기획재정부가 감사원으로부터 “개별세법상 조세특례항목의 조세지출 포함여부를 재검토하라”는 통보와 함께 ‘지방이전에 따른 과도한 혜택을 방지할 수 있도록 조세감면 한도 등을 설정하라’는 통보를 받았다.

또한 국세청에 대해서는 “중소기업 취업관련 소득세 부당감면사례가 발생치 않도록 사후관리 방안을 마련하라”고 통보했다.

감사원은 26일 “국가 재정관리의 효율성 제고를 위해 조세감면·비과세 등 조세지출에 대한 관리·통제 제도 및 개별 조세지출 항목을 점검하기 위해 감사를 실시했다”며 이 같이 밝혔다. 

이번 실지감사는 작년 11월 28부터 12월 18일까지 실시됐다.

감사 결과 조세지출 관리·통제제도 분석 분야와 개별 조세지출 주요항목 분석 분야 등 2개 분야에서 총 12건의 문제점이 확인돼 개선방안을 마련하라는 내용이 통보됐다.

기재부는 ‘조세특례제한법’(이하 조특법) 등에 따라 조세지출의 직전 연도 실적과 해당연도 및 다음연도 추정금액을 기능별·세목별로 분석한 보고서인 ‘조세지출예산서’를 작성해 매년 예산안의 첨부서류로 국회에 제출하고 있다. 

즉, 개별세법에서 규정하고 있는 비과세‧소득공제‧세액공제 등의 조세특례 중 조세지출에 해당(조세지출의 특성과 개별 조항의 입법취지 등을 감안)하는 항목들을 조세지출예산서에 반영하고 있다.

하지만 조세지출의 개념에 부합하지 않는 항목이 조세지출예산서에 포함되는 경우에는 국세감면율이 과다하게 산정되고 이에 따라 국세감면율 법정한도 등의 한계로 말미암아 특정 산업 및 경제활동에 대해 조세지출을 통해 지원하는데 차질이 발생한다.

또한 조세지출에 해당하는 항목이 조세지출예산서에서 제외되면 국회나 관련 부처에서 조세지출 규모가 적정수준보다 작다고 잘못 판단해 새로운 조세지출을 추가하는 등 과다한 조세지출로 인해 재정건전성이 악화되는 등의 문제점이 발생할 수 있다.

그런데 감사원이 개별세법에서 규정하고 있는 조세특례 항목이 일관되고 합리적인 기준에 따라 조세지출로 분류돼 조세지출예산서에 포함‧관리되고 있는지 분석한 결과, 조세지출 개념에 부합하지 않는 조세특례 항목이 조세지출예산서에 포함되거나, 특성이 유사한 항목 간에 조세지출예산서 포함 여부가 일관되지 않는 등의 문제점이 있는 것으로 확인됐다.

구체적으로 ‘연금보험료공제’와 ‘연금계좌세액공제’는 연금소득에 대한 이중과세 문제를 해소하기 위한 제도로서 조세지출(재정지원) 개념에 부합하지 않는다. 

그런데 기재부는 이와 동일하게 이중과세 해소 목적의 조세특례인 ‘배당세액공제’ 및 ‘외국납부세액공제’는 조세지출에서 제외하고 있으면서도, 연금보험료공제와 연금계좌세액공제를 조세지출로 판단해 조세지출예산서에 포함하고 있었다.

이에 따라 2018년의 경우 개별세법상 조세지출 총액(21조여 원)의 18%에 상당하는 3조8654억 원만큼 조세지출액이 과다 산정괘 있었다. 

또한 ‘상속세 등 신고세액공제’는 납세자의 납세협력을 유도하기 위한 것으로서 조세특례에 따른 재정지원이라는 조세지출의 정의를 충족하므로 조세지출로서 조세지출예산서에 포함하는 것이 타당하다. 

그런데도 납세협력을 유도한다는 측면에서 상속세 등 신고세액공제와 유사한 ‘전자신고에 대한 세액공제’와 ‘기장세액공제’는 조세지출로 봐 조세지출예산서에 포함하면서도 상속세 등 신고세액공제는 조세지출에서 제외하고 있어, 2018년 기준으로 상속세 1755억원과 증여세 2786억원 등 총 4541억원 규모의 조세지출이 조세지출예산서에 포함되지 않았다.

이에 감사원은 기획재정부장관에게 “연금보험료공제 등 개별세법상 조세특례항목의 조세지출 포함 여부를 재검토해 조세지출예산서를 정확하고 일관되게 작성하는 방안을 마련하라”고 통보했다.

