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국세청은 유류소매업을 영위하는 개인사업자가 부가세 과세 대상인 재화를 공급하고 신용카드매출전표 등을 발행한 때에는 발행금액의 100분의 1에 상당하는 금액(500만원 한도)을 납부세액에서 공제한다고 회신했다.

현행 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제15조의 2(석유판매업자의 환급신청 등) 제2항에 의하면 석유판매업자가 조세특례제한법 제106조의 2 제2항에 따라 부가가치세의 감면세액을 공제받기 위해서는 농ㆍ어민 등에게 공급한 해당 석유류를 구입하는 때 부담한 부가가치세 매입세액을 부가가치세 신고 시 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고해야 한다고 규정하고 있다.

이와 관련해 석유판매업자인 주유소가 당해 규정을 적용하는 경우 매출세액보다 매입세액이 증가해 부가가치세 납부세액이 현저하게 줄어들거나 마이너스가 발생하는 때에는 부가가치세법 제32조의 2 제1항에서 규정하는 신용카드매출전표 발행세액 공제를 받을 수 없는 것인지 여부에 대해 질의가 제기됐다.

국세청은 유류소매업을 영위하는 개인사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 공급하고 ‘부가가치세법’ 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서의 교부 시기에 ‘여신전문금융업법’에 따른 신용카드매출전표 또는 ‘조세특례제한법’ 제126조의 3의 규정에 따른 현금영수증을 발행하거나 ‘부가가치세법 시행령’ 제80조 제3항이 정하는 전자적 결제수단에 의해 대금을 결제 받는 경우 그 발행금액 또는 결제금액의 100분의 1에 상당하는 금액(연간 500만원을 한도로 한다)을 납부세액에서 공제하는 것이라고 회신했다.

다만, 이 경우 공제받는 금액이 당해 금액을 차감하기 전의 납부할 세액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 보는 것이라고 국세청은 설명했다.

[관련법령] 조세특례제한법 제106조의 2, 부가-1817, 2008.07.07

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