1. 서언
주식변동조사란 출자, 증자, 감자, 매매 등 주주의 주식이 변동되는 과정에서 관련 주주 및 해당 법인의 제세 탈루 여부를 확인하는 세무조사이다.
지난 글에서는 주식변동조사업무 일반, 주식변동조사 조사관할 주식변동조사 전 서면검토, 주식변동 서면확인 제도에 대해 살펴보았는데, 본 글에서는 주식변동조사의 진행, 주식변동조사의 종결에 대해 설명하기로 한다.
2. 주식변동조사의 진행
가. 조사계획 수립 및 조사통지
1) 조사계획 수립
서면검토 결과 선정된 실시조사 대상자 또는 수시선정 조사대상자 등에 대해 조사계획을 수립·시행한다.
2) 조사기간
조사관서장은 조사대상 세목·업종·규모, 조사 난이도 등을 감안해 세무조사기간이 최소한이 되도록 해야 한다. 다만 주식변동 조사의 경우 법령상 조사기간의 제한은 없다(국세기본법 제81조의8 제3항).
조사기간의 계산은 조사시작일부터 조사종결일까지의 기간으로 하며, 조사기간 중의 토요일·공휴일을 포함해 계산한다. 세무조사가 중지된 기간은 조사기간 계산에 포함하지 아니한다.
3) 조사팀 편성
조사계획을 수립하는 경우에는 조사유형, 조사대상자의 업종·규모 및 조사업무량 등을 고려해 적정한 인원으로 조사반(팀)을 편성해야 한다.
서면확인 결과 실지조사로 전환한 경우 당초 서면확인을 담당한 조사반에서 실지조사를 수행하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 당초 서면확인 조사팀의 업무형편을 감안해 다른 조사팀이 실지조사를 수행할 수 있다.
4) 주식변동조사의 사전통지
세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(사전통지)해야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
5) 조사대상 사업연도의 확대
주식변동조사는 조사대상 사업연도의 조사를 원칙으로 한다. 조사공무원은 구체적인 세금탈루혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련된 것으로 확인되는 경우 등을 제외하고는 조사진행 중 조사범위를 확대할 수 없다.
①다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우, ②조사 과정에서 조세범처벌절차법 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우, ③명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우, ④그밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 예외적으로 조사범위를 확대할 수 있다.
나. 주식변동조사의 동시조사
1) 재산제세조사 동시조사
주식변동조사 착수일 또는 착수 예정일 현재 조사대상 개인주주가 자금출처조사(서면확인 포함) 대상, 증여세 조사대상 또는 양도소득세 조사대상으로 선정되어 있으나 미결인 경우에는 주식변동조사와 해당 조사를 동시에 실시하는 것을 원칙으로 한다.
주식변동조사를 계획하는 부서에서는 조사계획을 수립 시 개인주주의 자금출처(서면확인 포함), 양소득세조사, 증여세 조사 선정 및 미처리 유무를 파악해 동시에 조사가 이루어지도록 해야 하며, 납세자는 사전에 기타재산제세 조사대상이 확정된 것을 인지한 경우 동시에 조사를 하도록 요청할 수 있다.
2) 법인세 통합조사 시 동시조사
법인에 대해 법인세 일반세무조사 또는 조세범칙조사를 하는 때에는 법인의 사업과 관련해 신고·납부의무가 있는 세목에 대해 통합조사를 실시함을 원칙으로 한다.
법인에 대한 통합조사를 실시함에 있어 조사대상 과세기간에 주식변동사항이 있는 경우(조사대상 과세기간이 아닌 사업연도가 주식변동 조사대상으로 선정된 경우를 포함한다) 또는 그 법인의 최대주주(특수관계자를 포함한다)가 자금출처 조사대상으로 이미 선정되어 있는 경우에는 주식변동조사 또는 자금출처조사를 동시에 실시한다. 다만, 효율적인 조사운영 또는 긴급히 조사를 실시해야 할 필요가 있는 등의 경우에는 주식변동조사를 별도로 실시할 수 있다.