조특법 제63조의2에 따르면 수도권에 3년 이상 본사를 둔 법인이 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우, 지방이전 법인에 발생하는 일정한 소득에 대해 이전 후 7년간은 법인세의 전액을, 그 다음 3년간은 법인세의 50%를 감면하도록 되어 있다.

위 지방이전 기업에 대한 과세특례는 수도권 과밀화에 따른 부작용을 해소하고 지역경제 활성화 및 지역 균형발전 등을 유도하기 위해 신설(1999년 12월)된 조세지출 항목이므로 지방이전에 따른 투자와 고용효과를 반영해 법인세 감면 한도를 설정하는 등으로 기업이 실제 투자금액 및 고용에 비해 과도하게 조세지원(법인세 감면)을 받는 것을 방지하는 것이 바람직하다.
    
그런데 기재부는 지방이전 효과가 작은 업종이 발견될 때마다 사후적으로 감면배제 업종으로 추가 지정하고 있을 뿐, 지방이전 기업의 투자 및 고용에 따른 법인세 감면 한도 등을 설정하지 않았다.

감사기간 중 2015년부터 2018년까지 본사 지방이전 감면제도를 통해 법인세를 감면받은 총 251개 법인(공공기관 제외)의 사례를 분석한 결과, 251개 법인이 지방이전에 따라 감면받은 법인세 계 8361억원 중 특정 2개 법인의 감면액이 7641억원으로 91%를 차지하고 있어 특정 업체에 감면세액이 집중되고 있었다.

8개 법인은 지방이전 인원 1인당 연평균 법인세 감면세액이 1억원을 넘었고, 이 중 6개 법인은 지방이전한 본사의 연평균 근무인원이 10명 미만에 불과했다.

또한 위 8개 법인에 대해 제주첨단과학기술단지 입주기업 등에 대한 법인세 감면 한도(투자금액과 고용인원 반영)를 적용해 법인세 감면세액을 다시 산정하고 이를 실제 감면받은 세액과 비교해 본 결과, 8개 법인이 2016년부터 2018년까지 3년간 위 법인세 감면 한도에 비해 총 6784억원만큼 조세지원을 많이 받은 것으로 나타나는 등 본사 지방이전 감면제도가 지방이전에 따른 투자금액 및 고용 등 지역경제에 미치는 효과에 비해 일부 기업에게 과도하게 법인세 감면혜택이 부여되고 조세부담의 형평성이 훼손될 우려가 있음이 확인됐다.

감사원은 이에 대해서도 기획재정부장관에게 본사를 지방으로 이전하는 법인들에 대해 유사제도의 조세감면 혜택 및 지역경제에 미치는 효과 등에 비해 과도하게 법인세 감면혜택이 부여되지 않도록 조세감면 한도를 합리적으로 설정하는 등의 방안을 마련하도록 통보했다.

한편, 조특법 제30조 등에 따라 일정 업종의 중소기업에 취업하는 청년 등에게는 3~5년간 근로소득세를 감면해준다.

감사원이 점검한 결과, 국세청은 감면신청자가 감면요건에 해당하는지에 대해 적절한 점검을 하지 않고 있었다. 이에 감면대상에 해당하지 않은 업종에 취업하였거나 중소기업이 아닌 기업에 취업했는데도 소득세를 감면받은 사례를 다수 확인했다.

또한 국세청은 근로·자녀장려금 지급을 위해 신청자의 재산요건과 소득요건을 심사하는 전산시스템을 운영 중인데, 근로·자녀장려금 신청자의 소유주택 주소지와 주민등록상 주소지가 상이한 경우 위 전산시스템에서 ‘간주전세금’이 자동 산정되나, 실제 전세거주 사실여부 확인 기능은 미흡한 것으로 확인됐다.

그 결과 실제로는 배우자 등 가구원 소유 주택에 거주하는데도 다른 주택에 전세 거주하는 것으로 간주되어 간주전세금만큼 재산가액이 과다 산정되어 최근 3년간 5239가구에 근로·자녀장려금 25억을 과소 지급했다.

이에 대해 감사원은 국세청장에게 ▲중소기업 취업관련 소득세를 부당하게 감면받는 일이 없도록 사후관리 방안 마련 ▲근로장려금 관련 재산가액 심사를 위한 전산시스템의 기능 개선 방안 등을 마련하라고 통보했다.

이승겸 기자 ori240@intn.co.kr 다른기사 보기