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[2022년 공익법인 세무] 외부전문가 세무확인 보고서 기한내 미제출…‘가산세’
[2022년 공익법인 세무] 외부전문가 세무확인 보고서 기한내 미제출…‘가산세’
  • 국세청 제공
  • 승인 2023.01.13 09:00
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Ⅲ. 공익법인의 납세협력의무

2. 결산서류 등 공시의무(상증법 §50의3, 상증령 §43의5)

마. 공시요구 및 오류시정 요구 불이행시 가산세
국세청장은 공익법인이 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에 대해 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있다.

국세청장은 공시요구를 하거나 오류시정을 요구할 때에는 문서로 해야 하며, 요구를 이행하지 아니하는 공익법인에 대해서는 가산세를 부과하고 해당 공익법인의 주무부장관에게 관련 사실을 통보해야 한다(상증령 §43의5⑤).

국세청장의 공시요구 또는 시정요구를 지정된 기한 이내에 이행하지 아니하는 경우 공시해야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 해당 공익법인의 재무상태표상 자산총액(부동산인 경우 법 제60조, 법 제61조 및 법 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말함)의 1000분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다(상증법 §78⑪).

다만, 총자산가액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산의 합계액이 3억원 미만인 공익법인의 ’22.12.31. 이전에 개시하는 과세기간 또는 사업연도의 공시에 대하여는 본문에 따른 가산세를 부과하지 않는다(상증법 §78⑪).

바. 공익법인 공시자료의 제공
국세청장은 다음에 해당하는 자로서 결산서류의 제공을 신청한 자에게 공익법인이 공시한 결산서류를 제공할 수 있다(상증법 §50의3③, 상증령 §43의5⑥).

① 국책연구기관(「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제8조 제1항 또는 「과학기술 분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 제8조 제1항에 따라 설립된 기관)

② 공시의무를 이행한 공익법인

③ 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」 제4조 제1항에 따른 등록청이 「전자정부법」 제72조 제4항에 따라 기부통합관리시스템 구축 및 운영에 관한 업무를 위탁한 기관
* ①, ②는 ’19.2.12. 이후 공시한 자료의 제공을 신청하는 경우부터 적용
** ③은 ’21.2.17. 이후 신청하는 분부터 적용

<관련 예규 및 심판례 등>
• 보조금 관리에 관한 법률에 따른 국고보조금은 공시의무 여부 판단 시 제외
결산서류 등의 공시의무가 없는 공익법인 등의 범위를 판단할 때 공익법인 등이 출연받은 재산가액에 「보조금 관리에 관한 법률」에 따라 지급받는 국고보조금은 포함하지 않는다(상증세과-177, ’13.6.4.).

• 상증법상 공익법인의 경우에 공시의무가 있다.
공익법인 등의 결산서류 등의 공시의무 규정은 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 공익법인 등의 경우에 적용된다(재산-1193, ’09.6.17.).

 

3. 장부의 작성·비치 의무(상증법 §51)
공익법인은 사업연도별로 출연받은 재산 및 공익사업 운용내용 등에 대한 장부를 작성해야 하며 장부 및 관계있는 중요한 증명서류를 사업연도 종료일부터 10년간 보존해야 한다.

가. 장부의 작성방법
출연받은 재산의 보유 및 운용 상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록해 계산하는 부기 형식의 장부이어야 하며, 증빙서류에는 수혜자에 대한 지급명세가 포함돼야 한다.
다만, 이중으로 대차 평균하게 기록된 전표와 증빙서류 또는 계산서(세금계산서 포함)와 영수증에 의하여 재산의 보유, 운용상태와 수입·지출내용의 변동을 빠짐없이 기록·보관하고 있는 경우에는 장부를 작성·비치하고 있는 것으로 본다.
한편, 소득세법 제160조 및 법인세법 제112조 단서에 따라 공익법인의 수익사업에 관해 작성·비치된 장부와 증빙서류는 상속세 및 증여세법에 따라 작성·비치된 것으로 보며, 장부와 증빙서류에는 마이크로필름·자기테이프·디스켓 또는 그 밖의 정보 보존 장치에 저장된 것을 포함한다.

