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[R&D 세액공제 사전심사] 연구·인력개발비 세액공제 ‘제외되는 비용’ 꼼꼼하게 검토해 적용해야
[R&D 세액공제 사전심사] 연구·인력개발비 세액공제 ‘제외되는 비용’ 꼼꼼하게 검토해 적용해야
  • 국세청 제공
  • 승인 2022.11.11 09:00
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Ⅴ. 참고자료
 

1. 연구·인력개발비 세액 관련 법령
① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장·원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장·원천기술 연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장·원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
가. 기업유형에 따른 비율
1)중소기업에 해당하는 경우:100분의 30
2)그 밖의 경우:100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 “코스닥상장 중견기업”이라 한다)의 경우 100분의 25]
나. 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 신성장·원천기술 연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

2. 삭제 <2016.12.20.>

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급해 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급해 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의  연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우:100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우:다음의 구분에 따른 비율
가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지:100분의 15
나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지:100분의 10
3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우:100분의 8
4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우:다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다) 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청해야 한다.

④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장·원천기술 연구개발비를 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理) 해야 한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동에 지출한 금액 중 과학기술 분야와 결합돼 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다.

⑥ 자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 지출하는 금액에 대해 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.

□조세특례제한법 시행령 제9조[연구·인력개발비에 대한 세액공제]
① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다. 
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2.국가, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

② 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장·원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장·원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 자체 연구개발의 경우:다음 각 목의 비용
가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장·원천기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장·원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
나. 신성장·원천기술연구개발업무를 위해 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(「문화산업진흥 기본법」 제2조 제2호에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)·서체·음원·이미지의 대여·구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우:기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장·원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영·관리·지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

③ 법 제10조 제1항 제1호 가목2)에서 “대통령령으로 정하는 중견기업”이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업을 말한다.
1. 중소기업이 아닐 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것. 이 경우 둘 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업 수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
가. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업
나. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조제 2항제2호 각 목의 업종

3. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법 시행령」 제2조 제2항 제1호에 적합할 것

4. 직전 3개 과세연도의 매출액(매출액은 제2조 제4항에 따른 계산방법으로 산출하며, 과세연도가 1년 미만인 과세연도의 매출액은 1년으로 환산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 5000억원 미만인 기업일 것

④ 법 제10조 제1항 제1호 나목 본문에서 “대통령령으로 정하는 일정배수”란 3배를 말한다.

⑤법 제10조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로  중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”란 제2조 제2항 각 호 외의 부분  본문 및 같은 조 제5항에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우를 말한다.

⑥ 법 제10조 제2항에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.
해당 과세연도 개시일부터 소급해 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급해 4년간 일반연구·인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12

⑦ 제6항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급해 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병 등을 하기 전에 피합병법인 등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구·인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인 등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다.


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