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Ⅲ. 공익법인의 납세협력의무

8. 공익법인 등의 회계기준 적용의무(상증법 §50의4)
가. 개요
「상속세 및 증여세법」에 공익법인의 외부 회계감사(상증법 §50③)와 결산서류 공시(상증법 §50의3)는 의무화하도록 규정돼 있으나, 그 기초가 되는 회계기준은 부재하여 공익법인마다 상이한 회계기준을 적용함에 따라 공익법인 간에 비교하기 곤란한 문제점이 있다.
이를 해결하기 위해 기획재정부 「공익법인 회계기준 심의위원회」에서 공익법인 회계기준(기획재정부 고시 2017-35)을 제정했고 공익법인 등이 외부 회계감사 의무, 결산서류 등의 공시의무를 이행할 때에는 공익법인 회계기준을 따라야 한다.

나. 적용 제외(상증령 §43의6 ②, 상증규칙 §14의5)
「의료법」에 따른 의료법인, 「사립학교법」에 따른 학교법인, 국립대학법인 서울대학교 및 인천대학교

다. 적용시기
공익법인 회계기준은 ’18.1.1. 이후 개시하는 회계연도 분부터 적용한다.
다만, ’18.1.1. 이후 개시하는 회계연도의 직전 회계연도 종료일의 총자산가액의 합계액이 20억원 이하인 공익법인과 ’18.1.1.부터 ’18.12.31.까지의 기간 중에 신설되는 공익법인은 ’18.1.1. 이후 개시하는 회계연도와 그 다음 회계연도에는 단식부기를 적용할 수 있다.

 

9. 기부금영수증 발급명세 작성·보관·제출 의무(법법 §112의2)
기부금영수증을 발급하는 법인은 기부자별 발급명세를 작성해 발급한 날부터 5년간 보관해야 하며, 기부금영수증 총 발급 건수 등이 적힌 기부금영수증 발급합계표를 제출해야 한다.

가. 기부자별 발급명세의 작성·보관·제출의무(법법 §112의2 ①, ②)
기부자*에게 기부금영수증을 발급하는 법인은 기부자의 성명, 주민등록번호 및 주소, 기부금액 등이 포함된 기부자별 발급명세서(법인칙 제75의2 서식)를 작성해 발급한 날부터 5년간 보관해야 하고, 기부금영수증을 발급하는 법인은 기부자별 발급명세를 국세청장, 지방국세청장 또는 납세지 관할세무서장이 요청하는 경우 제출해야 한다. 다만, 전자기부금영수증을 발급한 경우에는 그렇지 않다.**
*’08.12.31.까지:연간 100만원을 초과하는 금액을 기부하는 자
’09.1.1.~’09.12.31.:연간 50만원을 초과하는 금액을 기부하는 자
’10.1.1.부터:액수에 관계없이 기부금을 기부하는 자
**’21.7.1. 이후 전자기부금영수증을 발급하는 분부터 적용

나. 기부금영수증 발급합계표 제출의무(법법 §112의2 ③)
기부금영수증을 발급하는 법인은 해당 사업연도의 기부금영수증 총 발급 건수 및 금액 등이 적힌 기부금영수증 발급합계표(법인칙 제75호의3 서식)를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할세무서장에게 제출해야 한다. 다만, 전자기부금영수증을 발급한 경우에는 그렇지 않다.*
*’21.7.1. 이후 전자기부금영수증을 발급하는 분부터 적용

기부금영수증 발급합계표는 「국세청 홈택스(www.hometax.go.kr) > 신고/납부 > 일반신고 > 기부금영수증 발급합계표」를 통해 보다 간편하게 제출할 수 있다.

