[공익법인 세무안내] 공익법인 주식보유 기본한도 10%…의무이행 요건 위반 땐 5% 적용

<공익법인이 지켜야 할 일>

공익법인 등이 유의할 사항(최근 주요 세법개정 내용)
<상속세 및 증여세법 관련>
■ 공익법인 지출의무 위반 시 제재 합리화(상증법 §78⑨)
•주식 5% 등 초과 보유 공익법인이 지출의무 위반 시 제재
- 공익법인이 출연재산가액의 1% 이상을 공익목적사업에 지출해야하는 의무를 위반하는 경우 종전에는 지분율 5% 등 초과 보유주식분에 대해 증여세와 미달사용액의 10%를 가산세로 부과하던 것에서 출연재산 1% 의무사용 요건을 주식 보유 요건에서 제외하고 미달사용액 200% 가산세만 부과
* ’24.1.1. 이후 개시하는 과세기간(사업연도) 분부터 적용, (경과조치) ’23.12.31. 속하는 과세기간
(사업연도)는 종전 또는 개정규정 중 선택 적용

■ 감리업무 수수료 징수 근거 신설(상증법 §50)
•원활한 감리업무 수행을 위한 수수료 징수 근거 마련
- 수탁기관(한국공인회계사회)은 감사인으로부터 감사보수 중 일부를 감리업무 수수료로 징수 가능
* ’24.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

■ 공익법인 등에 대한 사후관리 요건 합리화(상증령 §38⑱, ⑲)
•공익법인의 지출의무 관련 제도 합리화
- 공익법인 등이 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 기준금액을 계산할 때 5년 이상 보유한 상장주식 가액은 직전 5개 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 가액 평균액으로 함.
- 공익법인 등이 직접 공익목적사업에 사용은 해당 과세연도(사업연도)에 사용한 실적으로 하나, 공익목적사업 개시 후 5년이 지난 공익법인에 대해 해당 과세연도(사업연도)와 직전 4개 과세연도(사업연도)의 5년간의 평균 금액을 기준으로 계산할 수 있음.
* ’24.1.1. 이후 개시하는 과세연도(사업연도)의 출연재산가액 또는 실적을 계산하는 경우부터 적용

■ 공익법인 결산서류 공시오류 등 시정요구 기관 합리화(상증법 §50의3②)
•공익법인 결산서류 관리 합리화
- 공시·시정 요구기관이 국세청장에서 국세청장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 납세지 관할세무서장으로 확대
* ’23.1.1. 이후 공시·시정을 요구하는 분부터 적용

■ 공익법인 전용계좌 개설 신고기한 합리화(상증령 §43의4)
•공익법인 납세협력부담 완화
- (단서 신설) 설립일부터 공익법인 등으로 보는 경우(기획재정부장관이 공익법인 등으로 고시한 경우)에는 고시일부터 3개월 이내 전용계좌 개설·신고해야함.
*영 시행일(2023.2.28.) 전에 법인령 제39조 제1항 제1호 바목에 따라 지정·고시된 공익법인 등의 경우에도 적용

■ 공익법인 지정 회계감사의무 미이행 가산세 신설(상증법 §78⑤)
•지정받은 감사인이 아닌 다른 감사인에게 회계감사를 받은 경우
- 미이행 가산세:(사업연도 수입금액 + 출연받은 재산가액) × 0.07%
* ’23.1.1. 이후 감사인을 지정하는 분부터 적용

■ 합병에 따른 공익법인 지분 증가시 증여세 과세기준 보완(상증령 §37①)
•공익법인 주식 초과보유 계산 기준일(합병에 따른 기준일 추가)
- 합병등기일이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 주주명부폐쇄일 또는 권리 행사 기준일(주식회사 외의 회사의 경우 과세기간 또는 사업연도 종료일)
*영 시행일(2023.2.28.) 이후 합병법인의 주식 등을 취득하는 경우

■ 지정감사인 배제 사유 확대(상증령 §43의2③)
•과도한 감사보수를 요구하는 등의 사유로 공익법인으로부터 의견이 제출된 자 등 지정감사인으로 지정하는 것이 적절하지 않다고 기재부장관(국세청장에게 위임)이 인정하는 경우
*영 시행일(2023.2.28.) 이후 감사인을 지정하는 분부터 적용

■ 공익법인의 의무이행기한 변경(상증령 §41①·§43⑥·§43⑦)
•공익법인 투명성 확보의 이행기한 합리화
- 출연재산 보고서 제출, 외부전문가 세무확인 결과보고, 외부회계 감사보고서 제출 기한을 사업연도 종료일로부터 4개월 이내로 변경
* ’22.1.1. 이후 제출하거나 보고하는 경우부터 적용

■ 공익법인 전용계좌 미개설 가산세 합리화(상증법 §78⑩)
•신고기한(3개월) 도과 시 부과되는 가산세 합리화
- 각 사업연도 중 미개설·신고 기간을 고려해 가산세를 계산하도록 변경
* ’22.1.1. 이후 가산세를 부과하는 경우부터 적용

■공익법인 주기적 감사인 지정제도 및 회계 감리제도 도입(상증법 §50④·⑤, 상증령 §43의2·§43의3)
•일정규모 이상 공익법인이 연속하는 4개 과세연도에 대해 감사인을 자유선임한 경우, 기재부장관은 다음 2개 과세연도에 대해 기재부장관이 지정하는 감사인에게 회계감사를 받도록 할 수 있음.
* ’22.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용
•기재부장관은 감사보고서와 재무제표에 대해 감리할 수 있음
* ’22.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용

■ 공익법인 주식보유 한도 체계 개선(상증법 §16②⑵)
•일반공익법인과 성실공익법인을 ‘공익법인’으로 명칭을 일원화함에 따라 공익법인 주식보유 기본한도를 10%로 하되, 공익법인 의무이행 요건 위반시 5% 한도를 적용함.
* ’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

■ 주식 5% 초과 보유가 가능한 공익법인 요건 합리화(상증법 §48⑪, 상증령 §41의2①·②·③)
•① 운용소득을 1년내 80% 이상 공익목적사업에 사용, ② 출연재산가액의 1% 상당액 이상 공익목적사업에 사용, ③ 출연자 및 특수관계인이 이사의 1/5 초과 취임 금지, ④
자기내부거래 금지, ⑤ 정당한 대가없이 특수관계법인 광고·홍보 금지
*’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용. 다만, ② 출연재산가액의 1% 상당액 이상 사용의무 요건은 ’22.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

■ 주식 5% 초과분에 대한 증여세 부과사유 규정(상증법 §48⑪)
•공익법인이 특정주식을 5% 초과하여 출연받거나 취득한 후, 공익법인의 의무이행 요건 위반 시 5% 초과분에 대해 상속·증여세 부과
*’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용. 다만, 출연재산가액의 1% 상당액 미달 사용시 증여세 부과는 ’22.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용