피합병법인 자산은 시가로 계상…장부가와 차액은 ‘자산조정계정’ 계상

Ⅲ. 피합병법인에 대한 과세
 2  적격합병 시 피합병법인에 대한 과세

3. 주요 질의·답변
Q. 합병과세특례신청서 미제출시 적격합병에 따른 과세특례 적용 여부
A. 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에는 합병과세 특례를 적용받을 수 없다.
과세관청은 A법인이 「법인세법 시행령」 제80조 제3항에 따라 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서 및 자산조정계정에 관한 명세서를 제출하지 아니한 사실을 확인하고, 적격합병에 대한 과세특례를 적용할 수 없다는 이유로 합병에 따른 양도손익을 익금에 산입하는 부과처분을 했다.

A법인(원고)은 “납세자의 협력의무에 불과한 구 법인세법 시행령 제80조 제3항에 따른 합병과세특례신청서 제출의무를 이행하지 않았다는 이유로 원고가 위 관련 법률에 의하여 이미 취득한 합병과세특례자로서의 지위를 박탈하는 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 법리를 오인하고, 조세법률주의, 비례의 원칙, 법익의 균형성, 과잉금지의 원칙에 위반한 것으로 위법하다”는 취지로 소송을 제기했다.
이에 대해 법원(울산지방법원)은 합병과세특례신청서의 제출은 단순한 협력의무에 불과한 것이 아니라 과세특례의 적용을 받기 위한 필수적인 절차이고, 합병과세특례신청서를 제출하지 아니한 이상 법인세법에 따른 과세특례의 적용을 받을 수 없다고 판시했다.

<판례:울산지방법원-2022-구합-7670, 2023.8.24.>
원고는 ‘피고로서는 원고가 제출한 합병에 관한 서류가 첨부된 법인세 신고자료를 통해 합병과세특례신청서에 포함될 내용을 충분히 파악할 수 있었다’는 취지로도 주장하나, 피합병법인이 합병에 관한 서류를 첨부해 법인세 신고를 했더라도, 이와는 별개로 합병과세특례신청서를 제출함으로써 과세특례적용의 선택여부를 명확하게 하여 과세당국으로 하여금 앞서 본 바와 같은 과세특례적용에 따른 과세이연 및 이연된 과세의 사후관리를 할 수 있도록 해야 하는바, 합병과세특례신청서가 새로운 내용을 포함하고 있지 않다고 하여 그 제출이 불필요하다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 과세당국이 납세자의 신고가 아닌 다른 경로를 통해 납세자의 의사를 직접 확인하거나 그 확인을 위한 보완을 요구할 의무도 없으며, 원고는 납세자의 협력의무에 불과한 구 법인세법 제80조 제3항의 합병과세특례신청서의 제출의무 불이행의 제재로 원고가 이미 얻은 과세특례자로서의 지위를 박탈하는 것은 납세자의 재산을 부당하게 침해하는 것이라는 취지로도 주장하나, 앞서 본 바와 같이 합병과세특례신청서의 제출은 단순한 협력의무에 불과한 것이 아니라 과세특례의 적용을 받기 위한 필수적인 절차이고, 이 사건 부과처분은 협력의무 불이행에 따른 제재가 아닌 누락된 양도차익에 대한 과세라고 할 것이므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

Ⅳ. 합병법인에 대한 과세

 1  비적격합병 시 합병법인에 대한 과세
1. 개요
비적격합병 시 합병법인에 대하여 합병매수차손익이 과세되고, 피합병법인의 세무조정사항 중 퇴직급여충당금과 대손충당금 관련 사항만 승계됨

합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(법 제52조 제2항에 따른 시가)로 양도받은 것으로 본다(법 제44조의2 제1항).
이 경우 피합병법인의 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인에 승계되지 아니한다(영 제85조 제2호).

