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[쟁점 예규] 회사 연구소 소속 아니라도 연구개발과제 직접 수행 땐 ‘세액공제’
[쟁점 예규] 회사 연구소 소속 아니라도 연구개발과제 직접 수행 땐 ‘세액공제’
  • 이예름 기자
  • 승인 2021.06.03 15:56
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“법률 상 연구소 내 팀으로 승인받고 직원이 연구개발과제 직접 수행·보조한 경우”
국세청, “사실판단 사항”…연구·인력개발비 세액공제 적용 가능 여부 사전답변

회사 연구소 소속은 아니지만 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 연구소 내의 팀으로 승인을 받은 경우 해당 팀 소속 임직원이 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하는 경우에는 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 수 있다는 국세청 유권해석이 나왔다.

국세청은 연구소 소속이 아닌 팀의 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는지를 묻는 질의에 대해 이같이 사전답변 했다.

국세청은 회신을 통해 “내국법인이 연구소 소속이 아닌 팀을 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 연구소 내의 팀으로 승인을 받은 경우 해당 팀 소속 임직원이 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하는 자로서 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제7호에 따른 연구전담요원 및 같은 법 시행령 제2조 제8호에 따른 연구보조원에 해당하는 경우 그 임직원(주주인 임원으로서 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외)의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는 것”이라고 밝히고 “해당 임직원이 이에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항”이라고 답변했다.

질의를 낸 A법인은 OOOO 개발 등을 위해 연구소를 설립해 20xx년 xx월 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 기업부설연구소로 인정을 받았다. A법인의 기업부설연구소 조직은 AAA, BBB 및 기타부서로 구성돼 있다.

그러나 BBB 내의 CC팀은 기업부설연구소 소속이 아니었지만 A법인이 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 연구소 내의 팀으로 변경 신고해 20xx년 xx월에 승인을 받았다.

질의 법인은 이와 관련해 연구소 소속이 아닌 팀을 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 연구소 내의 팀으로 승인을 받은 경우 해당 팀의 인건비에 대해 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 수 있는지 여부에 대해 물었다.

(조특 사전-2021-법령해석법인-0095 [법령해석과-1784] 2021. 05. 20)

현행 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) 제1항에서는 “내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 ‘연구·인력개발비’라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.”고 규정하고 있다.

또한 조세특례제한법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항에서는 “법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.”고 규정하고 있고 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련) 제1호에서는 “연구개발”로 규정하고 있고, 가목에서 “자체연구개발”로 규정하면서 1)에서 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ‘전담부서 등’이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비.“로 규정하고 있다.

이와 함께 조세특례제한법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항에서는 “영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 ‘전담부서 등’이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 ‘연구개발서비스업’이라 한다)을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서”, 제2호에서 “문화산업진흥 기본법 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서”, 제3호에서 “산업디자인진흥법 제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서 ‘산업디자인전문회사’라 한다)”로 규정하고 있다.

또한 제3항에서는 “영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 ‘기획재정부령으로 정하는 자’란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제7호에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 산업디자인진흥법 시행규칙 제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 같은 법 시행령 제2호 제8호에 따른 연구보조원과 연구개발 서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.”고 규정하고 있고, 제1호에서 “부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행 주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자”, 제2호에서 “당해 법인의 주주로서 법인세법 시행령 제43조 제7항에 따른 지배주주 등 및 당해 법인의 총발행 주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주”, 제3호에서 “제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제2조 제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.”고 규정하고 있다.

한편 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조(정의)에서는 “이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.”고 규정하면서 제7호에서 “‘연구전담요원’이란 연구개발 활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.”고 규정하고 있고, 제9호에서 “‘연구보조원’이란 연구전담요원의 지시에 따라 실험·검사 및 측정 등 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.”고 규정하고 있다.

 


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