나. 장부의 작성·비치의무 불이행 가산세(상증법 §78⑤)
장부를 작성·비치해야 할 공익법인이 그 장부의 작성·비치 의무를 불이행했을 경우에는 다음 산식에 따라 계산한 가산세를 납부해야 한다.

(해당 사업연도 수입금액1)+출연재산가액2) )×0.07%

1) 장부의 작성·비치의무를 이행하지 아니한 사업연도의 수입금액 합계
2) 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액

다. 가산세가 부과되지 않는 경우(상증령 §80⑨)
다음의 공익법인(상증령 §43② 각 호 어느 하나에 해당)은 「상속세 및 증여세법」 상 장부의 작성·비치의무 불이행 가산세가 부과되지 않는다.
① 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조·제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액)의 합계액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도 수입금액*과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 미만인 공익법인
*공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련되는 수입금액
☞ ’13.12.31. 이전 개시하는 사업연도분은 총자산가액 10억원 미만이면서 수입금액과 출연재산의 합이 5억원 미만인 공익법인에서 그 적용대상이 확대된다.

② 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인(출연자 1명과 그 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한함)

③ 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인(회계검사를 받는 연도분에 한함)

(비교) 법인세법 제4조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업을 영위하는 공익법인은 법인세 법상 장부의 비치·기장 의무가 있다(법법 §112 단서).

• 법법 §112 【장부의 비치·기장】
납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장해야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치·보존해야 한다. 다만, 비영리법인은 제4조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정

• 법법 §75의3 【장부의 기록·보관 불성실 가산세】
내국법인이 제112조에 따른 장부의 비치·기장 의무를 이행하지 아니한 경우 가산세 부과(단, 비영리내국법인과 이 법 또는 다른 법률에 따라 법인세가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만 있는 법인은 제외)

 

4. 외부전문가의 세무확인서 보고 의무(상증법 §50)
공익법인 운영의 투명성을 확보하기 위해 일정규모 이상인 공익법인 등은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연재산의 운용과 공익사업 운영내역 등을 2명 이상의 외부전문가로부터 세무확인을 받아 납세지 관할세무서장에게 보고해야 한다.

가. 세무확인 대상 공익법인
사업연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 5억원 이상이거나 해당 과세기간 또는 사업연도 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인을 대상으로 한다.
※외부회계감사를 받은 공익법인은 세무확인대상에서 제외였으나, ’17.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터는 세무확인대상에 포함된다.

□ 외부전문가 세무확인 대상 확대(상증령 §43 ②, ’10년 이후 개정 분)
- 자산총액 10억원 이상 → 자산총액 10억원 이상 또는 수입금액과 출연재산의 합이 5억원 이상
*’11.7.25. 이 속하는 사업연도 분부터 적용
- 자산총액 5억원 이상 또는 수입금액과 출연재산의 합이 3억원 이상으로 대상 확대
*’14.1.1. 이 속하는 사업연도 분부터 적용

나. 세무확인 대상에서 제외되는 공익법인(상증령 §43②)
① 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조, 제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액)의 합계액이 5억원 미만이면서 해당 과세기간 또는 사업연도 수입금액*과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 3억원 미만인 공익법인
*공익사업과 관련된 「소득세법」에 따른 수입금액 또는 「법인세법」에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련되는 수입금액

② 불특정다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인(출연자 1명과 그 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인이 출연받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우에 한함)

③ 국가 또는 지방자치단체가 출연해 설립한 공익법인으로서 감사원의 회계검사를 받는 공익법인(회계검사를 받는 연도분에 한함)

다. 세무확인 실시·보고 기한(상증령 §43⑥, 상증규칙 §14③)
외부전문가의 세무확인은 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 2개월 이내에 실시해야 하며, 공익법인은 그 결과를 공익법인 등의 세무확인서(상증규칙 별지 제32호 서식)에 의하여 해당 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 관할세무서장에게 보고해야 한다.

라. 외부전문가의 세무확인 보고 미이행 가산세(상증법 §78⑤)
외부전문가 세무확인 대상 공익법인이 외부전문가의 세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 아니할 경우에는 다음 산식에 따라 계산한 가산세를 납부해야 한다.