2. 합병매수차익

“합병매수차익”이란 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재 순자산(자산총액 - 부채총액) 시가보다 적은 경우를 말하며, 그 차액(합병매수차익)을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다(법 제44조의2 제2항).

☞ 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 월수는 1월로 하고, 이에 따라 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산한 경우에는 합병등기일로부터 5년이 되는 날이 속한 월은 계산에서 제외함.

3. 합병매수차손

“합병매수차손”이란 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재 순자산 시가를 초과하는 경우를 말하며, 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대해 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에는 그 차액(합병매수차손)을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일로부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다(법 제44조의2 제3항).

따라서, 합병매수차손이 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대해 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당하지 않는 경우에는 손금에 산입할 수 없다.

4. 이월결손금과 세무조정사항의 승계
비적격합병 시에는 피합병법인의 이월결손금과 공제·감면세액은 승계되지 아니하며, 세무조정사항은 대손충당금과 퇴직급여충당금 관련사항만 승계됨.

적격합병의 요건을 갖추지 못하고 합병하는 경우에는 피합병법인이 공제받지 못한 이월결손금과 공제·감면세액은 합병법인에 승계되지 않는다.
한편, 합병법인이 피합병법인의 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인에 승계되지 않는다(영 제85조 제2호).

5. 사례 예시
A법인(피합병법인)은 2023년 7월 1일에 B법인(합병법인)에 비적격 흡수합병됐으며, A법인의 합병 당시 재무상태표는 다음과 같다.

비적격합병이므로 B법인(합병법인)은 합병매수차익 500[순자산 시가 1,000(1,700 – 700) > 양도가액 500]에 대한 법인세를 부담해야 한다.

6. 주요 질의·답변
Q. 비적격합병 후 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문을 포괄 양도하는 경우 합병매수차손의 처리 방법
A. 사업부문의 포괄 양도와 무관하게 잔여기간(5년 중 미도래 기간)에 걸쳐 합병 매수차손을 손금에 산입함.

합병법인이 피합병법인에게 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 시가를 초과하는 경우 합병매수차손이 발생한다.

이 경우 상호·거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등 사업상 가치에 대한 대가를 지급해 합병매수차손이 발생한 경우에는 합병등기일로부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입하며, 상호·거래관계 등 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당하지 않는 경우에는 손금에 산입할 수 없다.

한편, 비적격합병 시 사업상 가치에 대한 대가로 지급된 합병매수차손은 합병등기일부터 5년간 균등 손금산입 하도록 규정하고 있으며, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 해당 사업을 양도하거나 폐지하는 경우 합병매수차손 잔액을 일시에 손금에 산입하는 규정은 없다.

따라서 비적격합병 후 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업부문을 포괄 양도하는 경우 합병매수차손 손금산입 대상 잔여액을 조기에 일시 손금산입하는 것이 아니라 사업부문의 포괄 양도와 무관하게 잔여기간에 걸쳐 합병매수차손을 손금에 산입하며, 합병매수차익도 이와 동일하게 적용된다.

<예규 서면-2015-법령해석법인-2272, 2016.12.30.>
합병법인이 피합병법인을 흡수합병하면서 「법인세법 시행령」 제80조의3 제2항에 따른 합병매수차손을 계상한 후 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업부문에 속한 자산・부채 등을 포괄적으로 양도한 경우 합병법인은 해당 합병매수차손을 「법인세법」 제44조의2 제3항에 따라 손금에 산입한다.

Q. 「자본시장법」에 따라 산정된 합병대가를 지급한 경우 합병매수차손의 손금 해당 여부
A. 「자본시장법」에 따라 산정된 합병대가를 지급한 경우 합병법인의 합병매수차손은 사업상 가치가 있다고 보아 손금에 산입할 수 있다.

합병매수차손의 경우 순자산 시가를 초과해 지급한 양도가액이 사업상 가치(영업권)에 대한 대가인 경우에 한하여 손금에 산입할 수 있다.
영업권으로 인정받기 위해서는 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 하며, 이때 사업상 가치를 평가했는지 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합해 객관적으로 판단해야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다(대법원 2017두57509, 2018.5.15.).

