국세청, 국고보조사업 참여 민간기관 보조금 부가세 과세 여부 사전답변
민·관이 공동추진 하는 국고보조사업에 참여한 민간기관이 관련협약에 따라 지급받는 보조금은 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 부가가치세 과세표준은 지급받는 보조금 전부가 해당된다는 국세청 사전답변이 나왔다.
국세청은 국고보조사업에 참여한 민간기관이 지급받는 보조금의 부가가치세 과세여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 이번 질의는 국토교통부와 ○○시가 ‘2022년 지역거점 스마트시티 조성사업’(협약사업) 추진을 위해 협약을 체결하고 이와 관련하여 ○○시·○○시 △△구·◎◎공사·민간참여기관이 체결한 협약에 따라 민간참여기관이 ○○시로부터 협약사업과 관련된 보조금을 사업비로 지급받는 경우라고 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “민간참여기관이 협약사업에 대한 단위사업을 수행하고 보조금이 사용돼 도출되는 사업성과물은 ○○시에 귀속되는 경우 부가가치세법 제11조 제1항에 따라 ○○시에 용역을 공급하는 것으로서 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 부가가치세 과세표준은 같은 법 제29조에 따라 민간참여기관이 해당 단위사업을 수행함에 있어 ○○시로부터 지급받는 보조금 전부가 되는 것”이라고 답변했다.
국세청은 또 “이 경우 민간참여기관은 ○○시를 공급받는 자로 해 부가가치세법 제32조에 따라 세금계산서를 발급하는 것”이라고 밝혔다.
질의법인은 시청, 구청, 공사기업, 민간참여기관이 ‘2022년 지역거점 스마트시티 조성사업’ 추진을 위해 협약을 체결했는데 이 사업에 9개사(민간참여기관)는 민간컨소시엄을 구성해 2022년 4월 ○○시 등과 협약사업 추진을 위한 사업시행자간 협약을 체결했고(데이터허브 센터 및 메가스테이션 구축 등 사업을 수행) 민간참여기관은 공사로부터 보조금 총액 240억 원에서 공사가 수행하는 사업에 대한 보조금 44억 원을 차감한 196억 원을 지급받았다.
질의법인은 이와 관련해 민·관이 공동추진하는 국고보조사업(지역거점 스마트시티 조성사업)에 참여한 민간기관이 보조금(국비+지방비)을 사업비로 지급받는 경우 민간참여기관이 용역(데이터허브 센터 및 메가스테이션 구축 등)을 제공하고 지급받는 보조금의 부가가치세 과세 여부 및 과세표준의 범위에 대해 물었다.
또한 해당 보조금이 부가가치세 과세대상에 해당하는 경우 세금계산서의 공급받는 자는 시청(전담기관)인지 공사(주관기관)인지 여부에 대해서도 물었다.
현행 부가가치세법 제11조(용역의 공급) 제1항에서는 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “역무를 제공하는 것”, 제2호에서 “시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것”으로 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 제29조(과세표준) 제1항에서는 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.”고 규정하고 있고, 제3항에서는 “제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.”고 규정하면서 제1호에서 “금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. <단서 생략>”로 규정하고 있고, 제5항에서는 “다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.”고 규정하면서 제4호에서 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”으로 규정하고 있다.
이와 함께 부가가치세법 제32조(세금계산서) 제1항에서는 “사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 ‘세금계산서’라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.”고 규정하고 있다.
또한 보조금 관리에 관한 법률 제2조(정의)에서는 “이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.”고 규정하면서 제1호에서 “보조금 이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(국가재정법 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리·운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.”고 규정하고 있다.
한편 광주광역시 지방보조금 관리 조례 제2조(정의)에서는 “이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.”고 규정하면서 제1호에서 “‘지방보조금’ 이란 광주광역시(이하 ‘시’ 한다)가 법령 또는 조례에 따라 다른 지방자치단체, 법인·단체 또는 개인 등이 수행하는 사무 또는 사업 등을 조성하거나 이를 지원하기 위하여 교부하는 보조금 등을 말한다. 다만, 출자금 및 출연금과 국고 보조재원에 의한 것으로서 지방자치단체가 교부하는 보조금은 제외한다.”고 규정하고 있다.
(부가 사전-2022-법규부가-1001 [법규과-163] 2023. 01. 19)