다. 의무 위반 시 가산세(법법 §75의4)
기부금영수증을 발급하는 자가 기부금영수증을 사실과 다르게 발급(기부금액 또는 기부자의 인적사항 등 주요사항을 적지 아니하고 발급하는 경우 포함)하거나 기부자별 발급명세를 작성·보관하지 아니한 경우에는 산출세액이 없더라도 다음과 같이 가산세가 부과된다.
① 기부금영수증의 경우
㉠ 기부금액을 사실과 다르게 적어 발급한 경우:사실과 다르게 발급한 금액(영수증에 실제 적힌 금액(영수증에 금액이 적혀 있지 아니한 경우에는 기부금영수증을 발급받은 자가 기부금을 손금 또는 필요경비에 산입하거나 기부금세액공제를 신청한 해당 금액으로 함)과 건별로 발급해야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 5에 해당하는 금액
㉡ 기부자의 인적사항 등을 사실과 다르게 적어 발급하는 등 가목 외의 경우:영수증에 적힌 금액의 100분의 5에 해당하는 금액
*’20.1.1. 이후 기부금영수증을 발급하는 분부터 2%에서 5%로 가산세율 개정
② 기부자별 발급명세의 경우:작성·보관하지 아니한 금액의 1000분의 2(다만, 상속세 및 증여세법 제78조 제3항에 따라 보고서 제출의무를 이행하지 아니하거나, 같은 조 제5항에 따라 장부의 작성·비치 의무를 이행하지 아니하여 가산세가 부과되는 경우 적용하지 아니함)
☞ 상속세 및 증여세법에 따라 제출하는 출연받은 재산의 사용명세서(별지 제25호의2 서식)의 경우 연간 출연(기부)금액 50만원 이상분은 출연자별 출연명세를 작성·제출해야 한다.

 

10. (세금)계산서합계표 등 자료제출 의무(법법 §120의3·§121)
가. 개요
과세자료는 직·간접적으로 과세의 근거가 되게 하는 자료이며 과세자료 제출의무는 국가·지방자치단체를 포함한 모든 납세 의무자가 부담하고 있는 협력의무이다.
따라서 수익사업이 없는 비영리·공익법인의 경우에도 과세자료제출의 납세협력의무가 있으므로 수취한 (세금)계산서합계표등 과세자료를 과세당국에 제출해야 한다.

나. 매입처별 세금계산서합계표 제출(부법 §54⑤, 부령 §99)
세금계산서를 교부받은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합과 아래의 법인, 단체(부령 §99)는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처별 세금계산서합계표를 해당 과세기간 끝난 후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 제출해야 한다(부법 §54⑤).
- 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는 자(조세특례제한법에 따라 소득세 또는 법인세가 면제되는 자를 포함)
- 「민법」 제32조의 규정에 따라 설립된 법인
- 특별법에 의하여 설립된 법인
- 각급학교 기성회·후원회 또는 이와 유사한 단체

또한, 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인이 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 발급받은 경우 매년 2월 10일까지 매입처별 세금계산서합계표를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다(법법 §120의3, 법인령 §163의2①).
다만, 부가가치세법 §54⑤에 따라 해당 과세기간 끝난 후 25일 이내에 매입처별 세금계산서합계표를 제출한 경우는 그러하지 아니한다.

이러한 매입처별 세금계산서합계표 제출의무를 이행하지 않는 경우에는 공급가액의 1,000분의 5(법법 §75의8①⑷에 해당하는 경우는 제외)에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다(법법 §75의8).
다만, 국가 및 지방자치단체, 비영리법인(수익사업과 관련된 부분은 제외)의 경우에는 합계표를 제출하지 않아도 가산세를 부과하지 않는다(법인령 §120③).

다. 매출·매입계산서합계표 제출(법법 §121⑤)
법인이 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역에 대한 계산서를 발급했거나 발급받은 경우 매출·매입처별 계산서합계표를 매년 2월 10일까지 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
매출·매입처별 계산서합계표 제출의무를 이행하지 아니한 경우에는 공급가액의 1,000분의 5(재화 또는 용역의 공급 없이 계산서를 발급하는 등 법인세법 제75조의8 제1항 제4호에 해당하는 경우 100분의 2)에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
다만, 국가 및 지방자치단체, 비영리법인(수익사업과 관련된 부분은 제외)의 경우에는 그러하지 아니한다(법법 §75의8, 법인령 §120③).