한편, 대법원 판례에 따르면 자산의 각 항목에 따라 사업상 가치를 평가해 그 결과를 영업권 가액으로 산정하는 것은 사실상 쉽지 아니할 뿐만 아니라 무형적자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산과정이 수반돼야 하는 것은 아니다(대법원 2017두54791, 2018.5.11.).

따라서 피합병법인의 사업상 가치에 대한 별도의 평가 여부가 손금 산입의 전제조건이라고 볼 수 없다.
「자본시장법」은 상장법인과 비상장법인 간 합병 시 상장법인은 해당 법인의 최근 1개월·1주일·최근일의 종가를 산술평균해 산출한 가액으로, 비상장 법인은 자산가치와 수익가치를 가중 산술평균해 산출한 가액을 기준으로 합병비율을 산정하도록 규정하고 있다(자본시장법 시행령 §176의5①).

「자본시장법」에 따라 합병가액을 산정하는 경우 피합병법인의 순자산 시가를 초과하여 합병대가를 지급(합병매수차손 발생)하게 되는 것은 합병비율 산정을 위한 수익가치평가결과가 피합병법인의 순자산 시가를 초과하는 것으로 산정됐음을 의미하는 바, 합병가액이 현재 피합병법인의 순자산시가보다 크다는 사실 자체로 미래 현금흐름 등을 토대로 피합병법인의 수익성을 평가한 결과 사업상 가치가 있고 그것이 피합병법인의 현재 시가보다 큰 것으로 평가됐으므로, 이 경우 합병매수차손은 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에 해당한다.

한편, 피합병법인의 합병 양도차익 산정 시 차감되는 순자산장부가액의 기준일은 합병등기일이고, 합병신주의 효력 발생시기 및 합병에 따른 회계처리도 합병등기일을 기점으로 이루어지므로 양도가액에 포함되는 합병교부주식의 가액도 합병등기일의 주가로 산정해야 타당할 것이며, 결국 합병대가 결정시점과 합병등기일 사이 합병교부주식의 시가 상승분도 합병대가에 포함되어 합병매수 차손을 구성하게 된다.

<예규:사전-2018-법령해석법인-0789, 2018.12.26.>
상장법인이 비상장법인을 흡수합병 함에 있어 상장법인인 합병법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의5에 따라 적정하게 산정된 합병대가를 피합병법인의 주주에게 지급하고, 이월결손금이 없는 피합병법인이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하여 지급받은 양도가액을 익금에 산입한 경우 「법인세법 시행령」 제80조의3 제3항에 따른 합병매수차손은 「법인세법 시행령」 제80조의3 제2항의 “사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우”에 해당하여 「법인세법」 제44조의2 제3항을 적용할 수 있는 것이며, 합병대가에는 「법인세법 시행령」 제80조 제1항 제2호 나목의 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 등과 합병비율 결정시점과 합병등기일 사이 합병교부주식의 시가 상승분이 포함된다.

 2  적격합병 시 합병법인에 대한 과세
1. 개요

합병법인이 합병으로 인하여 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 시가와 피합병법인에게 지급한 양도가액의 차액은 합병법인의 합병매수차손익으로 과세된다.

이 경우 해당 합병이 적격합병의 요건을 충족하거나 완전모자회사 간 합병 등에 대한 특례를 적용받는 경우에는 합병매수차손익이 발생하지 않도록 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 시가와 피합병법인에게 지급한 양도가액 모두 순자산 장부가액으로 보아 합병매수차손익에 대해 과세이연을 적용한다(법 제44조의3 제1항).

한편, 적격합병 후 사후관리기간 중에 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우에는 당초부터 비적격합병로 보아 합병매수차손익이 과세된다.