MAX{(해당 사업연도 수입금액1)+출연재산가액2))×0.07%, 100만원3)}

1) 외부전문가의 세무확인을 받지 않거나 보고를 이행하지 않은 사업연도 수입금액
2) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감한 가액과 회계감사를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적에 직접 사용하는 분을 차감한 가액의 합계액을 말함.
3) ’14.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
☞ 1억원(중소기업기본법 §2①에 따른 중소기업인 경우 5000만원)을 한도로 함 다만, 고의적으로 위반한 경우 한도 없음(국기법 §49①).

● 상속세 및 증여세법 제78조 제5항 본문 중 ‘소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액’에서 수입금액이라 함은 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업에서의 수입금액을 의미한다(재산-168, ’09.9.9.).

마. 외부전문가(2명 이상)
외부전문가는 변호사·공인회계사·세무사를 말하며, 세무확인을 받는 공익법인으로부터 업무수행상 독립돼야 하므로 외부전문가가 다음에 해당하는 경우에는 선임할 수 없다.

□ 세무확인 배제대상 외부전문가(상증령 §43①)
1. 해당 공익법인 등의 출연자*·설립자(이하“출연자 등”) 또는 임직원
*출연자:재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2000만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람 제외
*임직원:퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람 포함
2. 출연자 등과 상증령 제2조의2 제1항 제1호(친족 등), 제2호(사용인 등)의 관계에 있는 사람
3. 출연자 등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자 등이 영 제19조 제2항에서 규정하는 “최대주주 또는 최대출자자”인 회사를 말함)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람
4. 해당 공익법인 등과 채권·채무 관계에 있는 사람
5. 제1호부터 제4호까지의 사유 외에 해당 공익법인과 이해관계가 있는 등의 사유로 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 사람
6. 제1호(임직원은 제외) 및 제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 관계에 있는 법인에 소속된 사람

바. 세무확인할 사항(상증령 §43⑤)
외부전문가는 공익법인이 출연받은 재산을 적정하게 공익목적사업에 운용하고 있는지의 여부 등을 확인해야 하는데 주요 확인사항은 다음과 같다.
① 출연재산 및 그 운용에 관한 사항
- 출연재산의 3년내 공익목적 사용 및 사용내역의 적정 여부
- 주식을 출연받거나 취득하는 경우 주식보유기준 초과 여부
- 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 출연재산의 운용소득 중 기준금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용했는지 여부
- 출연재산 매각대금을 기준금액 이상 공익사업에 사용했는지 여부
- 출연재산가액에 일정기준금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용했는지 여부
- 공익사업 수혜자의 적정 여부 등

② 자기내부거래에 관한 사항
- 출연재산을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자에게 무상 또는 낮은 가액으로 사용·수익하게 했는지 여부 등

③ 기타 공익법인 등의 운영에 관한 사항
- 이사 중 특수관계인의 기준 초과 여부 및 특수관계인의 임직원 채용 여부
- 특정법인에 대한 광고·홍보 여부
- 장부의 작성·비치의무 준수 여부
- 각종 보고서의 제출 여부
- 기타 공익법인의 운영 등과 관련해 공익목적에 부합되지 않는 사업 또는 행위에 대한 조치사항 등

④ 세무확인 보고
- 상증법 시행규칙 별지 제32호 서식(부록 참조)

사. 외부전문가의 세무확인서 작성 및 보고
외부전문가는 위 세무 확인사항을 확인해 공익법인 등이 작성한 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서(상증규칙 §25① 각 호 서식)의 적정여부를 검증하고, 공익법인 등의 세무확인서(상증규칙 별지 제32호 서식)등을 작성해야 한다.
외부전문가 세무확인서 등은 공익법인 등이 비치하고 있는 장부, 결산 보고서 및 그 부속서류, 기타 증빙서류 등에 의하여 정확하게 작성해야 하며, 장부 등이 사실과 다른 경우에는 외부전문가가 확인한 사실에 따라 작성해야 한다.

<관련 예규 및 심판례 등>
■ 외부전문가 세무확인 대상 여부
• 출연자 1인 및 그와 특수관계에 있는 자가 출연한 재산가액의 합계액이 출연받은 총재산가액의 5%에 미달하는 경우
출연자 1인 및 그와 특수관계에 있는 자가 출연한 재산가액의 합계액이 종교단체가 출연받은 총재산가액의 5% 이상이 아닌 경우에는 외부전문가의 세무확인을 받지 않아도 되는 것이며, 출연재산 등에 대한 보고서는 제출해야 한다(재산세과-1118, ’09.6.5.).