 

Ⅳ. 공익법인이 지켜야 할 일
세법에서는 기본적으로 공익사업 지원을 위해 공익법인에 다양한 조세 혜택을 제공하는 한편, 공익법인을 통한 조세회피 방지를 위해 출연재산 사용의무 등 공익법인이 지켜야 할 사항을 규정해 사후관리하고 있다.
따라서 공익법인이 그 목적사업에서 벗어나 의무사항을 위반한 경우 해당 공익법인에 증여세 또는 가산세 등을 과세하게 된다.

1. 출연재산을 직접 공익목적사업 등에 사용(상증법 §48②⑴, 상증령§38)
공익법인이 재산을 출연받은 때에는 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용해야 하고, 3년 이후에도 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용해야 한다.

가. 개요
「직접 공익목적사업 등에 사용」하는 것이라 함은 ① 출연받은 재산을 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하거나, 직접 공익목적사업에 충당하기 위해 해당 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것과 ② 출연받은 재산을 해당 공익사업의 효율적인 수행을 위해 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인에 출연하는 경우를 포함한다.
☞ 주무관청이 없는 경우 관할세무서장의 허가 필요(’13.2.15. 이후 주무관청에 허가를 요청하는 분부터 적용)

■ 직접 공익목적사업 사용으로 보지 않는 것(상증령 §38②)
1. 고유목적사업 지출로 보지 아니하는 과다 인건비(법인령 §56⑪)
• 다음의 법인이 임·직원에게 지급하는 총급여액* 중 8000만원 초과분
- 법법 §29 ① ⑵에 따라 수익사업 소득의 50%(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 50%이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 80%)를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인
- 조특법 §74 ①⑵1) 및 ⑻2)에 따라 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인(’22,12.31. 이전에 끝나는 사업연도까지 적용)
1) 「사회복지사업법」에 따른 사회복지법인
2) 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인

*총급여액(소법 §20 ①【근로소득】) ☞ 해당 사업연도 근로기간 1년 미만:12개월로 환산〔총급여액을 근로기간 월수(1월 미만 1월)로 나눈 금액×12〕 1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당 등 2. 법인의 주주총회·사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따른 상여 3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액 4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 5. 종업원 등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금 (제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외)

• 과다 인건비 제한 예외
법인이 해당 사업연도의 법인세 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원, 종업원의 인건비 지급규정에 대해 주무관청으로부터 승인받은 경우
☞ 법인세 과세표준 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출
*’12.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

2. 해당 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비·전기료·전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비
• 직접 공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위(상증통칙 48－38…2)
☞ 직접 공익목적사업 등에 사용한 금액은 다음 각 호의 구분에 의한다.
1. 출연재산이 현금인 경우
- 직접 공익목적사업용 재산을 취득하기 위해 지출한 금액
- 직접 공익목적사업비로 지출한 금액
- 수익사업용 또는 수익용 재산을 취득하기 위해 지출한 금액
2. 출연재산이 제1호 외의 재산인 경우
- 직접 공익목적사업에 사용하는 재산의 금액
- 수익사업용 또는 수익용 재산으로 사용되는 재산의 금액
- 당해 출연재산 매각대금으로 제1호 각목의 용도에 지출한 금액

나. 출연받은 날부터 3년 이내 사용 등
출연받은 재산은 공익사업을 수행하는 재원으로서 공익법인이 이를 임의로 장기간 방치하는 것은 조세지원 취지에 맞지 않으므로, 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용해야 하고, 3년 이후에도 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용*하도록 하고 있다.
*’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 출연재산을 공익목적에 사용하던 중 부득이한 사유 없이 사용 중단하는 경우 그 사용하지 아니한 가액에 대해 증여세가 부과된다.