2. 자산조정계정
합병법인은 피합병법인의 자산을 시가로 계상하고 피합병법인의 장부가액과의 차액을 자산조정계정으로 계상하며, 자산조정계정은 이후 감가상각비와 상계하거나 가산하고, 처분 시 잔액은 익금 또는 손금에 산입함.

가. 개요
적격합병 시 피합병법인의 양도손익과 합병법인의 합병매수차손익은 합병시점에 과세하지 않고, 자산의 감가상각 및 자산의 양도 시까지 과세를 이연하며, 자산조정계정을 통해 과세이연 사항을 관리한다.

나. 자산조정계정의 계산
합병법인이 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액은 기업회계기준에 따라 합병등기일 현재의 시가로 계상한다.

이 경우 시가에서 피합병법인의 장부가액(세무상 장부가액에 합병 시 피합병 법인으로부터 승계받은 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다(영 제80조의4 제1항).

세무상 장부가액에 피합병법인으로부터 승계받은 세무조정사항을 조정해 주는 이유는 적격합병 시 합병법인은 피합병법인의 세무조정사항을 승계 받으므로 자산조정계정 계상 시 승계받은 세무조정사항이 이중으로 반영되지 않도록 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼도록 규정하고 있다.

적격합병 시 합병법인은 기업회계기준에 따라 승계받은 자산 및 부채를 시가로 계상하고 세무회계에서는 해당 자산 및 부채를 장부가액으로 인식하므로 기업회계와 세무회계에 차이가 발생하며, 기업회계와 세무회계의 차이는 세무조정을 통해 조정한다.

다. 자산조정계정에 계상된 손금과 익금의 처리
자산조정계정에 계상된 손금과 익금은 감가상각자산에 설정된 자산조정계정과 그 외 자산에 설정된 자산조정계정으로 구분하여 다음과 같이 처리한다(영 제80조의4 제1항 각 호 외 부분 후단).

(1) 감가상각자산에 설정된 자산조정계정(영 제80조의4 제1항 제1호)
자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 더한다.
이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

(2) 그 외 자산에 설정된 자산조정계정(영 제80조의4 제1항 제2호)
해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입하되, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 않고 소멸한다.

라. 사례 예시
A법인(피합병법인)은 2023년 7월 1일에 B법인(합병법인)에 적격 흡수합병되었으며, A법인의 합병 당시 재무상태표는 다음과 같다.
B법인은 A법인의 주주에게 합병 신주(액면가액 100, 시가 500)를 교부했으며, B법인의 합병 관련 회계처리는 다음과 같다.

B법인(합병법인)은 합병매수차익 500[순자산 시가 1,000(1,700 – 700) > 양도가액 500]이 발생하게 되지만, 적격합병의 요건을 갖추었으므로 합병매수차익은 0[순자산 장부가액 440(1,140 – 700) - 순자산 장부가액 440])이 되며, 세무조정을 통해 이를 조정한다.

한편, B법인이 A법인(피합병법인)의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 (적격합병) B법인은 A법인으로부터 승계한 자산의 순자산 시가(1,000)와 순자산 장부가액(440)의 차액을 자산조정계정으로 조정한다.

A법인으로부터 승계되는 세무조정사항이 없다고 가정할 경우 합병 당시의 합병매수차익과 자산조정계정 관련 합병세무조정을 정리하면 다음과 같다.

1) 시가로 계상되어 있는 토지 및 건물의 가액을 세무상 가액(장부가액)으로 감액조정[토지 350(550 – 200), 건물 210(400 – 190)]
2」 1단계 적격합병의 경우 합병매수차익을 인식하지 아니하므로 수익으로 계상된 합병매수차익(염가매수차익) 500을 익금불산입 기타 처분
2단계 손금에 산입한 자산조정계정(토지·건물) 상당액 560을 익금산입 기타 처분
3단계1·2단계 상계 → 익금산입 주식발행초과금 60(400-340) 기타 처분