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전담부서 직원 회사 몰래 대학 강의 한 경우 ‘실제’ 일했다면 ‘세액공제’
전담부서 직원 회사 몰래 대학 강의 한 경우 ‘실제’ 일했다면 ‘세액공제’
  • 국세청 제공
  • 승인 2022.01.14 09:24
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R&D 세액공제 사전심사 <6>


Ⅱ. 주요 예규, 판례

2. 인건비 관련
□ 인건비 일반사항
[문서번호]
서울행정법원-2016-구합-56905(2017.07.13.) 
[제목]
연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구개발비 세액공제 대상이 될 수 있다.

2) 다음으로 1)항에서 본 바와 같이 BBB 연구원들이 연구개발 업무뿐만 아니라 그 외의 업무까지 병행해 수행한 경우 그 인건비 및 BBB의 재료비가 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 법인세 공제대상에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

① BBB의 업무 가운데 고객과의 상담이나 방문, 단순한 맞춤형 제품개발의뢰나 불만접수, 제품수리 등의 업무는 구 조세특례제한법 제9조 제5항 등이 규정하고 있는 순수한 연구개발 업무와 분리할 수 있는 것이고, 위와 같은 활동이 원고의 기술발전 및 신제품개발에 간접적으로 도움이 될 수 있다고 하더라도, 그 자체를 연구개발의 범주에 넣을 수 없을뿐더러 그러한 업무를 필연적으로 연구전담요원이 수행해야 할 필요도 없다. 
만일 연구전담요원이 위와 같은 업무를 겸하는 경우까지도 모두 세액공제 대상으로 본다면 연구개발에 직접적으로 지출된 비용만을 법인세액에서 공제하기 위해 그 세부요건을 엄격히 규정한 구 조세특례제한법의 취지가 몰각되고, 연구개발을 수행하는 연구원이 한 다른 활동에 대응하는 인건비에 관하여도 세액이 공제되는 부당한 결과가 초래된다.

② 원고가 주장하는 것과 같이 일정한 경우에는 고객에게 전담연구원을 배정해 해당 고객의 제품 상담에서부터 제품 양산 및 사후관리까지 유기적으로 담당하게 하는 것이 고객관리나 기술발전의 측면에서 더욱 효과적일 수도 있고, 그러한 판단에 따라 연구활동과 영업활동을 적절히 결합한 방식을 선택해 사업을 영위하는 것은 원고의 자유이다. 
다만 구 조세특례제한법 등 관계법령이 기업부설연구소에서 근무하는 연구전담요원 등이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하지 않는 경우에만 세액공제를 허용하도록 분명히 규정하고 있는 이상 BBB의 연구원들이 연구개발업무 외에 다른 업무를 겸하였다면 세액공제는 불가능하다.
3) BBB장과 CCC원장의 인건비가 세액공제대상에 해당하는지 여부

그런데 앞서 인정한 사실에 의하면 BBB장과 CCC원장은 각 기관의 연구전담요원으로 등록되어 있기는 하지만 개별 연구과제를 직접 수행하거나 개별 연구과제의 내용에 세세하게 관여하여 실질적으로 연구의 내용을 관리·감독한 것은 아니었고, 연구원들로부터 연구의 주제 및 방향이나 진행상황 등을 보고받고 관리하는 것을 주된 업무로 하였던 것으로 보인다. 

나아가 구성원이 수백명에 이르는 단체의 장이라는 지위는 그 본질적인 특성상 그 기관의 본연의 업무 외에도 행정적인 업무등 여러 부수적인 업무들을 수행하게 될 수밖에 없고, 이러한 행정적인 관리 업무는 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제2항 제1호가 연구개발에서 제외되는 것으로 규정하고 있는 “일반적인 관리 및 지원활동”에 해당할 가능성이 큰 점, BBB장과 CCC원장의 인건비 세액공제 내역은 그 금액이 상당히 클 뿐 아니라, 매년 큰 차이가 있어, 원고의 주장과 같이 매년 동일하게 전체적인 연구과제 관리 정도의 업무만을 하는 대가로 지급되었다고 하기에는 그 금액이나 연도별 차이가 설명되지 아니하고 단순 착오로 인건비 세액공제를 신청하지 않은 해가 있었다는 부분도 쉽게 납득되지는 않는 점, 원고는 BBB장 및 CCC원장의 급여산정 근거에 대하여는 별다른 설명이나 자료를 제출하지 않고 있는 점, BBB장의 경우에는 앞서 살핀 것과 같이 BBB 소속 연구원들이 수행한 연구개발 외 다른 업무에 관한 관리감독 업무 역시 수행했을 것인 점 등을 종합해 보면, BBB장 및 CCC원장에게 지급된 인건비가 순수 연구개발활동에 직접 대응하는 것이라는 원고의 주장을 받아들이기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