그러나 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란하거나 3년 이후 계속하여 사용할 수 없는 경우에는 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 자산을 직접 공익목적사업 등에 사용해야 한다(상증령 §38③).
① 법령상 또는 행정상 부득이한 사유 등으로 인하여 사용이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자 포함)이 인정한 경우(’11.1.1. 이후 상속·증여 분부터 적용)
☞ 주무부장관이 없는 경우 관할세무서장의 인정 필요(’13.2.15. 이후 인정하는 분부터 적용)
② 해당 공익목적사업 등의 인·허가 등과 관련한 소송 등으로 인하여 사용이 곤란한 경우(’21.2.17. 이후 사유가 발생하는 분부터 적용)

이 경우 주무부장관이 인정한 사실을 출연재산의 사용계획 및 진도 보고서 등 출연재산 보고서를 제출할 때 함께 납세지 관할세무서장에게 보고해야 하고, 만약에 주무부장관이 인정한 서류를 제출하지 않는 경우에는 가산세가 부과된다.

다. 공익목적 외에 사용하거나 3년 이내 미사용 또는 3년 이후 계속하여 사용하지 아니하는 경우 증여세 부과
1) 증여세 과세가액
출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위해 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 포함) 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나, 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우에는 공익목적사업 등 외에 사용했거나 미사용된 재산가액을 증여가액으로 하여 공익법인에 증여세가 과세된다.
증여세 과세가액＝(①＋②＋③)
① 직접 공익목적사업 외에 사용한 재산의 가액
② 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 미사용 또는 미달 사용한 재산의 가액
③ 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니한 재산의 가액*
*③은 ’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

다만, 출연받은 재산·운용소득·출연받은 재산의 매각대금 및 잔여재산 중 일부가 다음 어느 하나의 사유로 직접 공익목적사업에 사용할 수 없거나 잔여재산을 국가·지방자치단체 및 공익법인 등에 귀속시킬 수 없는 경우에는 해당 금액을 출연받은 재산가액 등에서 차감해 계산한다(상증령 §38⑨).
*’04.1.1. 이후 상속세 또는 증여세를 결정하거나 경정하는 분부터 적용
① 공익법인의 이사 또는 사용인의 불법행위로 출연받은 재산 등이 감소된 경우
☞ 다만, 출연자 및 그 출연자와 상증령 §2의2 ① ⑴의 관계(친족* 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 혈족과 그 배우자)에 있는 자의 불법행위로 인한 경우 제외
*국기령 §1의2 ①⑴·⑷
1. 6촌 이내의 혈족 
2. 4촌 이내의 인척 
3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자 포함)
4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자·직계비속

② 출연받은 재산 등을 분실하거나 도난당한 경우

2) 증여시기
출연재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우 그 사유가 발생한 날을 증여시기로 본다.
●공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 외에 사용한 경우, 직접 공익목적사업 등 외에 사용한 날을 증여시기로 하여 증여세가 과세된다(서일46014-10322, ’02.3.15.).
●공익법인이 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 경우 증여세가 과세되는 것이며, 이 경우 증여세 과세가액은 3년이 경과하는 날을 증여시기로 하여 평가한 가액으로 한다(서면4팀-63, ’08.1.9.).
●공익법인이 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니함으로써 증여세 과세사유가 발생하므로 과세사유가 발생한 시점을 기준으로 평가해야 한다(대법원 2015두50696, ’17.8.18.).

3) 가산세 적용 제외
출연재산을 공익목적사업에 사용하지 아니하거나 출연일로부터 3년 이내에 사용하지 아니하여 증여세가 부과되는 경우 가산세는 적용되지 않는다.
●공익법인 등이 재산을 출연받아 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는 증여세가 과세되는 것으로 이 경우 별도의 가산세는 부과되지 않는다(재산-186, ’11.4.12.)
●공익법인이 출연받은 재산을 고유목적사업에 사용하지 못하여 증여세를 부과하는 경우 신고·납부 불성실가산세는 부과하지 않는다(법규과-591, ’09.5.22.).

<계산사례>
A공익법인이 ’18.7.1. 특정 개인으로부터 토지 1,000㎡를 출연받아 500㎡는 ’19.12.1. 공익사업 외 목적으로 사용했고 나머지 500㎡는 ’21.7.1. 현재 출연받을 당시 상태로 보유하고 있는 경우 증여세 과세가액은?
*시점별 토지의 평가액(㎡당)