• 외부전문가 세무확인 대상 여부 및 보고 시기
초·중·고와 대학을 운영하는 학교법인이 초·중·고 부분에 대해 외부감사를 이행하지 않은 경우 성실공익법인에 해당하지 않으며, 2007년도분 세무확인은 ’08사업연도 종료일부터 2월내에 받아야 한다(재산-63, ’09.1.8.).

• 외부감사받은 경우 세무확인대상에서 제외(개정 전)
전문대학을 설립·경영하는 공익법인이 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받은 경우에는 해당 사업연도에 대하여 외부전문가 세무확인을 받지 않아도 된다(재산-2790, ’08.9.11.).
☞ 상증법 제50조 제3항에 의한 회계감사를 받을 의무가 없는 학교법인이 자진해서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조에 따른 감사인에게 회계감사를 받은 경우에도 외부전문가 세무확인의무 면제
☞ (법개정) ’17.1.1. 이후 사업연도 분부터 외부감사를 받은 경우에도 세무확인대상에 포함

• 국가 등으로부터 출연받은 재산 외에 출연받은 재산이 없는 경우
국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산 외에 일반개인이나 법인 등으로부터 출연받은 재산이 없는 공익법인 등은 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 공익법인 등에 포함이 안된다(재삼46014-174, ’99.1.25.).

• 출연자 1인 및 그와 특수관계있는 자가 출연한 재산가액의 합계액이 100분의 5에 미달하는 경우
공익법인 등이 국가로부터 출연받은 재산가액은 총재산가액의 100분의5 이상이고, 그 밖의 출연자 1인 및 그와 특수관계있는 자가 출연한 재산가액의 합계액이 총재산가액의 100분의5에 미달하는 경우 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 공익법인 등에 해당하지 않는다(제도46014-11830, ’01.7.2.).

■ 자산총액의 범위
• 외부전문가의 세무확인 대상에서 제외되는 공익법인에 해당 여부
세무확인대상 공익법인 여부 판단 시 “대차대조표상 총자산가액”이라 함은 당해 공익법인 등의 고유목적사업과 수익사업 등에 사용된 모든 자산의 가액을 말하며, “출연받은 재산가액”에 「보조금 관리에 관한 법률」에 따라 지급받는 국고보조금은 포함하지 않는다(재산세과-60, ’13.2.25.).

• 외부전문가 세무확인 대상(자산)
외부전문가 세무확인을 받아야 하는 자산총액 30억원 이상(’14.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 자산총액 5억)의 공익법인에서 말하는 자산총액은 고유목적과 수익사업 등에 사용되는 모든 자산가액을 말한다(서면4팀-793, ’08. 3. 25, 재삼46014-1295, ’97.5.23.).

• 공익법인의 외부전문가 세무확인 여부
공익법인 외부전문가 세무확인과 관련해 5억원 미만인 공익법인 등에 해당되는지 여부는 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액의 합계액을 기준으로 판단하고, 사업연도의 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액의 합계액에는 국고보조금을 포함한다(법인세과-4135, ’20.11.19.).

■ 가산세 부과
• 세무확인 불성실가산세 적용 방법(수입금액의 정의)
「상속세 및 증여세법」 제78조 제5항 본문 중 “소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액”에서의 수입금액이라 함은 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업에서의 수입금액을 말한다(재산세과-168, ’09.9.9.).

• 외부전문가 세무확인보고서 제출기한 내 미제출한 경우 가산세
외부전문가 세무확인보고서 제출기한 내에 세무확인보고서를 제출하지 아니한 이상 가산세를 부과할 수 있다(대구지법2004구합420, ’04.12.16.).

• 세무확인 불성실가산세 적용 시 계산 방법
세무확인불성실가산세 계산시, 총출연재산가액의 평가액에 변동이 있을 뿐 당해 사업연도에 출연받은 재산이 없으므로 대통령령이 정하는 수입금액에 대해서만 1만분의 7을 곱하여 산정(국심2003서3502, ’04.4.20.)


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