 80%에서 적격분할로 승계한 근로자 수를 차감한 인원을 유지해야 함.

A법인(합병법인, A사업부문)이 B1·B2사업부문을 보유하고 있는 B법인 (피합병법인)을 적격흡수합병한 이후 A법인은 합병 전 B법인이 보유하고 있던 B2사업부문을 적격인적분할해 다음과 같이 C법인(분할신설법인)을 설립했다.

 

 

 

 

 

 

한편, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 3년 이내의 각 사업연도 종료일 현재 A법인(합병법인)에 종사하는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자의 수가 합병등기일 1개월 전 당시 B법인(피합병법인)과 A법인(합병법인)에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80미만으로 하락하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하게 된다.

이 경우 A법인(합병법인)이 적격인적분할해 C법인(분할신설법인)에게 근로자를 승계함에 따라 근로자 비율(100분의 80)을 유지하지 못하는 경우에는 부득이한 사유에 해당해 적격합병의 특례가 계속 적용된다.

이 때 적격인적분할로 C법인에게 승계한 근로자 수는 합병법인인 A법인에 계속 근무하는 것으로 간주된다.

만약, 사후관리기간 중에 적격인적분할한 후 A법인(합병법인)의 근로자가 추가로 퇴직을 하는 경우에는 사후관리기간 중의 각 사업연도 말의 근로자 수는 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 80%에서 적격분할로 승계한 근로자 수를 차감한 인원 이상을 유지해야 한다.

예를 들어, 합병등기일 1개월 전 당시 A·B법인에 근무하는 근로자 수의 합이 100명인 경우 합병법인인 A법인이 적격인적분할로 C법인을 신설하면서 승계한 근로자 수가 30명인 경우 사후관리기간 중 각 사업연도 종료일 현재 A법인이 유지하여야 할 최소 근로자 수는 50명(100명 × 80% - 30명)이다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

<예규:서면-2019-법령해석법인-3385, 2020.3.30.>
「법인세법」 제44조 제2항 각 호의 요건을 갖추어 피합병법인을 흡수합병한 내국법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 적격분할하는 경우, 합병법인(분할존속법인)이 같은 법 제44조의3 제3항 제3호에 따른 적격합병 과세특례 배제사유에 해당하지 않도록 하기 위해 유지해야 할 최소 근로자의 수는 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 80%에서 같은 법 제46조제2항제4호에 따른 적격요건을 갖추어 분할신설법인에게 승계한 근로자 수를 차감해 계산한다.


 2  사후관리 추징 요건 해당 시 법인세 과세
1. 개요

적격합병을 한 합병법인이 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우 비적격합병과 동일하게 취급해 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 과세이연 및 결손금 등 승계사항을 반영해 과세함.

적격합병을 한 합병법인이 사후관리기간 중에 사후관리 추징 요건에 해당(부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다. 이하 같다)하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 익금에 산입하고, 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 않는다(법 제44조의3 제3항 각 호 외의 부분 본문).

내국법인이 비적격합병한 경우와 적격합병 후 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우 과세되는 주체 및 시기만 다를 뿐 합병으로 과세되는 효과는 동일하다.

비적격합병의 경우 합병 당시에 피합병법인은 양도손익, 합병법인은 합병매수차손익이 과세되며 적격합병의 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 합병법인에 자산조정계정 환입 및 합병매수차손익으로 과세된다.

 

 

 

 

 

 

 

2. 적격합병 과세체계에 대한 이해
적격합병을 하는 경우 피합병법인의 양도손익과 합병법인의 합병매수차손익을 합병시점에 과세하지 않고, 자산의 감가상각 및 자산의 양도 시까지 과세를 이연하며, 자산조정계정을 통해 과세이연 사항을 관리함.

피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보며, 그 양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다(법 제44조 제1항).

한편, 합병법인이 합병으로 인하여 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 시가와 피합병법인에게 지급한 양도가액의 차액은 합병법인의 합병매수차손익으로 과세된다(법 제44조의2 제2항 및 제3항).

예를 들어 피합병법인이 순자산 장부가액이 100(순자산 시가 150)인 자산을 합병법인에 승계하고 합병법인은 합병대가로 200을 지급한 경우 피합병법인의 양도손익은 100이 발생하며, 합병법인은 합병매수차손 △50이 발생해 피합병법인과 합병법인에게 전체적으로는 50의 소득에 대해 과세하게 된다.

 

 

 

 

 

 

이 경우 해당 합병이 적격합병의 요건을 충족하거나 완전모자회사 간 합병 등에 대한 특례를 적용받는 경우에는 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다(법 제44조 제2항 및 제3항).

아울러 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 시가와 피합병법인에게 지급한 양도가액을 모두 순자산 장부가액으로 보아 합병매수차손익에 대해 과세이연을 적용한다(법 제44조의3 제1항).

이에 따라 적격합병 시 피합병법인의 양도손익과 합병법인의 합병매수차손익을 합병시점에 과세하지 않고, 자산의 감가상각 및 자산의 양도 시까지 과세를 이연하며, 자산조정계정을 통해 과세이연 사항을 관리한다.

 


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