본 사례 내용은 세법해석 사례 중에서 납세자의 권익 및 과세관청의 세무행정에 중요한 영향을 미치거나 다수의 납세자에게 폭 넓게 활용될 수 있는 일반적이고 핵심적인 사례를 쟁점별로 엄선, 사실관계, 질의내용, 관련법령 및 회신문과 함께 검토내용까지 제시했고, 주요 세법해석 사례집이 적법하고 공정한 세법집행을 위한 길잡이가 되고, 납세자에게는 성실신고에 유용한 안내서로 활용되기를 기대한다. /편집자 주
Ⅰ. 총칙
1. 의료법인 해산 후 출연 시 과세 여부 및 고유목적사업준비금 등 승계 여부
■사실관계
•A재단은 5개 병원을 운영하는 비영리의료재단으로, 재단소속 병원을 B대학의 교육협력병원으로 운영하고 있다.
•A재단은 C병원을 B대학의 부속병원으로 교육부에 등록하기 위해 재단을 해산한 후
-C병원 모든 자산·부채는 B대학에 부속병원으로 사용하도록 출연하고, C병원 외 4개 병원의 모든 자산·부채는 이미 설립되어 있는 다른 비영리의료재단인 D재단에 출연하고자 한다.
→ 해산 후 잔여재산을 사업장별로 분할 포괄출연
•이에 따라 A재단은 2013.5.14. 이사회를 개최해 법인해산 및 잔여재산 출연을 결의하고
- 2013년도 중에 모든 법률적, 행정적 절차를 완료하기 위해 현재 관계부처(교육부·보건복지부 등)와 협의 및 자산실사 등의 절차를 진행 중에 있다.
■질의내용
•(질의1) 비영리 재단법인이 해산 후 잔여재산을 포괄적으로 출연하는 과정에서 부담부증여에 따라 발생하는 양도차익에 대한 법인세 과세 여부
•(질의2) 비영리 재단법인의 해산등기일 현재 법인세법상 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금 잔액을 사업장별로 자산·부채를 포괄적으로 출연받는 비영리법인이 승계할 수 있는지 여부
■회신문
•의료업을 영위하는 재단법인이 해산등기 후에 잔여재산을 청산하는 과정에서 특정 병원에 속하는 자산과 부채를 주무관청의 허가를 받아 다른 비영리 내국법인에 포괄적으로 출연하는 경우
(질의1) 출연가액 중 부담부증여에 해당하는 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전된 것으로서 이로 인해 발생하는 양도소득은 청산소득에 해당하는 것이나, 비영리 내국법인은 「법인세법」 제3조 제1항에 따라 청산소득에 대한 법인세 납세의무가 없다.
다만, 비영리 내국법인의 경우에도 「법인세법」 제55조의2 제1항에 따른 부동산의 양도소득에 대해서는 법인세를 납부해야 한다.
(질의2) 비영리 내국법인이 2011년 1월 1일 이후 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리 내국법인에게 포괄적으로 출연하고 해산하는 경우에는 해산 등기일 현재의 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금의 잔액을 「법인세법」 제29조 제3항에 따라 그 다른 비영리 내국법인에게 승계할 수 있으며, 같은 조 제4항 제1호 괄호규정에 따라 익금에 산입하지 아니하는 것이다.
■검토 내용
•비영리법인이 자산과 부채를 포함한 잔여재산을 다른 비영리법인에 출연함에 있어서 부담부증여에 의하여 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 자산이 유상으로 이전되는 양도로 보아(재재산46014-95, 2000.4.4.)
- 해당 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용한 것인지 여부에 따라 각 사업연도소득으로서 과세여부를 판단하는 것이나(법인법 §3③(5))
- 비영리법인이 해산등기일 이후 청산기간 중에 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인에 자산과 부채를 포괄적으로 출연하여 승계시키는 경우
- 부담부증여에 해당하는 것은 양도에 해당하며 잔여재산의 처분으로 봐야 하므로 청산소득에 포함되는 것이나, 법인법 §3①에 따라 비영리법인은 청산소득에 대한 납세의무가 없다.
•다만, 비영리법인의 경우에도 법인법 §55의2①의 적용을 받는 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’의 납세의무가 있다.
•비영리 내국법인이 운용하던 고유목적사업의 자산·부채를 다른 비영리 내국법인에게 포괄적으로 출연하여 승계시키는 경우 고유목적사업준비금 잔액을 승계시킬 수 있는지 살펴보면
- 종전에는 고유목적사업준비금의 익금산입 제외규정이 없어 법인의 해산(구 법인법 §29③(1))에 해당하여 그 잔액을 전부 익금에 산입하도록 하였으나
- 해산하는 비영리법인이 사업을 포괄적으로 출연하는 경우는 그 사업의 계속성이 유지되므로 고유목적사업준비금을 승계할 수 있도록 개정했다(「2010 간추린 개정세법」, 기획재정부, p222).