통상 주식변동조사는 법인세 통합조사 과정에서 함께 이루어지게 되므로, 과연 주식변동조사가 주식발행법인에 대한 조사인지 아니면 주주 개인에 대한 조사인지가 문제가 될 소지가 있다. 이에 대해 최근 대법원은 ‘서울지방국세청 소속 세무공무원들이 주식변동조사 과정에서 해당법인의 명의상 주주인 원고를 상대로 이 사건 주식의 양수 및 인수 경위에 관하여 질문조사를 실시하고 그밖의 자료를 수집함으로써 과세요건이 되는 이 사건 명의신탁에 관해 조사·확인하고 과세에 필요한 직접·간접의 자료를 수집하는 일련의 행위를 하였으므로, 해당법인에 대한 조사과정에서 이미 원고에 대한 증여세 조사가 이루어졌고, 그로부터 9년이 지난 원고의 증여세 조사는 법률에서 금지하는 재조사로서 위법하다’라고 판시했다(대법원 2017.12.13. 선고 2015두3805 판결).
3. 주식변동조사의 종결
가. 조사의 종결 및 보고
조사공무원이 세무조사를 종결하고자 할 때에는 조사한 내용을 정리해 조사관서장에게 보고해야 하며, 조사종결 보고를 받은 조사관서장은 그 내용을 검토해 조사의 종결여부를 결정해야 한다.
나. 조사 결과의 통지
조사공무원은 납세자에게 통지한 조사기간이 종료한 날(다만, 통지한 조사기간 전에 조사를 종결한 경우에는 조사종결일)로부터 20일 이내에 세무조사결과통지서에 세무조사 결과를 기재하여 납세자에게 통지해야 한다.
다. 부채의 사후관리
1) 조사담당자 전산입력
지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 상속세 및 증여세(부담부증여 등을 포함한다)의 결정이나 재산취득자금 출처확인 등에서 인정된 부채를 NTIS(엔티스)에 입력해야 한다. 따라서 조사공무원은 실지조사(서면확인 포함한다) 종결 후 조사과정에서 인정한 부채에 대해서는 필수적인 사항(인적사항, 채무발생일, 만기일, 관련 계좌번호 등)을 전산입력해 관리를 한다.
2) 자료출력 관리
국세청장(자산과세국장)은 상환기한이 경과한 부채 사후관리 대상자를 납세지를 관할하는 지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)에게 출력해야 한다. 다만, 부채상환기간 경과 전이라도 지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 조사대상자 선정, 실지조사, 과세자료 처리 등의 과정에서 NTIS(엔티스)에 입력된 부채정보의 변동사실이 확인되는 경우 국세청장(자산과세국장)에게 부채사후관리 대상자 출력을 요청할 수 있다.
3) 해명자료 안내문 발송
지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 제3항의 부채 사후관리 대상자에게 해명할 사항을 기재한 부채 상환에 대한 해명자료 제출 안내문을 우편으로 발송해야 한다.
4) 사후관리 결과 입력
지방국세청장(조사담당국장) 또는 세무서장(재산세과장)은 사후관리 결과 채권자 변동사실, 채무감소(변동)사실 등이 확인된 경우에는 즉시 그 사실을 NTIS(엔티스)에 입력해야 한다.
라. 비상장주식 실지거래가액의 입력
조사과정에서 확인된 실제거래가액은 차후 당해자산의 처분 시 실제거래가액 확인 자료가 되므로 NTIS(엔티스)에 입력해 양도 증여 등 처분시까지 사후관리한다. 조사종결(서면확인을 포함한다) 후 조사과정에서 확인된 비상장주식1주의 실지거래가액을 입력하고 사후 관리한다. 이는 다른 조사과정에서 매매사례가액으로 활용될 수 있다.
마. 차명재산의 사후관리
조사종결(서면확인을 포함한다) 후 조사과정에서 확인된 차명재산에 대해 입력하고 사후 관리한다. 실제 소유자의 금융소득 종합과세 대상여부 등을 검토하는데 활용된다.
