국세청, 공익법인 유형자산 처분이익 수입금액 포함 여부 유권해석
공익법인 외부 회계감사 의무대상 여부와 관련해 의료법인이 3년 이상 의료업에 사용하던 부동산(토지·건물)을 양도해 발생하는 유형자산 처분이익은 ‘해당 사업연도의 수입금액’에 포함된다는 국세청 유권해석이 나왔다.
국세청은 외부 회계감사 의무대상 여부를 판단할 때 유형자산 처분이익이 사업연도 수입금액에 포함되는지 여부에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “공익법인 외부 회계감사 의무대상 여부와 관련해 상속세 및 증여세법 시행령 제43조 제3항 제2호에 따라 ‘해당 사업연도의 수입금액과 그 사업연도에 출연 받은 재산가액의 합계액이 50억원 이상’인지 여부를 판단할 때 의료법인이 3년 이상 의료업에 사용하던 부동산(토지·건물)을 양도해 발생하는 유형자산 처분이익은 ‘해당 사업연도의 수입금액’에 포함되는 것”이라고 답변했다.
질의법인은 의료법 제48조에 따라 설립됐으며 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 라목에 규정된 의료법에 따라 설립된 의료기관으로서 공익법인에 해당한다.
질의법인은 의료사업을 위해 취득한 병원부지 및 건물을 양도했으며 이로 인해 발생한 유형자산 처분이익 수십억원을 포함해 법인세를 신고했다.
질의법인은 이와 관련해 외부 회계감사 의무대상 여부를 판단할 때 의료법인에 해당하는 질의법인의 유형자산(토지·건물) 처분이익이 ‘수입금액’에 포함되는지 여부에 대해 물었다.
현행 상속세 및 증여세법 제50조(공익법인 등의 세무확인 및 회계감사의무) 제1항에서는 “공익법인 등은 과세기간별 또는 사업연도별로 출연 받은 재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 대하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 2명 이상의 변호사, 공인회계사 또는 세무사를 선임하여 세무확인(이하 ‘외부전문가의 세무확인’이라 한다)을 받아야 한다. 다만, 자산 규모, 사업의 특성 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 외부전문가의 세무확인을 받지 아니할 수 있다.”고 규정하고 있다.
또한 제2항에서는 “제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받은 공익법인 등은 그 결과를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 보고하여야 한다. 이 경우 관할세무서장은 공익법인 등의 출연재산의 공익목적사업 사용 여부 등에 관련된 외부전문가의 세무확인 결과를 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다.”고 규정하고 있고, 제3항에서는 “공익법인 등은 과세기간별 또는 사업연도별로 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등은 그러하지 아니하다.”고 규정하면서 제1호에서 “자산 규모 및 수입금액이 대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등”, 제2호에서 “사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 공익법인 등”으로 규정하고 있다.
이와 함께 상속세 및 증여세법 시행령 제43조(공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 등) 제1항에서는 “법 제50조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 기준’이란 다음 각 호의 어느 하나에도 해당하지 아니하는 경우를 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “해당 공익법인 등의 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 해당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하의 금액을 출연한 사람은 제외한다), 설립자(이하 이 항에서 ‘출연자 등’이라 한다) 또는 임직원(퇴직 후 5년이 지나지 아니한 사람을 포함한다)인 경우”, 제2호에서 “출연자 등과 제2조의2 제1항 제1호 또는 제2호의 관계에 있는 사람인 경우”, 제3호에서 “출연자 등 또는 그가 경영하는 회사(해당 회사가 법인인 경우에는 출연자등이 최대주주 등인 회사를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 사람인 경우”, 제4호에서 “해당 공익법인 등과 채권·채무 관계에 있는 사람인 경우”, 제5호에서 “제1호부터 제4호까지의 사유 외에 해당 공익법인 등과 이해관계가 있는 등의 사유로 그 직무의 공정한 수행을 기대하기 어렵다고 인정되는 사람인 경우”, 제6호에서 “제1호(임직원은 제외한다) 및 제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 관계에 있는 법인에 소속된 사람인 경우”로 규정하고 있다.
또한 제2항에서는 “법 제50조 제1항 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 공익법인 등’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 공익법인 등을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “법 제50조 제1항에 따라 외부전문가의 세무확인을 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액(부동산의 경우 법 제60조·제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 큰 경우에는 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 5억원 미만인 공익법인 등. 다만, 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액(해당 공익사업과 관련된 소득세법에 따른 수입금액 또는 법인세법에 따라 법인세 과세대상이 되는 수익사업과 관련된 수입금액을 말한다. 이하 이 조 및 제43조의5 제2항 단서에서 같다)과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연 받은 재산가액의 합계액이 3억원 이상인 공익법인 등은 제외한다.”고 규정하고 있다.
또한 제2호에서는 “불특정다수인으로부터 재산을 출연 받은 공익법인 등(출연자 1명과 그의 특수관계인이 출연한 출연재산가액의 합계액이 공익법인 등이 출연 받은 총재산가액의 100분의 5에 미달하는 경우로 한정한다)”으로 규정하고 제3호에서는 “국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인 등으로서 감사원법 또는 관련 법령에 따라 감사원의 회계검사를 받는 공익법인 등(회계검사를 받는 연도분으로 한정한다)”으로 규정하고 있다.
한편 제3항에서는 “법 제50조 제3항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 규모 미만인 공익법인 등’이란 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전 사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인 등을 말한다. 다만, 제41조의2 제6항에 해당하는 공익법인 등은 제외한다.”고 규정하면서 제1호에서 “과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 법 제60조·제61조 및 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말한다)의 합계액이 100억원 미만일 것”, 제2호에서 “해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연 받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것”, 제3호에서 “해당 과세기간 또는 사업연도에 출연 받은 재산가액이 20억원 미만일 것”으로 규정하고 있다.
(상증, 서면-2022-상속증여-3467 [공익중소법인지원팀-1823], 2022. 12. 09)