<개정 세법 개정내용>
(1) 개정내용
(2) 개정이유
비영리법인이 사업을 포괄적 출연하면서 해산하는 때에는 사업의 계속성이 유지되므로 출연받는 법인이 준비금을 승계받을 수 있도록 개선
(3) 적용시기 및 적용례:2011.1.1 이후 해산등기하는 분부터 적용
•따라서 2011.1.1. 이후 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리 내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금의 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다.
■관련법령
•법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
•법인세법 제79조 【해산에 의한 청산소득 금액의 계산】
•법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】
2. 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중의 부동산 양도 시 과세 여부
■사실관계
•A종중은 법인으로 보는 단체 승인을 신청하여 관할세무서장의 승인을 받고 고유번호증을 발급받은 종중으로
- 숭조애종사상고취(崇祖愛宗思想高趣)와 회원 상호간의 친목 및 화합도모를 설립목적으로 한다.
•A종중은 고유목적사업인 조상 묘소관리 등을 목적으로 소유하고 있었던 종중 선대(500년 이상)의 묘소가 소재한 임야 중 일부를 양도한다.
■질의내용
•종중이 고유목적사업인 조상 묘소관리 등을 목적으로 소유하던 종중 선대의 묘소가 소재한 임야 중 일부를 양도한 경우
- 법인세 과세소득에 해당하는지 여부 및 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고의무가 있는지 여부
■회신문
•「국세기본법」 제13조에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적 사업에 직접 사용하던 부동산의 처분으로 발생하는 수입은 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는 것으로, 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용했는지 여부는 부동산의 사용용도·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려해 사실판단할 사항
■검토내용
•A종중은 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청해 승인을 받았으므로 법인으로 보는 단체에 해당하고
- 종중 선대의 묘소 등(시제 및 묘소관리)으로 사용하던 임야를 매각한 경우 고유목적사업에 처분일 현재 3년 이상 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상에서 제외되는 것이나,
- 해당 임야가 고유목적사업에 직접 사용된 경우에 해당하는지 여부는 해당 임야의 사용용도·기간·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려해 사실판단해야 한다.
■관련법령 및 해석사례
•법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
•법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】
3. 의료법인이 지방자치단체로부터 수령한 국고보조금에 대한 법인세 과세여부
■사실관계
•A의료원은 B도청 산하 도립병원으로 201×년에 부채 상환 및 결손보전 등에 사용할 목적으로 B도청으로부터 출연금 ○○○백만원을 지급받았다.
■질의내용
•지방의료원이 지방자치단체로부터 부채 상환 및 결손보전 목적 등에 사용할 목적으로 출연금을 교부받은 경우 해당 국고보조금이 법인세 과세대상에 해당하는지 여부
■회신문
•의료업을 영위하는 비영리내국법인이 지방자치단체로부터 부채상환, 결손보전 등에 사용할 목적으로 수령한 국고보조금은 「법인세법」 제3조 제3항 제1호(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)에 따른 “수익사업에서 생기는 소득”에 해당하지 아니한다.
■검토내용
•의료업 자체는 한국표준산업분류에 의한 사업으로서 환자인 고객에 대해 대가를 받고 의료서비스를 제공하는 영리적인 활동에 속하므로 현행 법인법§4③(1)에 의해 수익사업으로 구분
- 다만, 현행 의료법상 비영리 의료법인만 인정하므로 그 공익성을 감안하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 “의료법인”) 등이 병원 건물 및 부속토지, 의료기기, 보건의료 정보시스템 설비 등 고정자산을 취득하거나 연구개발사업을 위해 지출하는 금액 등은 고유목적사업에 지출 또는 사용*한 금액으로 보는바(법인령 §56⑥(3)),
*의료발전회계로 구분 경리해야 한다.
- 의료법인이 영위하는 의료업은 수익사업과 고유목적사업의 성격을 동시에 가지고 있다.
•의료법인이 제공하는 의료용역은 해당 법인의 주된 영업활동의 일환이지만 용역제공 당사자는 병원과 환자이며 국가는 해당 용역거래의 제공과 관련이 없는 제3자의 입장에 있는 것이므로
- 의료법인이 국가로부터 수령하는 출연금은 법인통칙3-2…3(2)마목의 “업무와 직접관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액”에 해당하는바 수익사업소득에 해당하지 아니한다.
•또한, 의료법인이 국고보조금을 지급받아 장비구입을 위한 차관 원리금이자, 시설융자금이자 등에 사용하는 경우 해당 국고보조금은 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 아니하고(법인22601-299, 1988.2.3.; 법규과-345, 2006.1.27.)
- 타인으로부터 수익사업용 자산(병원부지)을 무상으로 받은 경우 과세대상이 되지 않으며(재법인22631-46, 1992.2.21.)
- 국가로부터 무상사용 허가를 받은 토지와 건물 등을 무상 양여받을 경우 해당 자산수증이익은 비수익사업에 속하고(법인세과-1723, 2008.7.23.)
- 의료기기 등 고정자산을 취득하기 위해 타인으로부터 출연받은 기부금은 수익사업의 과세소득에 포함되지 아니하는 것이다(법인세과-3082, 2008.10.24.).