[문서번호]
서울행정법원2013구합59682(2014.05.02.) 
[제목]
이중근로자의 인건비, 여비교통비, 도서인쇄비, 지급수수료가 연구인력개발비 세액공제 대상인지 여부
[판결내용]
조세특례제한법령은 어떤 회사가 전담부서에서 근무하는 직원으로서 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원에 대한 인건비를 지출하였을 경우 연구인력개발비 세액공제를 받을 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 그 직원이 당해 회사에서만 근무해야 한다는 제한을 두고 있지 않은 점, ③ 전담부서에서 근무하면서 연구업무에 종사하는 직원이 회사에게 알리지 않은 채 자신의 업무에 지장을 초래하지 않으면서 다른 회사에서 일을 하거나 대학교에서 강의를 한 경우 위 직원의 인건비에 대하여 연구인력개발비 세액공제가 적용되지 않는다고 보게 되면, 연구요원을 고용해 자체기술개발을 위해 노력한 회사에게 너무 가혹하다고 할 것인 점 등에 비추어 보면, 직원이 실제로 전담부서에서 근무하면서 과학기술분야의 연구업무에 종사했고, 회사가 그 직원에 대한 인건비를 지출했다면 이는 연구인력개발비 세액공제대상에 해당한다고 봄이 상당하다.

[문서번호]
조심-2018-부-4062(2019.06.26.)
[제목]
청구법인의 기술연구소 관련 인건비가 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
[결정내용]
조직도, 인사기록카드 및 부서별 업무내역 등에 의하면 기업부설연구소에 신고된 인원은 46여명이지만, 8개팀 중 연구개발 관련 팀은 한 팀(기술개발팀)에 불과하여 그 인원 전부가 기술개발업무를 전담했다고 보기 어렵고 사실상 대부분 직원들의 발령부서가 연구개발팀이 아닌 설계부서로 확인되는 점, 그 설계부서의 업무내역이 연구개발사업과 관련된 것이 아닌 배 등의 설계, 배치 및 설계관리 등에 해당하고 수주실적상으로도 업무범위가 주로 OOO, OOO 등의 건조, 실시설계 및 시운전 등의 중심으로 발주되어 연구개발 위주의 업무가 이루어진 것으로 보이지 않는 점, 청구주장과 같이 설계부서에서 연구활동을 수행했다고 볼만한 자료 및 청구법인이 수행하는 활동이 어떠한 과학적 또는 기술적 진전이 있었는지에 대한 구체적인 증빙이 제출되지 아니한 점, 청구법인 스스로 법인세 신고 시 기술연구소 연구직원들의 활동을 위탁받아 수행하는 연구활동으로 하여 법인세를 신고하였는바, 조특법령에서 위탁받아 수행하는 방산물자의 연구활동을 세액공제 대상에서 제외되지 않는 활동으로 규정하고 있지 않고 방위산업의 특수성을 인정하더라도 청구법인이 생산하는 방산물자가 부득이하게 위탁받아 수행할 수밖에 없는 사정 등이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점인건비가 기술연구소에서 연구개발과제를 직접 수행하는 연구요원들에 대한 인건비에 해당된다고 보기는 어렵다할 것이다.


[문서번호]
조심-2016-서-3647(2018.04.09.)
[제목]
 연구 및 인력개발비 세액공제에 대한 경정청구를 거부한 처분은 적정함.
[결정내용]
청구법인은 OOO에 소재하였던 것에 반하여, 쟁점연구소의 소재지는 원격지인 OOO에 위치하고 있는 점, 쟁점연구소의 내·외부를 찍은 사진들에 의하면 쟁점연구소는 조립식 판넬로 지어진 가건물의 형태를 취하고 있고, 청구법인이 2014.10.24. OOO에 신고한 쟁점연구소의 연구시설 현황 상 2004년 설치된 보조원 컴퓨터와 노트북 그리고 연구용 서버 각 1대, 2009년 설치된 노트북 1대 등이 설치되어 있음이 확인될 뿐이므로, 쟁점연구소에서 연구소장 OOO 외 연구원 5명이 소프트웨어 연구개발을 전담해 수행할 수 있는 물적요건이 정상적으로 갖추어져 있었다고 보기 어려운 점, 청구법인이 2016.4.22.자 경정청구서에 기재한 쟁점연구소의 연구원들 목록이 2014.10.24. OOO에 최종적으로 제출한 연구원들의 목록과 다르고, 청구법인은 두 목록에 기재된 연구원들이 서로 일치하지 않는다는 사실을 알지 못하였던 점, 청구법인이 제출한 쟁점연구소의 도면에 의하면 쟁점연구소에 비치된 책상이 5개인 것으로 나타나는 반면, 청구법인은 2014.10.24. 쟁점연구소에 전담연구요원 6명이 근무하고 있다고 신고한 점, 청구법인은 심판청구를 제기한 때로부터 약 1년 5개월이 지난 시점에서야 비로소 OOO에서 사용된 카드내역을 제출했으나, 카드를 사용한 내역만으로는 연구원들이 연구활동을 한 것인지 확인하기 어려운 점, 청구법인은 OOO 또는 OOO에 주소를 두고 있는 연구원들이 쟁점연구소에서 근무하기 위해 OOO로 거소를 이전했다거나 거주지에서 쟁점연구소로 출퇴근했다는 것을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 제출한 증빙만으로는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.


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