•이는 의료법인이 영위하는 의료업이 수익사업에 해당하지만 동시에 고유목적사업에도 해당하는 특수성을 감안한 것으로
- 의료업 관련 고정자산 등의 취득 목적으로 수령하는 국고보조금, 기부금 및 출연금 등 명칭 여하에 불구하고
- 의료용역에 대한 대가 관계없이 무상으로 받은 자산가액은 수익사업 소득에 해당하지 않는다.
■관련법령
•법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
4. 재보험료가 수익사업소득에 해당하는지 여부
■사실관계
•A법인은 「한국환경산업기술원법」에 따라 설립된 환경부 산하 위탁집행형 준정부 기관으로서
- 「한국환경산업기술원법」 제6조 따른 환경오염피해 구제제도 및 환경복지에 관한 업무 등을 고유사업으로 수행하며
- 「환경오염피해 배상책임 및 구제에 관한 법률」 제22조에 따라 운영되는 환경책임보험 국가재보험 사업비(이하 “쟁점사업”)*을 환경부장관으로부터 위탁받아 수행하고 있다.
*대규모 환경오염사고 등으로 환경책임보험 보험자의 환경책임보험 손해율이 140%를 초과할 경우 국가에서 초과손해에 대한 보장을 위해 운영하는 사업
•국가재보험 약정 체결·운영을 위탁받은 A법인은 보험자(일반적으로 보험사를 말함)로 부터 국가재보험료를 수입하는 국가재보험 약정을 체결하여
- 수입한 국가재보험료를 환경오염피해구제계정에 적립하고 보험자로부터 국가재보험금 청구가 있는 경우 환경부장관의 승인을 얻어 구제계정에서 지출하며
- A법인은 관련법에 의해 국가재보험료의 1%를 쟁점사업 사업비(수수료)로 보험자로부터 수취하며 동 금액을 법인세법상 수익금액으로 계상하고 있다.
■질의내용
•「환경오염피해 배상책임 및 구제에 관한 법률」에 따라 환경부장관이 위탁한 국가재보험사업을 수행하는 경우
- 국가가 부담해야 하는 보험금을 지급하기 위해 환경책임 보험자로부터 수입하는 재보험료가 수익사업 소득에 해당하는지 여부
■회신문
•「환경오염피해 배상책임 및 구제에 관한 법률」 제22조에 따라 환경부장관이 환경책임보험에 관한 재보험 사업을 ○○○○○○기술원(이하 “기술원”)에 위탁하고 같은 법 제35조 제1항에 따라 기술원이 환경오염피해구제계정을 설정·운용하는 경우로서 기술원이 국가로부터 위탁받은 환경책임보험에 관한 재보험사업을 수행하고, 이와 관련된 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우에는 같은 법 제35조 제2항에 따라 기술원이 보험자로부터 수입하는 재보험료는 수익사업 소득에 해당하지 않는 것이다.
■검토내용
•수탁자는 위탁자의 취지에 따라 자기 재량으로 사무를 처리할 수 있으나, 위탁계약 종료 시 위탁재산 및 위탁사무에 따른 과실은 모두 위탁자에게 귀속되기에
- 수탁자는 선량한 관리자의 주의로써 위탁받은 사업을 처리할 뿐 실제 그 사업의 주체는 위탁자이므로 위탁자가 국가 등인 경우에는 국가 또는 지방자치단체는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없으므로(법인법§3②)
- 국가 등을 대신해 업무를 수행하는 과정에서 징수하는 분담금 등이 원천적으로 국가 등에 귀속되거나 실비수준의 경비를 공제하고 나머지 수익을 국가 등에 귀속시키는 경우
- 국세청 및 기재부는 위탁받은 사업에 대해서 법인법§3③에 따라 법인세를 부과하지 아니하는 것으로 일관되게 해석하고 있다(재정경제부 법인세제과-154, 2005.9.30.;서면-2016-법령해석법인-5039, 2017.5.29.; 법인세과-312, 2011.04.28. 외 다수).
•따라서 국가재보험사업은 정부위탁사업으로서 재보험료 요율 등은 정부승인을 받으며 환경오염피해구제계정은 법적 용도에 한해 환경부장관의 승인을 통해 지출되고
- A법인이 해산된 때에는 잔여재산을 국고에 귀속시키거나 유사한 목적을 수행하는 기관에 출연하도록 규정되어 있으므로 A법인이 국가재보험사업과 관련된 이익을 영위하지 아니하는 바
- A법인이 수행하는 국가재보험사업의 주체는 정부(국가)이며, A법인이 환경오염 피해구제계정에 적립하기 위해 수입하는 재보험료 등은 A법인의 수익사업 소득에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다.
•다만, 비영리법인이 해당 사업을 수행함에 따라 위탁수행의 대가로서 국가 등으로부터 별도의 수수료를 수입하거나 해당 사업에서 발생한 손익이 비영리법인에 귀속되는 경우에는 수익사업소득으로 봄이 타당하다.
■관련법령
•법인세법 제3조 【과세소득의 범위】
